，佔領南京，而後又坐鎮東南，成為北洋集團在南方的核心人物。馮國璋的親信有李純、王佔元分別為江西、湖北省護軍使，這樣在長江中下游形成的一片的馮系集團。馮國璋為直隸河間人，故其集團被稱為直系。直隸是北洋軍的發祥地，很多將領都隸屬直隸籍，如曹錕、陳光遠等都因鄉情人緣關係接近馮國璋，為此直系勢力相當龐大。
馮、段各自的軍事力量，成為北洋集團中爭權奪勢的主要對手，雙方都各有一幫狐群狗黨，互相間各有自己的優勢，直皖兩系之爭以及東北軍閥張作霖的奉系，南方和西南實力派之間的鬥爭，形成了軍閥割據局面。1917年8月孫中山在廣州召開國會非常會議，進行反段護法鬥爭。9月成立###政府，自任大元帥。
黎元洪在南方和西南各省的支援下，由副總統升任為###總統，國務院總理和陸軍總長由北洋軍閥集團段祺瑞佔據。這時，由於段祺瑞撐握了軍事實力，不把黎放在眼裡，為此成為有名無實的總統。這樣一來引起各派不滿。
為了牽制段祺瑞的勢力，國會的國民黨各派組合，由孫洪伊提出了“以馮制段”的策略，推選馮國璋為###副總統，從而來牽制段祺瑞。而黎元洪也想借助馮國璋來抗衡段祺瑞。馮國璋與段祺瑞明爭暗鬥，但都不是段的對手，但雙方的軍事力量是不可忽視的。段祺瑞認為馮國璋離開軍隊的地盤到北京來做副總統，對自己來講也是好事，因此同意馮國璋升任為副總統。
這樣一來，推選馮國璋為副總統已取得一致意見。在1916年10月30日，國會選舉馮國璋為###副總統。但他接下了這個頭銜，卻留在自己的老巢南京，不去北京，守著自己的軍隊和地盤，等待新的時機，爬上總統的寶座。
黎段的參戰問題之爭，馮國璋主張在外交上持中立態度，反對對德絕交和對德宣戰。段祺瑞為了爭取北洋集團系統的支援，對馮國璋的立場是不可忽視的。1917年1月，段祺瑞派專人到南京向馮國璋解說，並請馮國璋進京商談。
2月20日，馮國璋動身北上，一路上分別會見了倪嗣沖、張勳、張懷芝，在外交問題取得一致意見。22日晚，馮國璋到達北京，受到大總統黎元洪的盛大歡迎，黎元洪認為馮的意見與他相同，對他非常熱情，請他下榻總統府當年馮任禁衛軍時的司令部。
馮國璋、段祺瑞和王士珍都是北洋集團的主要人物，三人經過商談，關於參戰問題，馮國璋不表示堅決反對。3月4日，段祺瑞在國務會議透過了對德絕交案；次日，段祺瑞到總統府，要黎元洪在對德絕交案上蓋印，黎卻拒絕蓋印，兩人發生爭執，段祺瑞一氣之下，出走天津。
段祺瑞出走後，黎元洪便企圖改組內閣，徵求馮國璋、徐世昌、王士珍的意見。馮國璋則主張由段祺瑞復職，這一態度，使黎十分惱火。馮國璋雖然與段祺瑞爭做北洋領袖，但不願黎元洪這樣外人坐收漁人之利，這是維護北洋集團的一個基本立場。與馮國璋立場相同的北洋各省長官員雖然對參戰意見不一，但黎元洪逐走段祺瑞都看不下去，紛紛打電報向黎施加壓力。
在這種情況下，黎元洪商定了段祺瑞復職的條件：一、內閣確定方針，總統不再加反對；二、內閣擬定的命令，總統不得拒蓋印；三、內閣訓示各駐外使節、督軍、省長，總統不得干預。
這三項條件的承認，表明了黎元洪在“府院之爭”中的暫時屈服，馮國璋便跑到天津勸說段祺瑞復職，段祺瑞見了這三項條件，心中不快頓時消失，便和馮一道返回北京。
回到北京，黎元洪在對德絕交案上蓋印。參戰問題初步解決後，馮國璋即返回南京。
對德絕交後，接著而來是參戰問題，成為北京政壇鬥爭的焦點。當時反對參戰的輿論極其強烈，北洋系統對參戰不支援，因為怕損失自己的實力。為了達到參戰的目的，段祺瑞藉口召開國事會議為由，召集各省督軍進京開會，解釋其立場，對德宣戰是“宣而不戰”乃是一種外交政策，並不需要各省的兵作戰，這樣，原來反對參戰的督軍們便表示支援段祺瑞的意見。於是借督軍團的力量，段祺瑞而向國會與黎元洪施加壓力。
馮國璋沒有去北京參加督軍團會議，一方面他不願去北京作政壇上的配角，另一方面，在對德政策上，他主張對德以絕交為限，關於對德宣戰保留態度。
黎段之爭引起的北京政局動盪，使清朝的餘孽張勳有機可乘；在各省的督軍脫離北京政府的情況下，手無實權的黎元洪呼救無門；可就在此時辮子軍統帥張勳表示願意調停，並在6月7日率領步、馬