主動出擊方臘，被方臘擊退後堅守睦州，但兵力太過於寡弱。方臘率兵強攻，十二月一日，睦州陷落，葉居中被半個月前他還企圖招降的方臘砍掉了腦袋。
睦州陷落，附近的縣城相繼被義軍佔領。
方臘佔領睦州後，目標劍指與睦州相鄰的江南東路的重鎮歙州（今安徽省徽州），當時的歙州知州是仁宗朝名臣曾公亮之子曾孝蘊。曾孝蘊對方臘起義十分重視，方臘剛在睦州起事，曾孝蘊就在歙州界內積極組織兵力佈防，以防方臘來侵。
但此時的朝廷還沒有充分認識到方臘起義的嚴重性，他們認為，同時期的活動中，開封附近的宋江起義對帝國來說更有威脅。於是他們把經驗老到的曾孝蘊調到青州去鎮壓宋江起義，而歙州方面用沒什麼資歷和經驗的毛慄代理知州主持歙州全域性，同時派東南第三將，有“病關索”（水滸一零八好漢中楊雄的外號）之稱的郭師中率兵進駐歙州。
方臘大軍很快殺向歙州，“病關索”郭師中率兵出戰，被方臘不費吹灰之力斬落馬下，而歙州城內則發生了民變，開啟城門迎接義軍。代理知州毛慄坐在一把手的位置上沒兩天就被砍了頭，歙州及附近屬縣陷落。
打下歙州後，方臘調頭殺向了杭州，於十二月二十九日殺到杭州城下，杭州是東南重鎮，有朝廷重兵據守，要吃掉杭州，方臘必須證明他有足夠好的牙口。
看到如洪水般的農民起義軍湧來，杭州知州趙霆嚇得差點尿褲子，撒腿就跑，把守城任務交給了制置使陳建和廉訪使（負責監察方面的長官）趙約。
起義軍發動猛攻，很快將杭州拿下，方臘入城後殺了制置使陳建和廉訪使趙約。
攻佔杭州後方臘軍兵分兩路，一路由大將方七佛率兵六萬北上，攻佔崇德、秀州（今浙江嘉興）；另一路由方臘親自率領，南下攻佔婺州（今浙江金華）、衢州（今浙江衢縣）、處州等地。
方臘所到之處所向披靡，勢如破竹，僅僅用了三個月的時間，方臘便攻佔了六州六十餘縣，隊伍擴充套件到了近百萬，這終於驚醒了北宋帝國的高層。方臘起義，已經成為帝國開國以來最大的一次內亂。
和宋江比起來，方臘起事更顯得有組織有預謀有戰略。在幫源的起事誓師大會上，方臘就作了慷慨激昂的誓師演講，他指出，現在東南一帶的百姓早已經不堪朝廷重負，他一旦起事，各州府的百姓必然會積極響應。他更是大膽判斷，以帝國地方官員當下的行政辦事效率，至少在半年後才能組織兵力對他們進行有效的鎮壓，他方臘有半年的時間，就一定能帶領兄弟們據有江表，劃江而守。
方臘的判斷是基本準確的，但是他沒有想到的是，朝廷在經過初期的混亂後，竟然在非常短的時間內組織了十五萬人的大軍南下平亂。
他的對手，是帝國軍界第一人——童貫。
宣和二年（公元1120年）十二月二十一日，趙佶任命童貫為並、淮、荊、浙諸路宣撫使，譚稹為制置使，王稟為統制，劉延慶都統諸路兵馬，讓已經集中到京城準備北伐的陝西六路漢蕃精兵共十五萬兵馬全部南下，其中辛興宗、楊惟宗統熙河兵，劉鎮統涇原兵，楊可世、趙明統環慶兵，黃迪統鄜延兵，馬公直領秦鳳兵，冀景統領河東兵，加上東南第一將與第七將地方軍，近二十萬大軍討伐方臘。
方臘起事之初判定朝廷最少要半年左右才能排程大軍來對付他，但世事總有偏差，這些軍馬當初真不是為他準備的，這是方臘的不幸，其實也是童貫的不幸。
趙佶賦予了童貫全權處理東南軍事的大權，賜其御筆，便宜行事。
童貫知道江浙的百姓是為什麼而反的，一到江浙，立即使用了皇帝給他的御筆，下手詔，把強徵花綱石的罪過全賴在了朱勔父子的頭上，並革了朱勔父子的職，同時宣佈罷花石綱。
此舉雖然不能使方臘放下屠刀回頭是岸，但有效地阻止了革命的烈火繼續擴散。
而剩下的，則需要在戰場上一見高下。
宣和三年正月，童貫命先頭部隊搶在起義軍的前面佔領江寧、鎮江二鎮，避免了方臘軍據守長江天險。隨後，童家軍兵分二路，東路由王稟率領由蘇州南下，指向秀州；西路由劉鎮率領由宣州南下，指向歙州，童貫率餘部殿後。
王稟率軍抵秀州，方臘軍方七佛部正在攻秀州城，秀州守將王子武率部頑守，王稟殺到，二軍裡應外合，在秀州城下大敗方七佛，殲敵萬餘，方七佛率二萬殘部退往杭州。
二月，童貫主力到達杭州，杭州城有方臘的主力軍六萬餘和