的第三年；太平天國的勢頭越來越猛；直逼長江邊；這時曾國藩也被朝廷趕回老家來打仗了；李瀚章遂成為曾的忠誠部下；隨營差遣。1855年，曾國藩在江西設立湘軍後路糧臺（後勤處）時；曾國藩認為李瀚章“醇厚明白”；頭腦清楚；忠誠可靠；於是叫他當後勤總管。李瀚章知道；軍糧軍餉就是軍隊的生命；就是勝利的保障；他的父親李文安在安徽戰場上腦筋動足；出錢出力；就是因打巢湖時軍糧沒有跟上；結果引起部卒譁潰；大敗而歸；連老命也送掉了。這種蕭何式的差事；是萬萬馬虎不得的。
但是軍隊的給養畢竟要有來源；連年的戰爭；軍費開支不斷增加；清廷拿不出多少錢來；全靠部隊就地籌餉。清廷只給政策；不給餉銀。戰線不斷擴大；籌集軍餉的活兒就是個無底洞；李瀚章肩頭的分量可想而知。他又在江西主持過報銷局；後來去廣東專辦牙厘（設卡收稅）；都是專為湘軍籌集軍餉的；的確頗有成效。難怪曾國藩一再表揚他：“精細圓適；其從國藩也久；其為國藩謀也極忠”時常想著要對他專折保奏。
李文安去世不久；廬州（合肥）失陷。李家老家合肥東鄉磨店距城只有三十多里地；村裡男女老少都在逃難。李瀚章身為長子；這時就把母親、弟妹都接到了江西；先住奉新；後住南昌。在此先後；他們兄弟都成了曾國藩的幫手。
1862年春天；清軍與太平軍的對峙到了一個非常關鍵的關口。太平軍雖然由南而北地打過長江去了；但沒有繼續北上直搗皇宮；奪取全中國；而是揮師折向東南；撲向風光綺麗、物華天寶的江南。這就給了清軍大大的喘息時機；同時給了老曾以極大的靈感；調兵遣將；接連作出重大決策。
其中與老李家有關的就有兩條：一是派李鴻章去上海借洋助剿；二是派李瀚章去廣東；到這個太平軍的大後方；興辦厘卡；籌集糧餉；以接濟久圍在南京城外的曾國荃部和浙江的左宗棠部。
李瀚章和他的六弟李昭慶是這年八月同時到上海的。九月；李瀚章從上海乘船赴廣東。李鴻章為創設淮軍；還託他在香港採購三千支天字號洋槍。從此，他在廣東的任上；為李鴻章的淮軍不知辦了多少軍火（見王爾敏《淮軍志》）。李昭慶則被二哥留下；在淮軍裡帶兵。
廣東一地歷來是對外貿易的老根據地；康熙時代就有十三行專幹海外貿易；商品經濟非常發達。李瀚章在廣東設厘卡八處；每月可得厘金數萬兩；大大地充實了曾國藩的“錢袋”。李瀚章活兒幹得不錯；官運就來了；第二年就升任廣東按察使；第三年又升任廣東布政使（相當於主管財政的副省長）；第四年當上了湖南巡撫；從此名列封疆大吏之列。太平天國被鎮壓下去後；清廷要恢復經濟；振興市面的時候；他還在浙江巡撫任上大力抓過鹽務；議定章程；恢復舊法；招徠“引商”。後來在湖廣總督任上也為“鹽引”、“鹽稅”問題動足腦筋；既要嚴格稅收；保證國家的利益；以備軍餉；又要不傷害鹽商，保證場商、運商的積極性；使他們有利可圖。這實際上是歷朝歷代官府衙門的永久性課題。
過去有種說法；歷來辦鹽、管鹽、業鹽的；沒有不發財的。但凡能與鹽業沾上點邊的；必是吃喝不愁。李瀚章一輩子管錢、管糧、管鹽；但是他的兒子當中沒有一個鹽官和鹽商（他的七兒李經灃後來當上揚州鹽棧棧長；那是在李瀚章去世多少年之後的民國時期的事；是沾了他的女婿、國民黨的財政部次長張福運的光）；官私上下在經濟方面對他並無閒言。他為官這麼多年；只有為朋友（李鴻章的同年楊延俊之子楊宗濂）受過一次用人不當的告狀。到了七十五歲的時候；卻為徵收“闈姓”稅（流行於廣東一帶的大型賭博活動。李瀚章為籌軍餉；主張對其收稅；不主張取締）的事情；引得輿論大譁；受到彈劾。那時已是甲午之後了；李鴻章垮臺了；牆倒眾人推；李瀚章也成了失勢的老馬；被人趕回家了。
李瀚章真的是眷戀自己的老家；他從官場上退下來後；本可以到大兒子李經畲或二兒子李經楚家裡養老；因李經畲在北京有大宅門；李經楚在上海也有大宅門；哪裡都不會虧待他。他卻執意要回合肥老家；也許；他已非常厭倦官場；連同城市也厭倦了；也許他真的是太累了。1899年；七十九歲的李瀚章死在合肥老家；那正是李鴻章因甲午戰敗；遭到全國聲討的時候；也就是李家的好運走到了盡頭的時候。他眼一閉；什麼都不看了。他一生只看到了李家的上升時期；基本沒有看到李家的敗落；從這點上說；他的福氣不錯。 他死後，清廷念及他的畢生貢獻；給了很多榮譽；如給予諡號勤恪（勤奮而謹慎）；賜祭