人馬再次擴大到二十餘萬人了。
這下，陳奇瑜徹底醒悟了過來。
他連忙停下了追擊，命河南、湖廣、四川、山西四省官軍進入陝西，合剿流賊。
在進剿的過程中，流賊的實力也在逐漸變得強大。
參與進剿的湖廣副總兵楊正芳及部將張士達由於輕兵冒進，在漢中被埋伏的流賊斬殺。
這兩位官軍將領的陣亡，使得進剿的四省官軍變的更加小心翼翼，再也不敢輕兵冒進。
這也給了高迎祥李自成等流賊逃脫的機會。
四省官軍圍剿，高迎祥李自成等流賊就是再自大，也不敢主動去與官軍正面對陣。
因此，面對四省官軍的四面包圍，高迎祥李自成等流賊不得不再次跑路了。
於是，高迎祥李自成等流賊遂分兵三路，一路往慶陽，一路進湖廣鄖陽，一路進河南。
流賊分散逃跑了，陳奇瑜徹底傻眼。
眼瞅著崇禎規定的剿賊期限已到，陳奇瑜只好聽天事盡人命，盡著自己最後的職責，將流賊圍剿到底。
也許崇禎是被後金軍入寇的事情耽誤了，限定陳奇瑜剿賊的期限已是過去了十來日，仍不見紫禁城傳來旨意。
陳奇瑜不由的心中慶幸，難道陛下是要我戴罪立功。
可還未等陳奇瑜慶幸多久，八月二十日，崇禎皇帝終於來了旨意。
因陳奇瑜剿賊不力，招撫流賊復又反叛，局勢崩壞，其縱寇、玩寇及欺君三罪實難饒恕。
原本廷議是將陳奇瑜斬首問罪，後崇禎念其剿賊勞苦，便只奪去五省總督之職，遣戍邊地。
另遊擊將軍唐通、神木道參將劉遷、靖邊道參將夏鎬、榆林衛指揮僉事李耀四人也被奪去官職，押入錦衣衛詔獄，加以審訊是否有通賊之嫌。
至於尤世祿、劉博源等將領，皆留職聽用，戴罪立功。
崇禎在這個時候撤下了陳奇瑜，卻沒有及時安排接任者。
這使得剿賊工作沒有了指揮，各省官軍只得守住要地。
李自成等流賊也趁此時機，再次在河南、湖廣等地肆虐。
兩省巡撫無奈，求救的奏摺如雪花般的飛入紫禁城。