導彈）襲擊得不償失，將激起伊斯蘭世界的反美情緒。”在這通最近才解密的電話裡（這是阿富汗領導與美國政府唯一的直接聯絡方式），毛拉？奧馬爾提到了由克林頓與萊溫斯基的醜聞所引發的“美國國內的困境”。考慮到這一事態，同時也為了“美國能在這次魯莽的單方面攻擊之後重塑自己在伊斯蘭世界的形象”，毛拉？奧馬爾說道：“美國國會應當迫使克林頓辭職。”
塔利班首席發言人瓦基勒？艾哈邁迪？穆塔瓦基勒（Wakīl Ahmed Mutawakkil）稱，美國的襲擊是對“全體阿富汗人”的攻擊。據艾哈邁迪所言，襲擊發生後，在坎大哈和賈拉拉巴德爆發了大規模的反美示威遊行。很快，艾哈邁迪就襲擊事件與美國官員進行了磋商。“如果（塔利班）能夠以類似的攻擊報復華盛頓，”他說道，“我們早就幹了。”就像當初薩達姆？侯賽因發覺美國在口頭上聲稱支援伊拉克而在背地裡卻賣武器給伊朗時一樣，阿富汗也感受到了這種被背叛的感覺：美國一方面表示友好，另一方面又冷酷無情。
對於美國在導彈襲擊後所提供的毫無說服力的證據，瓦基勒？艾哈邁迪表示了強烈的憤慨。塔利班領導層一直都很清楚，如果本？拉登被發現在阿富汗本土發動恐怖襲擊，他一定會受到制裁。毛拉？奧馬爾要求美國國務院立即出示確鑿證據，他強調說，有些人認為該指控是莫須有，而另外一些人則指出本？拉登“曾經是接受美國資助的訓練有素的游擊隊員”。美國人所提供的是一份最多不過幾頁的“檔案”，顯然很難構成證據。美國曾懷疑一卷移交給塔利班的錄影帶中包含關於本？拉登的“新動向”，但最終卻尷尬地發現該錄影帶毫無證據價值。
艾哈邁迪說，襲擊造成了許多無辜的阿富汗民眾的死亡，是對阿富汗主權的十分無恥的侵犯。他最後說道，如果美國人真的想解決本？拉登問題，他們就應該去和沙特人談判，這樣立馬就會有結果。諷刺的是，一系列外交電報、調查檔案和向利雅得尋求支援的建議顯示，美國自己也得出了同樣的結論。
此次美國襲擊的影響是災難性的。美國情報機構在一年後釋出的一份對“基地”組織的研究表明，此次襲擊不僅沒能消滅本？拉登，反而在大部分伊斯蘭國家中樹立了後者在“面對侵略暴行時不屈不撓的形象”。越來越多的人認為“美國文化傲慢自大”，這才是真正的危險。該報告警告說，美國的襲擊“被質疑缺乏道德”，在某些方面和本？拉登的襲擊沒什麼不同，都造成了大量無辜人員的傷亡，美國不得不透過一系列政治議程為自己使用武力進行辯護。可以說，“這次報復性的巡航導彈襲擊確實是利大於弊”。該報告預見性地補充道：美國應該意識到，空中打擊很可能會“招致新一輪的恐怖爆炸陰謀”。
其實在此之前，失敗的干涉行動就已經造成了一系列惡果。面對這些表裡不一的西方國家，塔利班領導層內部對外部世界的看法開始變得僵化。這種被包圍的心態促進了強硬宗教立場的發展，並使得激進派將伊斯蘭教推向全世界的意願更加強烈（儘管一項同時期的中情局報告判斷，這幾乎不可能成功）。
然而，來自美國的壓力已經促使那些伊斯蘭教保守派越來越接近宗教激進主義。諸如塔利班的二號人物及喀布林議會領袖毛拉？拉巴尼這樣的人擔心，美國驅逐本？拉登行動的失敗將加深阿富汗在國際上的孤立。他們輸給了毛拉？奧馬爾，後者那不與外人合作、不向外人屈服的強硬政策佔了上風。於是，塔利班開始向好戰的本？拉登靠攏，目標是將穆斯林從西方國家的控制下解救出來，回到中世紀之前那夢幻般的美好世界。
這也是九一一恐怖襲擊的目標。早在1999年，一份情報就已經指出，如今的本？拉登“自我膨脹，將自己視為古老歷史舞臺上的英雄，認為自己正在抵抗當代的十字軍”。在雙子大樓遇襲後所公佈的每一份錄音帶和錄影帶都清楚地表明，他不斷地在提及十字軍，並將之作為參照。革命者通常熱衷於喚起人們對歷史的理想化激情，但是很少有人會透過一千多年的歷史來反思自己的恐怖主義行為。
九一一事件發生前的幾個月，情報人員指出“基地”組織的威脅正在升溫。2001年8月6日的一份“僅供總統閱讀”的備忘錄有個不詳的標題：“本？拉登決定要攻擊美國”。該備忘錄報告稱，根據“全國範圍內大約70項全面調查”所收集到的資料，聯邦調查局認為，“所有可疑活動都指向劫機或其他類似的襲擊方式”。與此同時，美國政府正在為如何保持與喀布林政權的關係而焦頭爛額。美國人保證“他