營官牛根生、江四海；
輜重營營官趙四海，副營官陸武、崔豹；
水營營官唐正兵，副營官鄭慶、錢來；
騎營營官邵成國，副營官王化、鮑德。
以上諸營成立後，各營即挑選所屬士兵入營整訓，剩餘人員則編入預備兵營，同時各鄉保安隊戰時也歸預備兵營提調，用以補充作為野戰軍種的其它各營。自成軍之日起，有來投太平軍的也全部集中到預備兵營進行訓練，訓練合格後方可獲得補充至野戰軍的資格。
預備兵營營官暫以受傷的蔣和擔任，待其傷愈後再行擇將。預備兵營主官職銜等同戰兵各營，以下則各降一等。
同時成立太平軍軍帥府，各營歸軍帥府直接指揮，軍帥自然由周士相擔任，副軍帥則由向來穩重的秦智生擔任。
宋襄公則擔任軍帥府總幕僚一職，負責軍帥府日常運作，公文軍令軍紀制定、糧草物資分發等，同時協調地方事務，戰時與預備兵營營官一同補充兵員至前線。
各營駐地也要進行變動，原先駐各鄉太平軍太過分散，不利力量集中，也不利應付突發戰事需要。故重新整編後，步軍左營進駐增城一線的銀瓶嘴山，步軍右營和炮營則全部進駐良字都。親兵營和騎營駐香山縣城，輜重營駐龍眼都，水營駐永樂鄉。以上諸營為野戰軍種，不事生產，而預備兵營則在訓練同時要進行生產，故又名生產建設兵團，駐地為前山寨。
新的軍制和官制都是周士相結合衛所軍制和後世軍制自創的新軍制，當中肯定有不合理之處，但時間不等人，周士相也只能先如此安排了。不過為了滿足部下們升官發財的願望，周士相在太平軍內部實行自己那一套軍制，對外則是按普通明軍建制進行封官。
秦智生和蔣和被授予副將銜，葛義、邵九公、趙四海、齊豪，鐵毅被授予參將銜，其他副營官、旅長等都被授予遊擊、都司、守備等官職，一時間，太平軍之內大人稱呼不絕於耳，當然，這些大人們全是記名的，還沒有永曆朝廷正式授予的官憑和官印。
為了解決這個問題，周士相頭一次以記名潮州總兵的身份向昆明的永曆朝廷發去奏章，奏章是宋襄公一個字一個字寫下來的，字裡行間反覆推敲又推敲，做到沒什麼犯諱這才送到新會，請陳奇策派人送到雷州的總督衙門，再由兩廣總督連城壁代為上呈朝廷。
奏章中，周士相向永曆帝表明了自己身為明臣，堅決抗清的忠心態度。並詳細記錄了太平軍自羅定立營後的大小戰事，及為朝廷奪取新會、香山的經過。周士相請求朝廷能給予自己合適的身份，畢竟他麾下已有上萬人馬，單一記名總兵的身份無法讓地方士紳信服，也無法讓自己的部下安心，所以為了廣東抗清的大局，也為了安定人心，天子最好能給自己一個實授的總兵封號，並且給予自己的部下實授官缺。
這份奏章是擺明了跟永曆朝廷要官的，這不是一個臣子應有的態度。宋襄公勸周士相不要這樣寫，只說說功勞就行，永曆朝廷裡那幫大臣們不是傻子，會知道接下來怎麼辦。
可週士相偏不同意，非要這麼寫，他的理由是太平軍是自己一手拉起來的，新會也是自己奪下守住再交給陳奇策的，更別說自己還重創了清軍，如今太平軍在香山。朝廷一文銅板也沒撥過，一粒糧食也沒給過，他周士相卻偏偏替朝廷收復了香山，牽制了廣東清軍。並且正在部署收復廣州。收復廣州肯定是虛張聲勢，誇大其詞，不過周士相愛怎麼寫就怎麼寫，永曆帝總不會因為他虛張聲勢就抹殺他的功勞吧。也不能不給他回應吧！
周士相併非是真的要官，只是不想讓部下們失望而矣。他任命得再好聽，也都是些記名。而能去掉這個“記名”的只有永曆朝廷，否則除了他扯旗自己幹就一點辦法也沒有。畢竟有正統的大明皇帝給自己授官，一眾土匪、貧民、降兵出身的太平軍官們會覺得身價倍增，這個官也是有名有實，能光耀祖上門楣的。最重要的是有了永曆朝廷正式的任命，這些人對於永曆政權才能有最切實的認知，對於南明的忠誠才會慢慢建立。
周士相不會昏了頭學孫可望，所以他要宋襄公寫了這封要官的奏章，至於永曆帝怎麼想就是他的事了。雷州的連城壁又是如何看待他這份奏章，周士相也不在乎，甚至這份奏章是不是能送到昆明他也不在乎。他實際就是表明一個態度，而這個態度本質上是讓連城壁瞧的——你到底給不給我實授？
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新的編制和各將主官任命後，太平軍上下就迅速忙碌起來，連帶著各鄉公所也跟著忙，畢竟軍隊移