內務部等護法機關。
1993年的調整與改組（2）
在這次大改組中，原安全部的一些組織機構又進一步被肢解，反間諜局僅保留了原安全部“最必要部門”，如反間諜行動局、保衛戰略設施的反間諜活動局、軍事反間諜局、經濟反間諜局、反恐怖局等。同時，俄羅斯還仿效美國的做法，改革了安全系統的指揮體系。反間諜局直接受總統領導，是聯邦執行權力機關的中央機關，而不再是政府的一個部門。
俄羅斯總統對國家安全機關的此番大改組，引起原安全部人員的不滿。反間諜局首任局長戈盧什科公開指出撤銷安全部“損害了俄羅斯的安全”。於是，在反間諜局成立不到3個月的時間內，俄羅斯在國內和國際上接連發生了兩起令葉利欽十分難堪的事。
一件事是當年的2月下旬，美國政府借破獲俄羅斯間諜埃姆斯案大做文章，在國際上鬧得沸沸揚揚。面對美國的攻勢，俄羅斯諜報機構顯得軟弱無力，有關業務部門更是反應遲鈍。過了好幾天，俄羅斯方面才宣佈美國駐俄羅斯使館參贊莫斯（美國中央情報局工作人員）為“不受歡迎的人”；二是國家杜馬透過大赦令後，正當總統代表與國家杜馬主席磋商如何修改大赦令時，被關押的反對派領導人卻從監獄中放出來了，動作之快使葉利欽措手不及。顯然，反間諜局在這件事中“沒有起到應有的作用”。這兩件事使葉利欽頗為惱火，於是又決定走馬換將，罷免戈盧什科，讓42歲的第一副局長斯切帕申接任局長，至於反間諜局是否自此就能順遂總統的心願，則是另一碼事了。
1990年代中後期的改組與調整（1）
進入1990年代中期以後，隨著國內形勢的變化，俄羅斯的諜報與安全系統也一直在不斷地調整和完善。1997年初以來，經過再次重組機構和調配人員後，又出現了不少新的變化。
變化最大的是領導俄羅斯安全與諜報機構的最高層——安全會議，實現“非軍人化”，以打破原來長期由軍人控制安全諜報機構的傳統。
1997年2月初，根據葉利欽總統指示，俄聯邦國家安全會議進行了重要改組。改組的實質問題是將現役軍人和不稱職的成員全部趕走，取而代之的是能力強、訓練有素、經驗豐富、道德品質符合國家重要機關人員標準的高素質人才。其中，包括不少相關機關領域的專家、學者和業績突出的實幹家。目前，國家安全會議的規模較之以前縮小了20％，人員已不足200人。
隨著安全會議的改組，俄羅斯對內安全機構——聯邦安全域性也進行了大規模調整。局內的“處”被“司”取代。冷戰後，俄羅斯國家安全域性是變化最大的部門。1997年5月，在經歷了5次曲折和重大改組後，該局再次進行調整。其舉措主要是將部分職能相近的處室合併後組成大於處小於局的“司”，從而使內部管理機制和人員組合實現“最最佳化”，以利協作和諧、減少推諉。
改組後，該局編制由13個司、一個隔離偵訊所、一個科研中心和2個相對獨立的附屬局組成。根據新的章程，各司長同時為助理局長，將參加局辦公會議，與局長、副局長共同決策大政方針。此時，該局還開始籌建一個專門打擊跨國有組織犯罪活動的新機構。
此外，俄羅斯的對外諜報機構——聯邦情報局的規模進一步變小。在特魯布尼科夫的領導下，該局人員進一步減少，與1991年相比，其規模減少了30％。
1997年初，俄羅斯國家安全會議召開諜報機構聯席會議，再次明確了新的工作重點，即廣泛獲取世界各國的經濟和高科技情報：加強在中東歐和獨聯體其他成員國內的諜報活動；密切注視西方國家，主要是美國在北約東擴問題上的立場和態度，等等。
在1998年俄“安全機構工作者日”紀念大會上，總統葉利欽又在講話中強調：俄羅斯安全與諜報機構的核心任務是“捍衛國家安全，維護國家利益，保護公民權利和自由等。其中，經濟安全是情報工作者最重要的任務。”
根據總統的新指示，俄羅斯國家安全會議全面調整並部署了國家的諜報與安全工作。其中，聯邦對外情報局，仍然充當對外諜報戰爭的主力軍。其主要工作物件和活動範圍在國外，重點是對付那些對俄羅斯有威脅的國家，包括從蘇聯分離出去的獨聯體成員國。當前的核心任務是：參與旨在反對北約東擴的對外政策的制定和實施，在提高國家整體防禦能力和加快經濟發展中發揮作用。對外情報局局長特魯布尼科夫將此具體化為：維護多民族的國家統一，開展包括軍事技術