隊和第五專區不大放心。三縱隊的舊軍官很多，縱隊領導下不了決心撤換這些人。
正在這時，爆發了晉東南事變：孫楚軍包圍襲擊陽城、晉城、沁水、浮山等縣的抗日政府。犧盟會幹部和抗日群眾遭殘殺者100餘人，被捕者300餘人。孫軍散兵四出搶劫，城裡城外，山上山下，一片恐怖。
明知山有虎，彭德懷仍舊向事變的中心地進發。他必須找到戎子和，弄清情況，穩住局勢。
在陽城東露宿了一夜之後，12月25日，彭德懷在沁水東柿莊的沙門口見到從沁源開會返防的戎子和，得知三縱隊的遊擊八團己在舊派軍官的把持下實行反共，中央軍己進駐陽城。彭德懷即命令戎子和馬上返部，把各團不可靠的舊派軍官控制起來，帶部隊迅速向高平黃克誠旅（三四四旅）靠攏。
身臨事變，彭德懷看到，和閻錫山的一場較量已不可避免。稍後，蔣介石必乘隙進攻，更將進而危及太行根據地。
這時，孫楚軍最兇狠之獨八旅和國民黨二十七軍，已進入沁水縣境，到處抓人、殺人，形勢一髮千鈞。彭德懷立即與總部通報。向朱德、左權、楊尚昆（並報中央）提出，以陳賡為司令員，黃克誠為政委組織晉豫邊八路軍第二縱隊司令部，將現在太（行）南的八路軍各部和決死第二縱隊統一指揮起來；令賀龍、關嚮應立即率部返回晉西北，統一指揮同蒲線以西的八路軍和決死隊；令決死一縱隊進入安澤以南，以抗擊頑軍的進攻。閻錫山的“雨”傾盆而下，彭德懷及時張開了“雨傘”。27日，彭德懷在高平縣陳匯村黃克誠旅向總部、北方局和中央報告：“決死三縱隊八團、九團、十一團已叛變。”彭德懷請中央和總部令當時在屯留附近的決死三縱隊第十團迅速靠攏八路軍，“萬勿遲延”。十團因此得以保全。
28日，決死三縱隊200 餘骨幹在戎子和率領下突圍到達陳匯。
天氣很冷，人多屋少。彭德懷把三縱隊的幹部叫來，和自己住在一個炕上，仔細詢問情況，鼓勵他們要 “敗不餒”。決死三縱隊的沉痛教訓，成為彭德懷決心發動一場反磨擦戰役的起點。像在每一次採取重大行動前一樣，在身旁人的鼾聲中，彭德懷在炕頭盤腿端坐到大明。他凝神閉目，慎重地籌劃著怎樣勝利地打出他所說的“第二槍”。
毛澤東指示了反磨擦鬥爭的策略：“有理、有利、有節”。彭德懷反覆地琢磨這6 個字：八路軍自衛反擊充分有理，這一點中間派也不能不承認。現在需要的是造成有利的反擊條件。八路軍在敵後，隨時遭日軍掃蕩，自衛反擊必須選中要害，一舉成功，速戰速決。但是，太行、太嶽的兵力，還不足以造成優勢。他需要解決這個矛盾。他決心命晉察冀軍區司令員聶榮臻乘日軍掃蕩的間隙，密率晉察冀主力南過正太路，和一二九師會合，以優勢兵力迎擊必將擴大的反共高潮。
1939年是國民黨頑固派發動反共“磨擦”的一年。艱難戰鬥於敵後的八路軍又在國民黨頑固派發動的反共高潮中迎來了1940年。
從鹿鍾麟主冀以來，為消弭磨擦，周恩來、朱德、彭德懷、劉伯承出面與蔣介石、閻錫山、程潛、衛立煌、鹿鍾麟分別進行過多次電商、面談，提出過多次解決方案，中共方面作過多次讓步，終於無效。十二月事變後，八路軍的處境空前險惡。除日軍的封鎖、掃蕩外，從晉西北到晉東南，從中條山到晉冀豫邊和山東半島，蔣、閻對八路軍和決死隊形成了一個半圓形的大包圍圈。八路軍退無可退，忍無可忍。1940年對八路軍來說，也以向蔣、閻軍實行反擊開始。
在晉西北，自晉西事變後，決死第二縱隊和八路軍晉西獨立支隊突破閻軍包圍，在八路軍羅貴波、彭紹輝部接應下到達晉西北。2月，賀龍率一二○師主力返回，2月底，全部肅清了晉西北地區反共的舊軍。晉西北抗日根據地得以鞏固，成為陝甘寧邊區的可靠屏障。在晉東南，決死一縱隊因在事變高潮中將舊軍官集中控制起來，未遭到損失。1月中旬，蔣介石以5個軍進犯太南太嶽。19日，朱德、彭德懷下令陳賡率三八六旅主力移駐太嶽，統一指揮太嶽之八路軍及決死隊：“如對方進犯時，則堅決打擊之。”太嶽陣地得到鞏固。朱德、彭德懷又令黃克誠指揮八路軍及決死三縱隊恢復了太嶽南的部分陣地。
閻錫山苦心導演的以舊軍吞併新軍、以舊派搞垮新派的反共戲，至此進入尾聲。閻錫山透過事變完全控制了晉西南，佔領了晉東南的部分地區，退出了晉西北；拉走了決死隊的3 個團，卻逼使山西新軍的40 個團完全過渡到共產黨的領導之下。在對閻