當後金入關的訊息傳到京師時，原本還正為招撫流賊投降而高興的崇禎皇帝立時大驚失色。
他當即嚴下旨意，命山西、河北各地方守城官員務必守住城池，如城池被破，地方守官立即重典處死，全家流放。
對於崇禎皇帝的這道旨意，各地方守官卻是當做了耳旁風。
等到後金軍兵臨城下之時，各地方守官無不膽怯怕死，不敢應戰，要麼緊閉城門發射大炮壯膽，要麼直接棄城逃跑。
南山參將毛鑌，帶部分官軍支援永寧，永寧城的守將擔心他是後金軍假扮的，四門緊閉。
守將在城上與毛鑌對話許久，也不敢放毛鑌進來。
守城官員懼怕後金兵到如此地步，讓人啼笑皆非。
隨著後金兵越加深入到山西、河北境內，紫禁城中的崇禎皇帝越加驚慌起來。
他又一次下令，宣佈京師戒嚴，並急調陳奇瑜領兵前來勤王。
可還沒等崇禎皇帝的聖旨發出紫禁城，陳奇瑜快馬送來了一封請罪奏摺。
崇禎開啟摺子一看後，臉色再次變得陰沉。
才剛招撫沒幾天的李自成等流賊竟然復又反叛了。
崇禎盛怒之極，當下旨意，如若一月之內未能剿滅流賊，將嚴懲不怠。
陳奇瑜的援兵是不指望了，崇禎只好將正在圍剿高迎祥的三邊總督洪承疇抽調出來，領兵進京勤王。
崇禎的這一昏招，更加使得陳奇瑜圍剿流賊的兵力不足，包圍流賊的打算也徹底落空了。
崇禎七年七月二十五日。
後金軍分兵克靈丘，破保安，突入內長城，越過保定，進至安州。
安州至京師只有兩百里之遙，騎兵縱馬疾馳也就一日能達。
當崇禎收到保定巡撫的急報後，又一次嚇的大驚失色，急下聖旨，令河南、山東總兵領兵進京勤王。
而對於這次後金軍入寇之事，被多次受到驚嚇的崇禎皇帝自然要找人出來問罪了。
很快，宣大總督張宗衡、宣府巡撫焦源清、大同巡撫胡霑恩、山西巡撫戴君恩均以治疆罔效、御虜無功等罪名被罷斥聽候，三鎮總兵與監視太監也同樣被免，大明官場掀起了一波大地震。
可是，新接任的宣大總督楊嗣昌、宣府巡撫陳新甲、宣府總兵盧抱忠等人在崇禎皇帝的殷殷期盼下，依舊是沒有挽回敗壞的局勢。
後金軍在山西及河北如入無人之境，沒有遇到半點的阻礙。
八月初，後金軍二十來個騎兵在山西淳縣掠獲婦女小孩千餘人，經過代州城下時，望見城上自己的親人，互相悲啼，城上明軍卻不敢發一矢，任後金兵從容過去。
崇禎聽到後，更是氣的直跺腳，但卻又無可奈何。
隨著時間來到八月初十。
洪承疇率領的五萬明軍也終於趕到了京師。
崇禎聞訊後大喜，提心吊膽的心也略微安定了一些。
可還沒等崇禎安定多久，大同又傳來求援急報，皇太極領兵三萬，正在猛攻大同。
儘管守衛大同的是總兵曹文詔，也是能征善戰的一名猛將。
但面對三萬後金軍的進攻，曹文詔也只能死守大同。
崇禎無奈，只得從遼東抽調關寧鐵騎，日夜兼程奔赴大同救援。
......
崇禎七年八月底。
後金軍已是在大明境內劫掠了快兩月之久，被後金軍攻陷的城池多達十二座，而明軍卻依舊是按兵不敢戰，死守城池。
皇太極見劫掠已是足夠，遂揮師向東轉進，進攻宣府鎮萬全左衛，斬殺守備常汝忠，殲滅明軍千餘人，而後從尚方堡出塞，班師回瀋陽。
至此，後金第二次入關結束。
此次，後金共劫掠人口二十萬餘，牲畜三十多萬頭，錢財三百萬餘兩，自身損失幾乎不計。
而明軍卻是傷亡三萬多人，山西大同及宣府境內可謂是一片殘破。
......
就在後金軍在大明境內四處劫掠之時，陝西的陳奇瑜也陷入了剿賊困境。
自崇禎召洪承疇領兵進京勤王后，由於剿賊兵力的不足，包圍流賊的圈子也出現了漏洞。
儘管陳奇瑜一刻不敢停歇的追擊流賊，但奈何流賊的戰術撤退著實厲害，任憑陳奇瑜如何的追擊，流賊總能逃脫掉。
就這樣，陳奇瑜一邊追，流賊一邊逃。
在逃跑的過程中，李自成等流賊會合了闖王高迎祥，