方七佛的二萬餘人，雙方兵力懸殊並不大。
雙方在杭州城下展開一次次激戰，方臘軍傷亡近二萬。二月二十八日，童貫佔領杭州，方臘逃向富陽，後逃回家鄉幫源，童貫軍趁勢收復富陽、新城、睦州。
在東線戰事節節勝利的同時，西路的劉鎮也連傳捷報，在三月十三日攻佔歙州。
三月底，劉光世又率鄜延兵、張思正率河東兵、姚平仲率涇原兵繼續增援。
四月七日，劉光世部佔領衡州，殲敵兩千三百人，斬首領鄭魔王；十七日，劉光世在婺州殲敵四千，復婺州，並佔領了方臘最初起事的青溪縣。
在各路大軍的逼迫下，方臘的活動空間越來越小，最後退縮到老家幫源，想憑藉幫源的有利地形（此處山巒眾多地形複雜）和政府軍打游擊戰。
但是，一方面，深受農民起義之苦的大小地主們積極為政府軍當嚮導，另一方面，西北軍已經習慣在環境更為惡劣的西北和党項人打游擊戰，在複雜的地形條件下作戰反而是他們所長（此後到了北方平原反而不適應），幫源的地形並沒有對童貫大軍有多大的阻礙。
方臘軍退守幫源後，派兵駐守各進山要塞，最初政府軍強攻方臘本人親自把守的北山口，多次強攻都被擊退。
眼見戰局不利，劉鎮的西路軍劍走偏鋒，轉向進攻地勢最為險峻的門嶺。門嶺崖壁峭拔、險徑危側，一夫當關萬夫莫開，方臘認為政府軍不可能從此突破，僅派了六百名士兵把守。
劉鎮偷襲門嶺，沒有充分準備的六百守兵全部被殲滅，門嶺失守，童貫大軍進入幫源。
四月二十四日，在幫源，東西兩路大軍合圍，與方臘二十萬大軍進行了一天的激戰，雙方傷亡都很大，但最終方臘軍敗退。政府軍佔領了幫源，方臘本人帶領殘部退到幫源東北的巖洞中。
洞戰，是政府軍面臨的新課題，顯然不適合大規模部隊作戰。在休整了一天後，童貫從部隊中抽出了一支敢死隊，隊長是當時級別職務還比較低的韓世忠。
四月二十六日，這支敢死隊偷偷潛入了幫源洞中，擒賊先擒王，遂向方臘本人的老巢發動襲擊，一舉擒俘方臘、方肥等三十六名起義軍首領。
擒獲方臘又另有一個版本，在《宋史·徽宗本紀》上生擒方臘的是當時的忠州防禦使辛興宗，但在同樣的《宋史·韓世忠列傳》上說，這是姓辛的搶了韓大元帥的功勞。
其實當時韓世忠不過是一個低階武官，級別上差了辛興宗四級，當時極可能是西北名將辛興宗的部下，在辛將軍的領導下進行了這次擒賊先擒王的行動，所以兩種說法或許並不矛盾。
真實的歷史上，方臘的生死和那位在五臺山砸寺門、在菜園子裡拔楊柳樹的魯智深大和尚八竿子打不上關係。
方臘被押往東京，八月份在東京被處決。
擒俘方臘後，童貫大軍繼續在江南呆了一段時間，陸續鎮壓了呂師囊、仇道人、俞道安等各支附和方臘的起義隊伍。
雖然方臘起義失敗了，但它燃起的這把火對於帝國來說卻是非常致命的，它像多米諾骨牌一樣，推動著餘下情節的發展，導致了帝國後來的非正常死亡。
而同時期的宋江起義與其相比，只能算是小兒科。
第十三章太監童貫的突圍
引子
靖康元年（公元1126年）七月，童貫來到了南雄城外，跟隨他的是幾十個從勝捷軍裡挑選出來的精兵。
後面一隊人馬卷塵趕來。
童貫抬頭，看見為首的是監察御史張澄。
“童貫接旨！”
在跪下接旨的瞬間，童貫心想莫非是北事又吃緊，皇上又召咱家回京主持大局？
張澄面無表情，詔數了昭化軍節度副使童貫的十大罪狀，處罰也很簡單：砍頭，立即執行。
旨意剛宣讀完，童貫身邊的親兵們就拔出了刀劍，童貫的這幾十位親兵，都是當年童太師從西北戰場上收養的孤兒，身經百戰，以一當十，對童大帥更是忠心耿耿，誓死效忠。
“孩兒們罷手，快收起刀劍，勿驚欽差。”
童貫顫抖著手接過聖旨，對張澄笑了笑，說天下人都罵我弄權誤國，我童貫無話可說，但對官家（皇上），童貫卻從來沒想過背叛，富貴榮光是他們父子給的，當然現在這條命也是他們的。
“來吧，動手吧。罪臣童貫甘願伏法。”
張澄竟有些呆滯，沒想原本複雜的任務竟變得如此簡單，他抬了抬手，對眼前這位被帝國臣民