愧，他上疏請求辭職，時逢京城發生地震，天空又出現彗星，於是他在辭疏中，說妖象怪徵層見疊出，是自己任職不力的結果，表示要痛加反省，因此提出辭官。他的一番不倫不類的說辭，引得朝臣們一片鬨笑。對於他的辭請，皇上並沒有批准，於是方從哲泡開了病號，在家中一躺就是四十多天，致使午門東的內閣大堂，整日大門緊閉，無人理事。皇上實在等不下去了，便派鴻臚寺官員去相府宣諭：“輔臣方從哲速出視事 ！”方從哲無奈，只得出府上朝，但他並不進內閣辦公，而是在朝房待命。
皇上還是挺給方面子，降旨懇留，仍請他主持政府。為了安慰他，皇上不僅沒有處罰方的助手兵科趙興邦，反而擢升趙為太常少卿。此時已成為東林黨人的夏嘉遇，對此十分氣憤，他上疏怒斥趙興邦，指出趙應與楊鎬同罪。夏的上疏博得輿論和朝臣的支援，趙興邦晉升一事最後落了個無果而終。
不久，遼東戰火又燃，努爾哈赤率重兵直逼開原、鐵嶺。病中的皇帝朱翊鈞心急如焚，他聽從大臣楊鶴的建議，任命大理寺丞兼河南道御史熊廷弼為遼東經略。在明代經略一職專為督師而設，其權力高於一省的總督和巡撫，熊廷弼從一個小小的七品御史驟升為指揮數十萬軍隊的邊關統帥，可謂一步登天，然而熊廷弼並非等閒之輩。
熊是湖北江夏人，從小放牛讀書，三十歲考中進士。他身高七尺，善騎射，能左右開弓，識兵法，有膽有識。十年前，四十歲的熊廷弼，曾以巡按御史身份巡視遼東，足跡遍及遼東的山山水水，他審時度勢，向朝廷呼籲建州女真才是大明朝真正威脅，並一針見血指出“努爾哈赤包藏禍心，###已彰” ，在給皇帝的奏疏中，建議皇上採取“以夷攻夷”的方略，即發動女真其他部落和蒙古共同鉗制努爾哈赤建州女真，以及大力發展屯田鞏固邊防的對策。在巡查遼東的日子裡，熊積極備戰，修建了七百里關外長城，增修了七座新城，新建了十七個糧倉，儲備糧食多達三十萬石。
自遼東歸來後，熊調到南京一帶做督學，他辦事認真，試卷都親自批閱。閱時，在一旁放一罈酒和一把劍，每當發現一篇好文章，他必飲一大杯酒助興；當遇到不堪入目之文，他便舞一回劍，以抒發胸中鬱悶。在他管轄範圍內，凡是才學之士，譬如馮夢龍，都會受到選拔，無一遺漏。熊是湖北人，屬於楚黨，任督學御史期間，結識了宣黨湯賓尹，湯因搶奪逼死秀才妻子一案，激起民憤，引發了一場訴訟。熊廷弼偏聽偏信，竟杖殺了原告，後遭到彈劾被罷官。
熊回到原籍湖北，過上了隱居的生活，一天，過去的門生馮夢龍（即後來創作《三言》的通俗文學家），從蘇州老家乘船到江夏，來向熊廷弼求救。馮不久前把收集的山歌匯成詩集，取名《掛枝兒》，並把它刊印出版，因書中絕大部分內容是描寫愛情的，頗受到一部分正統文人的攻擊，稱之“淫詞###” ，就連馮的父兄也排斥他。馮處境狼狽，幾乎不能容身於家鄉，他知道熊廷弼原在江浙一帶做督學，因此特地遠道前來求老師設法。
馮與熊已數年未見，今日突然造訪，熊開口說：“海內盛傳馮生《掛枝兒》曲，曾想過送一二冊給老師拜讀嗎？”馮夢龍聽了，以為老師怪罪自己不常來走動，便連忙道歉，沒想到熊廷弼竟哈哈大笑起來，笑後隨口吟出一曲《掛枝兒&；#8226；泥人》 ：“泥人兒，好似咱兩個。捻一個你，塑一個我，看兩下里如何將它來揉和了重新做，重捻一個你，重塑一個我，我身上有你，你身上有我。”馮夢龍見老師很喜歡自己的作品，心裡輕鬆了許多。熊吟誦完畢，對馮說你的遭遇我已盡知，不必介意，眼下先用飯。……
飯菜擺上來，馮夢龍一看，粗米少菜難以下嚥，而老師卻忘形大嚼。飯後，熊送給馮一個大冬瓜，並無多言。等馮夢龍回到蘇州府常州縣家中，才知老師 已派人送信給知縣大人，替自己解了圍。
如今，熊廷弼被任命為遼東經略，即將率兵奔赴戰場，此時他又想起了馮夢龍。馮十年來屢試不中，連個秀才都沒能考取，自己何不拉他一把，把他召到軍幕中，提攜他以軍功掙得一個前程，最終走上仕途之路。於是熊寫信告知了馮夢龍，馮讀後大喜，便跟隨熊經略一同進了北京城。