在新內閣成立後不久嘉明又對國家安全委員會進行了大規模的改組，秘書長的權力被削弱不再擁有統兵權及一般決策權（也仍須報紫辰殿備案）只是負責召集和協調軍方系統與內閣各部門的配合與協作，以及各軍兵種之間的協調；但由於新任秘書長楚天雄兼任內閣副總理和國防大臣，因此他實際上所掌握的權力並不比前任小多少！不過由此可以看出天佑皇帝對軍權的看重和對權力過度集中的警惕。 對國安會的改組主要是側重於繼續深化軍隊改革，即軍隊‘皇家化’！也即是無論何時何地軍隊都只能忠誠於帝國皇帝！為此嘉明還大刀闊斧地推進調兵權與指揮權的分離，國防部及其所屬的陸海空三部和戰略導彈司令部擁有對各大軍區各兵種的統一調兵權；而指揮權則歸屬於總參謀部！另外同樣直屬國安會的總政戰部被賦予了指導全軍政治思想領域（宣傳教導軍隊必須無限忠誠於帝國和皇室）的一系列權力！至於總後勤部則將所有與生產營運有關的東西全部剝離改以競標採購的方式專門負責對軍隊的所有物資和武器裝備的保障供給，由此也大大減少了軍隊權力尋租產生腐敗的空間。 國安會另一個最重要的組成部分就是情治諜報單位－－－國安部，嘉明將之前的國防情報局等分散於各部門的這些諜情局統一劃到國安部名下並按對內歸屬國安總局，對外則歸屬帝國情報總局。 嘉明還將原警政署升格為掛靠內政部的警政總局，並加大了警察在處置反恐和危害公共安全罪行等方面的權力，比如臨時突檢各類公共場所和隨機抽查街上行人的身份證明等等；但此舉就招致遠避海外的人民黨和一些異見人士的抨擊，指天佑皇帝和他的朝廷踐踏人權並加強獨裁！嘉明卻絲毫不為所動地又作出一個大舉動：將原屬各州的治安部隊統一編為直屬國安會的內衛部隊！同時又從身邊銀衣衛和紫衣衛中抽調優秀人才到各州擔任其內衛部隊的司令官，此舉無吝於再次加強了朝廷的中央集權並大大削弱了地方分裂勢力。 由於之前因應官場腐敗而設立的帝國特別調查委員會成立之初效果十分顯著，天佑皇帝曾對它寄予厚望認為舉凡官場陋習及民間不平之事都可解決，但在經歷了三十年的高效運轉後也漸顯疲態；而且隨著經濟的高速成長加之朝廷各部門和各級政府日益深陷各種利益旋渦中，最後竟連特調委的兩大組成機構－－－特別巡察廳和秘密調查局也未能倖免！尤其是在天佑二十五年震驚全國的福州貪腐窩案一連將東南區的巡察官和秘查使全部掃落下馬！也讓嘉明震怒之餘下定決心要對這一帝國廉政秩序最後一道防線進行必要的整頓。 經過一段時間的深思熟慮和參考古今中外的成功經驗後，嘉明認為特調委以及秘查使和巡察官的權力過大且無制衡而導致的絕對權力產生絕對腐敗！痛定思痛後他決定收回一部分權力，規定凡秘查使和巡察官所辦涉及朝廷縣處級以上官員和所涉金額超過十萬龍幣以上案件均須上報特調委總部備案，涉及州部級三品大員一律須報紫辰殿備詢！此外他還下令非特別情況不得濫用金龍令以及調動軍警等特權（如遭遇叛亂和恐怖行動等須直接上報總部並紫辰殿處理），為此嘉明還下旨讓財政部撥專款用於更新所有巡察官和秘查使的全球衛星定位高畫質視訊通話系統；這樣無論發生什麼突發狀況都能隨時隨地與總部保持聯絡並讓總部也能掌握所有在外人員的動向。 此外嘉明還規定無論是秘查使還是巡察官都無審判權但保有案件監督權，即所有民事或刑事亦或經濟治安等案件都會交由各專門機構去辦理，而他們擁有追查和問責甚至彈劾的權力！但若是他們藉由手中特權誣陷或打擊迫害別人，一旦被總部查實勢必遭到嚴懲！同時為順應時代潮流特別院就是為了將調查權和審判權分開，但不曾想積重難返司法部繼承了刑部的查案和審判權甚至還一度控制了終審權讓最高法院徒具空殼；這種身兼辦案和審案的多重角色本身弊端就嚴重，以至於有一度全國冤假錯案不斷讓京城滿大街的都是上訪甚至要告御狀者！ 天佑皇帝在查覺事態的嚴重性後曾讓李清揚出面召集相關部門開了不下六七次協商會議，但每次都是無果而終！於是他果斷撤換了司法部和最高法院的主要負責人，並透過《天龍律》裡面的帝國組織機構章程規定了司法部除了保留案件調查權和複核權外不再擁有審判權！此外另設獄管局和律政署負責管理全國大型監獄和從事法律法規等相關人員的管理。 而對於最高法院的最終定位即在涉及《天龍律》這一最高法典上具有無可爭辯最後裁決權，除非皇帝陛下特赦或作出御斷！因此無論是司法部調查局所辦的案子或是警政部門等其它機構報請複核的案件一律要上交最高法院或其指定的巡回法庭及州高等法院審判！其