昌、蕪湖、當塗等處及江蘇之江寧縣，大唬船一艘，小唬船二十七艘。壽春鎮標，潁州營哨船二艘，泗州營扒唬船四艘。經粵寇之亂，師船盡毀。同治間，設長江水師，屬安徽省者，為長江提督標中營，駐太平府，轄裕溪營、蕪湖營、大通營、金陵營，戰船、兵額，與各省長江水師同制。
湖南水師，清初設辰州、洞庭二營。康熙二十八年，裁辰州水師，改設嶽州水師營，歸嶽州營參將兼轄，設守備各官，頭舵戰兵六十八人，水步戰兵六十五人，水守兵一百四十八人，分防嶽州府城及東西湖、上下江二汛。自雍正至嘉慶，迭有增減，存頭舵戰兵三十四人，水步戰兵三十九人，水守兵一百四十二人，戰船十八艘。
洞庭水師營，原設洞庭協標。嘉慶二年，以洞庭副將、都司移駐常德，改常德為協。以常德遊擊、守備移駐洞庭，改洞庭協為水師營，設遊擊各官，戰兵一百九人，守兵四百三十六人，戰船十二艘，分防小船、遊巡小船各十艘，分駐龍陽縣及東西湖各汛。承平日久，將弁兵丁，鹹居陸地，船敝不修，舊制浸廢。
咸豐三年，曾國籓治水師於湖南，造船練兵，以長龍船、舢板船尤為便利。粵寇定後，至同治八年，裁撤水勇，設長江水師。在湖南境者，設嶽州鎮標四營，為嶽州營、沅江營、荊州協標營、陸溪營。原設之嶽州水師，歸併嶽州城守營。原設洞庭水師，歸併龍陽城守營。
咸豐軍興以後，常於省城駐水師二營，湘潭駐水師一營，衡州駐水師一營，益陽縣則由省城撥師船駐防，常德駐水師一營，辰州駐一營，靖州之洪江駐一營，澧州則由常德撥師船駐防，又於嶽州、安鄉合駐水師一營，不在經制水師之列，而分地駐巡，參錯佈置，實與經制水師相輔雲。
長江水師，道光季年，各省內河水師及沿江水師，船多朽敝，值操練之期，虛衍儀式。粵寇東犯，無以制之。咸豐三年，江忠源始建制艦練兵之議。四年，命侍郎曾國籓治水師于衡州，造拖罟、快�解、長龍、舢板各船，惟舢板船尤為輕捷制勝，長龍船次之。大率水師一營，設長龍船一、二艘，舢板船或十餘艘，或二十餘艘，以拖罟船、快�解船守營，不以出戰。其後水師日增，悉廢拖罟、快蟹舊式之船，專以舢板船摧敵。任彭玉麟、楊嶽斌為水師統帥，循長江轉戰東下，克名城以百計，踣巨憝於金陵。
同治三年，東南底定，曾國籓、彭玉麟以江防重要，疏請設立長江經制水師。簡授長江水師提督一人，得專摺奏事，隸兩江、湖廣總督節制，率提標五營駐安徽太平府。每歲於所轄湖南、湖北、江西、安徽、江南五省江面巡閱。設嶽州、漢陽、瓜洲、湖口四總兵官。每鎮標各統水師四營，惟湖口鎮標五營，以狼山鎮標水師二營並隸之，凡二十四營。總兵及參將、遊擊，於收泊戰艦處所立汛建署，為營汛治事之地。以船為家，不得在署常居。都司、守備各官以至兵丁，不得陸居。
總兵座船三艘，督陣舢板二艘，親兵十二人。副將座船二艘，督陣舢板一艘，長龍二艘，親兵十二人。遊擊座船二艘，督陣舢板一艘，長龍一艘，親兵十二人。都司二人，各座船一艘，長龍一艘。守備二人，各座船一艘，舢板一艘，飛劃一艘。四哨千總八人，各座船一艘，舢板一艘，飛劃一艘。四哨把總九人，各座船一艘，舢板一艘，飛劃一艘。四哨外委十一人，各座船一艘，舢板一艘，飛劃一艘。又外委一人，管帶督陣舢板，有座船一艘，無舢板。戰船之大者，每艘或設兵二十人，為舵兵一人，頭兵一人，砲兵二人，槳兵十六人；或設兵二十五人，為舵兵一人，艙兵一人，頭兵一人，砲兵四人，槳兵十八人。舢板船每艘設兵十四人。
總兵以下各官，設稿書、書識，自七人至一人不等。以都司一人管駕長龍船為領哨，守備為副領哨。每哨戰船十艘。惟嶽州、漢陽系遊擊營制，而統戰船三十三艘，視參將例。左哨都司專任錢糧，右哨都司專任船砲軍械及巡查諸務。
大小戰船鹹設砲位。長龍船千斤頭砲二位，七百斤邊砲四位，艘砲一位。舢板船八百斤頭砲一位，六、七百斤哨砲一位，船邊五十斤轉珠小砲二位。洋槍刀矛之屬，隨宜分配。旗幟以桅旗為主，懸方式長龍旗，凡長一丈二尺。舢板船旗長九尺，船艄懸尖式龍旗，書某標某營某哨。桅上小旗，或船首立旗，書駕船將弁之姓，以示區別。
凡駐師之處，漁船由水師編號稽查，以清盜源。其疏防之責，以哨官為專汛，營官為本轄，遇有盜劫，視汛地所轄題參。江、鄂各營，半年更調一次。副將與副將之營互調，參將、遊擊與參將、遊擊之營互調。每營調居客汛二次