5月9日，拿破崙從巴黎來到土倫，監督七軍團3。7萬人裝船的最後準備工作。在上船前夕，他對部隊發表了極具刺激性的演說，允諾每個戰士凱旋迴家時可獲得6畝土地。
5月19日，遠征艦隊由土倫揚帆出航。此艦隊擁有130艘運輸船，由13艘主力艦護送。另外還有42艘三桅快速帆船，以及大小運輸帆船共300艘。主力艦中，〃東方號〃和“阿密臘耳號〃各擁有大炮120門。運輸船上的陸軍由15個步兵聯隊、7個騎兵團和28個連（炮兵連、工兵連和地雷工兵連等）組成，共計步兵24300人，騎兵4000人，炮兵3000人，非戰鬥人員1000人。當最後一名士兵上船以後，太陽昇起來了，太陽是那樣的光彩奪目，以致後來被士兵們高興地稱之為〃拿破崙的太陽〃。燦爛的陽光照耀在排成半圓形的船艦上空，甚是壯觀雄偉。官兵中的絕大部分是久已跟隨拿破崙的，他們認為只要有他在，勝利就有保證。官兵們的心中對未來充滿必勝信心和美好希望。
挺進開羅這次遠征的目的地是嚴格保密的，只有極少數高階官員知道是前往埃及。直到最後一分鐘，官方還稱它是英吉利軍團的左翼兵力，並宣稱他們要經過直布羅陀海峽，繞過西班牙，去愛爾蘭登陸。這個訊息傳到英國海軍司令納爾遜的耳朵裡，他信以為真。當法國海軍離開海港，直奔馬耳他島時，他卻在直布羅陀海峽防守著拿破崙。
馬耳他島位於地中海中部，是大西洋通往地中海東部和印度洋的交通要道，也是地中海最好的港口。當時島上有居民3萬人，由耶路撒冷聖約翰騎士團據守。6月10日，法國艦隊抵達該島，拿破崙立即派兵登陸。島上的騎士只作了些象徵性的抵抗便投降了。拿破崙宣佈此島為法蘭西共和國領土，並廢除了聖約翰騎士團，沒收了他們的土地，建立了新政府。
6月19日，法國艦隊離開該島，同時留下4000名法軍據守馬耳他，以確保地中海法軍的航運能夠暢通無阻。
6月30日，法國艦隊順利到達亞歷山大港附近的埃及海岸。拿破崙派出一艘巡洋艦前往亞歷山大港偵察。不久，這艘巡洋艦就從亞歷山大港返回，並帶來了法國領事馬嘉隆。從這領事口中得知：在法軍到達亞歷山大港以前48小時，英國艦隊就已到了這裡，併到處打聽拿破崙的動向。原來，納爾遜獲悉法軍佔領了馬耳他島後，便大呼上當，他斷定法軍的目的地是埃及。於是，他拉起所有的船帆，取最短的航線，直奔埃及，想不等法軍登陸便把他們消滅在大海里。可是他過於性急，致使英國海軍走得太快，等他到亞歷山大港時，根本不見法軍蹤影。他向當地居民打聽，可當地人壓根就沒聽說過什麼拿破崙。納爾遜又糊塗了，既然法軍不去埃及，又會上哪裡去呢？他又一次自作聰明地斷定法軍的目標是君士坦丁堡，他立刻率領艦隊直奔君士坦丁堡。
拿破崙害怕納爾遜會隨時回來，決定立即登陸。此時海面波濤洶湧，狂風大作，天氣極其惡劣。海軍司令為了安全起見，主張再等幾個小時登陸，他斷言幾天之內納爾遜是不會迴轉的。但是遭到拿破崙的嚴詞拒絕，他說：“時間緊迫，命運只給我3天時間，如果我不充分利用，我們就失敗了。”海軍司令不得不發出全體登陸的訊號。
儘管登陸十分艱難，許多人溺死在海中，但最終還是完成了登陸。7月2日凌晨1時，法軍踏上了埃及土地。3時許，拿破崙親自率領3個師向亞歷山大港出發。幾個小時後，亞歷山大港便落入拿破崙手中。
拿破崙在亞歷山大港停留了6天。期間，他用阿拉伯文向當地居民發出了一份宣告，其內容如下：“統治埃及的貝伊們曾長期侮辱法國，傷害它的商人們，他們受懲罰的時刻已經到來了。
“從喬治亞和高加索買來的奴隸中的這批暴徒，很長時間以來在世界的這塊最美麗的土地上實行暴政；但是，真主，一切都從屬於他的真主已經下令：他們的統治應該結束。
“埃及各族人民，你們會被告知，說我是來消滅你們的宗教的，不要相信這種話！回答是：我是來恢復你們的權利和懲罰那些篡奪者的，我比馬穆魯克①更尊敬真主，尊敬他的先知和《古蘭經》。
……
①馬穆魯克原意為奴隸。埃及在法蒂瑪王朝時從希臘、高加索等處招募奴隸組成禁衛軍，即稱為馬穆魯克。13世紀後，他們的軍官控制了埃及，成了屬於土耳其奧斯曼帝國的埃及的實際統治者，被稱為馬穆魯克貝伊。貝伊原意為地方上的執政者。馬穆魯克有時也被用來稱當時統治埃及的貝伊們所統率的