士南歸荊州，否則大軍至江陵，將悉戮餘口，以此脅迫桓、楊置朝命於不顧。這種複雜的利害關係，使得殷—桓—楊聯盟又維持了一個短暫的時間。他們彼此以子弟為質，盟於尋陽，共拒朝命，不過盟主地位已由殷仲堪改屬桓玄。此時，孫恩之眾已起於會稽，上游之事朝廷已無力顧及。
隆安三年（399年），殷仲堪與楊佺期共謀襲擊桓玄，反被桓玄分別消滅。桓玄並有殷、楊軍力，獨攬上游，對建康威脅甚大。只是由於孫恩之眾橫掃三吳，上游才得短期斂兵，未向下遊發動攻擊。
元興元年（402年），司馬元顯討伐桓玄，桓玄乘機舉兵東下，至於姑孰，北府將劉牢之向桓玄投降。桓玄入京師總攬大局，劉牢之所領的徐、兗刺史亦為桓玄所奪。桓玄殺司馬元顯，流司馬道子。劉牢之懼禍，擬奔江北，途中自縊而死。桓玄消滅了一切對手，並趁盧循主力泛海南下之機，於元興二年十二月代晉為楚。
三，總結
上述晉末政爭的五個階段，是江左的太原王氏由極盛到覆滅的過程，是嚴格意