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普京總統對霍多爾科夫斯基非常瞭解。僅2002年底至2003年初，他們之間就有過好幾次會談。最後一次會面是在2003年4月24日，即“尤科斯”與“西伯利亞石油公司”宣佈合併後的第三天。總統會見了這兩家公司的首腦米哈伊爾·霍多爾科夫斯基和葉夫根尼·施韋德萊爾。據總統新聞局通報的訊息：“會談的參加者向總統通報了他們在世界石油市場上的計劃。”這些計劃規模龐大。霍多爾科夫斯基要求政府允許鋪設私有的輸油管道。事後，霍多爾科夫斯基用挑釁的口氣對他與政府間的談判進行了評論：“當我制定好自己的計劃後，不需要有人再對我們說該往哪一條輸油管投資。我準備冒險。我覺得政府早就明白，私有經濟的工作效率要比國家的工作效率高。”
但普京堅決表示反對建設私有的輸油管道。他還幾次提醒霍多爾科夫斯基納稅問題及不允許對政黨進行幕後經濟支援的問題，哪怕這種經濟支援來源是霍多爾科夫斯基的私人資金。霍多爾科夫斯基則呼籲普京不要干涉實施具體經濟方案的決定，“只需履行憲法保證人的義務”。“剩餘的所有事應該由社會完成……應該依靠國家少數具有創造力的群體，依靠高智商的精華。我們的成功是我們的大腦積極運作的結果。”霍多爾科