為主的禁衛軍統帥，又要表現出自己對滿族的忠實，他在這一點上表現得狡猾。出任禁衛軍總管官，這是袁世凱的一種策略，但馮國璋卻在表面上保持與袁的距離，這的確迷惑了一些人。
1912年3月10日，袁世凱任###臨時大總統，不承認唐紹儀與同盟會達成由南方將領王芝祥任直隸總督的協定。馮國璋配合袁世凱的行動，與王佔元等將領聯名上書袁世凱，聲稱直隸各路軍隊，絕不承認王芝祥督直。袁世凱便以此為藉口，將王芝祥改派到南方。
馮國璋是袁世凱的忠實走狗，在各方面都按袁的意圖行事。於是1912年9月8日，袁世凱任命馮國璋為直隸都督。馮國璋擔任了封疆大吏後，驕橫異常。直隸省臨時議會，向馮國璋提出一些要求，他都置之不理。
1913年7月12日黃興抵達南京。15日，在黃興的指使下，江蘇都督程德全宣佈獨立。袁即調張勳督隊猛攻柳泉，鏖戰三日，討袁軍退到徐州。23日，袁任命馮國璋為江淮宣撫使，率軍攻打徐州，討袁軍抵擋不止，不久，徐州陷落。袁急令張勳率部由水路取道清江、揚州、進攻鎮江；令馮國璋率部由津浦路南下速取臨淮，進逼浦口，然後兩軍合攻取南京。28日，黃興因討袁軍失敗，隻身跑到上海。程德全馬上宣告取消獨立。
8月2日，馮國璋部攻佔蚌埠。由於軍事上得勝，袁世凱目腔一切，百倍殘###，密令馮、張，對取消獨立的軍隊一律勤令繳械，將其首領槍斃；倘持觀望，以叛軍論。並命令二人，不論是否取消獨立，必須迅速佔領南京。馮、張督隊星夜兼程前進，討袁軍抵擋不住，敗退至浦口。為迅速佔領南京，袁又以保留第八師建制為交換條件，誘降第八師師長、馮國璋之婿陳之驥。8日，何海鳴帶隊佔領都督府，第二次宣佈江蘇獨立，自任討袁軍總司令。投袁之意已決的陳之驥馬上包圍都督府，拘捕何海鳴，召集軍官開會，說：“戰則取勝無望，和則可以保全”，主張接受袁的條件，和平解決，宣佈取消獨立。第二次獨立僅歷6小時之久。11日，陳之驥渡江迎接馮國璋進城，二十九團士兵乘機將何海鳴釋放，仍舉其為討袁軍總司令，第三次宣告獨立，並打敗第八師，佔領各處險要，加強防禦。張勳部攻陷鎮江後，於15日偷偷接近南京，強佔紫金山、天堡城。守軍奮力反擊，終將天堡城奪回。張督隊再攻，討袁軍給以堅決回擊，戰鬥空前激烈，天堡城五易其手，至21日終為袁軍奪取。這時安徽都督兼討袁軍總司令柏文蔚到來，被推為江蘇都督。馮國璋、張勳和劉冠雄的海軍艦連攻數天，均被擊退。柏文蔚因與何海鳴意見不合從南京出走，何兼任都督。討袁軍四路出擊包圍南京之敵，沒有成功。9月1日，張勳部首先炸燬城牆入城，馮部繼之，南京陷落，“二次革命”失敗。袁軍立即把南京變###間地獄，馮國璋部縱火焚燒了下關，烈焰沖天，數日不熄，無數人民失去棲身之所。城內的袁軍如同野獸一樣恣意燒殺淫 掠，家破人亡都不可勝計，許多婦女投入秦淮自盡。張勳的辮子軍尤甚。
1914年1月，馮國璋調任江蘇都督後，軍統名義取消，禁衛軍改編為陸軍第十六師，由王廷楨任師長兼任江寧鎮守使，隨馮國璋駐江寧，仍歸馮統轄調遣。
三、當上北洋軍直系首領
三、當上北洋軍直系首領
南北調和後，（袁世凱已死）北京政府由副總統黎元洪“繼任”大總統，北洋派實力人物段祺瑞任國務院總理。自歐戰發生後，1915年11月，英、俄、法三國鑑於日本在華侵略勢力日益擴張，曾向中國提議“參戰”當時日本聞訊後，認為中國參戰對於日本不利，而積極反對。而中國則正逢袁世凱急謀稱帝，希望獲得日本支援，也不願參戰得罪日本而影響自己稱帝，因此參戰問題最後未成事實。
袁世凱死後，北洋軍閥開始分化為兩大系集團。以小站出身的段祺瑞為首的皖系和馮國璋為首的直系。段祺瑞、馮國璋、王士珍同為“北洋三傑”長期在北洋集團擔任要職。袁世凱死後，段祺瑞利用天時地利之便乘機控制###。而山東督軍張懷芝、安徽省長倪嗣沖、陝西督軍陳樹藩、福建督軍李厚基紛紛投靠，以他為後臺，這樣就形成了以段祺瑞為首的軍事集團。因段祺瑞是安徽合肥人，故這個集團被稱為皖系。
唯一能與皖系抗衡的是馮國璋的軍事集團。馮國璋和段祺瑞都是小站練兵時起家的北洋集團的重要人物，袁世凱手下大將。武昌起義時，馮率大軍南下攻佔漢口和漢陽，戰功不少。在袁世凱###二次革命時，馮國璋又領兵南下擊敗國民黨的軍事力量