年（1614年）二月，慈聖皇太后終於走到了生命的盡頭，告別她為之費盡心血但仍牽腸掛肚的朱家江山和不爭氣的兒子，溘然長逝。就在臨死之前，她又辦了一件足以令群臣熱血沸騰、讓萬曆十分尷尬、而叫鄭貴妃恨之入骨的大事。
按照明朝祖制，所封藩王必須住在自己的封國裡，非奉旨不得入京。但鄭貴妃的兒子朱常詢卻恃父母之寵，竟在皇宮中十多年不赴封國洛陽。大臣們為了保住已經取得的成果，也為向國家示忠，多次勸諫萬曆讓福王常洵往赴封國。在這件事上，萬曆再次顯示了他並不高明的狡辯才能。
他先是以福王府第尚未建成來要挾群臣，致使工部加緊給予修建；待王府建成後，萬曆又稱寒冬臘月，行動多有不便，等來年春天再赴封國；可是到第二年春天，萬曆卻說若要去封國，“福王非四萬畝田莊而不應”。早已等得不耐煩的臣僚，見皇上如此出爾反爾，言而無信，立即群起而攻之。內閣大學士葉向高首先抗疏說，《大明會典》規定親王祿米為一萬石，不能隨意增加。帝國田地之數有限，而聖子神孫不斷，如此以往，不只百姓無田，連朝廷都會無田。景王、潞王要田四萬頃，已被大家認為是敗壞了祖制。前車之覆、後車之鑑，希望皇上不可效尤。
正當皇帝和群臣爭得難解難分，行將就木的“幽靈”出現了，她先是召問鄭貴妃：“福王何未赴封國？”
極端聰明伶俐的鄭貴妃，不像上次萬曆皇帝在母親跟前那樣慌亂和愚笨，她沉著地回答：“太后明年七十壽誕，福王留下為您祝壽。”
慈聖太后畢竟深懷城府，她冷冷地反問：“我二兒子潞王就藩衛輝，試問他可以回來祝壽否？”鄭貴妃無言以對，只得答應督促福王速去封國就藩。
萬曆皇帝敵不住太后和大臣們的輪番攻擊，在慈聖太后去世一個月後，終於讓福王赴洛陽就藩去了。臨行那天早晨，天空陰沉，時有零星雪粒落下，北國的冷風從塞外吹來，使人瑟瑟發抖。宮門前，鄭貴妃和兒子面面相對，淚如泉湧。萬曆皇帝在午門前和兒子話別，反覆叮嚀：“路途遙遠，兒當珍重……”當福王進轎起程的剎那間，已是兩鬢斑白、長鬚飄胸的萬曆皇帝再也控制不住自己的感情。他抬起龍袖，想遮掩自己發燙的眼睛，但渾濁的淚水還是嘩嘩地流了下來。
回到宮中，萬曆皇帝即臥龍榻，悲痛欲絕。他感到深深的內疚，因為自己到底還是辜負了鄭貴妃的一片痴情，沒能把常洵立為太子。自己雖貴為天子，而終被群臣所制，讓愛子離京而去。一切都在失去，權威、父子深情、榮耀……，備受創傷的心中只剩一個鄭貴妃了。他讀過有關叔祖正德皇帝的《實錄》，儘管這位生性剛毅不馴的皇帝一生都在想擺脫群臣對自己生活的干擾，但還是以失敗而告終。萬曆深知文臣集團只要意志一致，就是一種堅不可摧的強大力量。幾十年來的恩恩怨怨、是是非非，終於使他明白了做一個“皇帝”的含義。
事實上，萬曆缺乏他叔祖的勇氣和主動性。他從小就沒有嚐到過自由的滋味，也不是憑藉自己的能力獲得臣下的尊重，既如此，他就只能顧影自憐並一再向臣下屈服。
然而，萬曆又不是一個胸襟開闊、坦蕩豁達、寬厚待人的皇帝，他的自尊心一旦受到損傷，便設法報復；報復不是在於恢復皇帝的權威而制裁敢於冒犯他的人，而是整個帝國大業。積多年之經驗，他發現了一個最有效的武器乃是消極對抗，即老子說過的“無為”。這一點，大臣們只是按照自己的思維邏輯，看到了事情表面從而抱怨皇帝的昏庸，卻不能洞察其根本。唯獨申時行對此有深切的瞭解。多少年後，這位在家閒居的首輔，追思大明帝國的路程，他既不埋怨皇上，也不指責自己。他在著作中只是提到了年輕人不知世務和興衰之道，輕舉妄動，以致弄得事情不可收拾，造成了大明帝國這艘飄搖不定的古船再次受到重創，從而徹底走向沉淪。不過，申時行開始思考這個問題時，萬曆皇帝已經朝著這條軌道滑去，帝國的傾覆是最終無可挽回了。
萬曆母子與德清和尚
萬曆的生父穆宗朱載垕元配陳氏，北京通州（今通縣）人，1567年冊為皇后，但身體孱弱，多病無子。萬曆對待這位非親生母倒也孝敬如常，即位後上尊號為“仁聖皇太后”，與生母“慈聖皇太后”兩後並尊。
萬曆的生母“慈聖皇太后”李氏，北京順天府漷縣人。漷縣地處北京東南80裡，地臨通惠河，金代為縣，元代為州，明代又降為縣，今屬通縣，又降為村，稱漷村鎮。李氏家境清貧，父親是泥瓦匠。為了生計，她幼年被賣到通州陳家作使