這種傳言愈演愈烈，甚至部分同盟會會員也相信了。萬般無奈之下，宋教仁只好邀請孫中山、黃興出席改組大會，以此澄清事實，還自己一個清白。
孫中山對此倒沒有拒絕，很爽快地答應了宋教仁的請求。在參加五巨頭會議期間，專程撥冗參加了在湖廣會館舉行的改組大會。這個大會醞釀已久，與會者達兩千多人。孫中山在會上發表演講道：“孫某浪跡海外數十年，所遊歷的國家不可勝計，然而不管政府是民主的或是君主的，政黨總是存在的，而且政府的指導權也總是從這一黨轉移到另一黨的。而我中國在革命以前，有**而無法治，有臣僕而無國民，一切政務都是遵奉君主意志而行事，臣僚之間只有朋黨，並無政黨。如今革命成功，民國初建，中國才開始有了自己的政黨！
“我同盟會成立於前清，因為彼時我國民受人奴役有如牛馬，生活困苦不堪，故而孫某提出民族、民權、民生之三民主義，汲汲於推翻與破壞事業。如今民國已經成立，民族、民權二主義大體實現，眼下要務在於鞏固共和，實行民生主義。然而建設之事較破壞尤難，必須要聯合所有贊同共和的人才共同奮鬥，目標才能實現。
“所謂政黨者，即國民立黨所以鞏固國家、代表人民者也。而今我們五黨聯合，共同為民生主義努力，正符合立黨之本意。聯合之後的新政黨無論將來處於行政地位，還是處於監督地位，總要以利國利民、富國強民為前提。與其他政黨之間若是存在政見、行為上的分歧，也要以是否有利於鞏固共和、實行民生為出發點，不分敵我，只辨是非。如此，則我中華民國的富強昌盛指日可待！”
雖然改組大會上說是同盟會與統一共和黨、國民公黨、國民共進會、共和實進會等五黨合併，其實隨後“全國聯合進行會”也加入其中，實際上算是“六黨合併”。改組後的新黨派取“共和之制，國民為國主體”之意，定名為國民黨。
“國民黨”這個名字對於國人並不陌生，一提到它，我們自然而然就會想到孫中山、蔣介石所在的那個黨派。其實“國民黨”在民國初年是很時髦的政黨名稱，所以在新中國黨成立之初，沈翔雲才會提出定名“國民黨”的建議。除了眾所周知的那個國民黨外，至少還有兩個黨派以此命名：
第一個是由清末康有為、梁啟超組織的帝國憲政會改頭換面而成的“國民黨”，於1912年2月27日在上海正式發起，同年5月併入共和黨。
第二個是1912年5月共和建設討論會、國民協會、統一共和黨、國民公黨等黨派在北京舉行會議，準備合併成“國民黨”，草擬的《章程》第一條就是“定黨名為國民黨”。但這個“國民黨”還沒有組成，即宣告流程，可謂是胎死腹中。
而我們熟知的那個國民黨成立時間最晚，而且它的成立完全是北京同盟會本部（或者說是宋教仁）的自作主張，並未徵求國內外廣大同盟會會員的同意，很多老同盟會員在接到同盟會本部改名國民黨的通告後甚至失聲痛哭。不少同盟會支部對此次改組予以抵制，像廣東的同盟會，直到1913年初才改名為國民黨。
在這次會議上，眾人選舉孫中山為國民黨理事長，黃興、宋教仁等9人為理事。不過孫中山似乎對這個理事長頭銜並不感冒，一再聲稱自己想要脫離政界，專心從事於民生實業，所以想退位讓賢。此舉無疑坐實了之前架空的傳言，弄得宋教仁毫不尷尬。眾人苦勸良久，孫中山終於勉強就任理事長一職。可他一轉身，又對外界宣佈因為自己修築鐵路關係重大，無暇顧及國民黨內事務，委託宋教仁代理理事長職務，全權處理所有事宜。
訊息一傳出，輿論頓時為之譁然。不過此時宋教仁已經顧不了那麼多了，因為熱火朝天的國會選舉已經開始暖場，他需要全身心投入這場民國元年最熱鬧的年度大戲。再者說，此次改組本來就是為了掌控同盟會，爭取臨時參議院的多數派地位，為隨後的國會大選以及競爭組閣做好準備。既然已經獲得了實利，何須計較那些喧譁的虛名？
事實也表明，國民黨成立之後，不僅黨員人數有所增加，而且在北京臨時參議院中也確實佔據了第一大黨的地位。儘管沒有一舉奪得多數派席位，這已經足以讓共和黨和新中國黨小心警惕的了。何況宋教仁還小動作不斷，隔三差五就打共和黨與無黨派議員的主意呢？
面對如此戰果，宋教仁也是滿懷喜悅，私下裡得意洋洋地跟自己的親信說道：“從此之後，民國政黨唯我獨大，共和黨雖橫，新中國黨雖強，其能與我黨抗衡不？黎元洪雖名為首義都督，孫元起雖號稱當今聖人，其