辦大臣一員，正四品的協辦大臣一員，其下設相當於部屬司的局，局設郎中、員外郎，局下設科，科設主事、從事、書辦，至於巡官、左右丞、局務也一併設定，只是各級官員的品階均比各部要低了一等。
審官院、大審院、監察院各設正二品的正卿和正三品的少卿一員，通政院和太醫院同樣設定正卿和少卿，只不過通政院的正卿、少卿只有正三品和正四品，而太醫院的正卿、少卿更是隻有從三品和從四品。
相當於原來吏部的審官院，下設文選、差遣、考功、存檔等四個廳，分設正四品提舉一人，正五品管勾一人。廳下設處，每個處有正六品都事一人，正七品知事兩人，從七品以下書辦若干。院內同樣設定巡官若干，以幫助從事紛繁的政務。
類似大理寺的大審院則在少卿以下設正四品院監一人，從四品院丞兩人，主持院務，此外還有十二名正四品的評事，四名正五品的典律，正七品以下的書辦若干。一旦出現需要大審院出面的重大案情，由正卿挑選若干評事和至少一名典律組成合議庭，進行審理。
等同於都察院的監察院在少卿以下設立負責監察中央及地方的正五品官階的監察御使二十二人。因為監察御史的人數較多，所以鄭克臧特意砍掉了並稱“科道”的六科給事中，這樣一來監察的責任全部壓在了御史的頭上，為了讓監察院能承擔起這副重任，在每名監察御史之下又有四到五員正六品的監察侍御史和相同數目的正七品的監察侍御史裡行作為助手。此外，院內同樣設負責院務的正四品院監和從四品院丞，管理文書檔案的正七品典簿以及正七品至從九品之間的書辦若干。
太醫院則設立正五品的醫宗、從五品的大醫師、正六品的一等醫師、從六品的二等醫師、正七品的一等醫士、從七品的二等醫士、正八品的三等醫士、從八品的一等醫生、正九品的二等醫生、從九品的三等醫生等十個等級的醫官，並在民間採用天地良平四個等級區分醫生的行醫資格，至於院務，同樣由院監和院丞等來負責。
在部，院，衙門之上，鄭克臧還重新設定了政事堂，政事堂由首相、財相、兵相、律相和內相組成。財相在度支部、鹽鐵部以及國庫、海關、稅務諸衙門的尚書、會辦大臣中產生；兵相由陸軍部和水軍部的尚書輪流擔任；律相又叫法相，在大審院、監察院和警政、獄政兩衙門的主官中挑選；內相則在內大臣中挑選；首相又分平章軍國事和參知政事，前者為正，後者為副，各一員，一般參知政事由郵傳部、水利部、學部、禮儀院等不出“相”的部院衙門主官出任，至於首相則在年老重臣中選擇。平時各相獨當一面，最多與首相商議政務，原來明清內閣的票擬權由各相分刮，以避免一人如張居正般獨攬大權。但若遇到重大事件及國策擬定或需要多個部之間溝通處理的事情，則由首相召集在御前先召開政事堂會議解決。
除了這些行政方面的部門以外，鄭克臧還將參謀廳改組為樞密院。樞密院設樞密使一人，副使二人，同知一到三人，僉事四人，同僉事三到五人，一等到四等贊畫若干人。與宋代的樞密院由文官出掌不同，鄭記樞密院是由武官掌握的，但其平時只有向最高統治者建議的權力，並無養軍之財和調兵之權，完全聽命於最高統治者本人並受制於文官掌握的陸軍和水軍兩部，只有戰時才經由最高統治者授權獲得指揮部隊的權力。
按照鄭克臧的設計，今後在各省同樣要設立起分院、分衙門、分部，各府、各縣也要設定職能相同的地方機構，當然，名稱不一定非要這麼定，但劃細條塊，釐清部門間責任是肯定的。不過，由於眼下缺乏足夠數目的合格官員，所以只能先中央後地方的搭起架子，離真正施行還有一段路要走。話說到這，有些東西又不能不說了，要是真的讓鄭克臧完成了政改，那離他建國立號也就指日可待了。
招討大將軍幕府重新組建完成之後，大都督府內的機構隨即撤銷，大都督府也就於朱明王朝的其他幾個一樣淪為了職官，而幕府職才真正是差遣。但鄭克臧還不滿足，因為這一套東西尚不能在地方上施行，於是他又在臨近歲尾封印的前兩天釋出一道命令“附郭離城”作為他地方行政改革的開端。
所謂“附郭離城”也就是把所有在同一城區範圍內的府縣分開，由府來掌握城市的管理權，至於附郭的各縣則移除城外另外選擇縣治。這樣一來，雖然要花廢相當數目的錢財來建設新的縣城，但卻可以成立新的商業中心，同時釐清管理範圍………府縣同城的時候，府常常侵佔縣對城市的管理權，而這一現象在兩縣同城的情況下更為明顯………更為日後全國