貴的資源，不能白白放掉，放掉就是浪費，應該把水蓄起來，建立蓄水池。《周恩來和他的秘書們》第４７頁。安徽認為自己是內澇，排都排不出去，怎麼個蓄水？這就是當時存在的十分棘手的蓄洩之爭。為解決蓄洩之爭，周恩來反覆召集各單位負責幹部討論、協商、開大會解決問題達六次之多，會下還與同志個別談話，徵求意見。在綜合各方面意見的基礎上，周恩來兼顧上中下游的利益，運用唯物辯證法和現代科學技術的觀點，提出了蓄洩兼籌的治淮方針。治淮會議根據這一方針做出了淮河上游以蓄洪發展水利為長遠目標，中游蓄洩並重，下游則開闢入海水道的重大決策。周恩來部署治淮的第一個突出貢獻是領導制定了蓄洩兼籌的治淮方針，保證了治淮順利進行。
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治理淮河（2）
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９月２２日，周恩來就治淮問題接連寫了兩封信。一封給毛澤東、劉少奇、朱德、任弼時、陳雲、薄一波、李富春，說明治淮的兩份檔案已送華東、中南，請他們審議，待１０月５日饒（漱石）、鄧（子恢）來京時再作最後決定。治淮工程計劃，則已由水利部及各地開始付諸實施，因時機不容再誤，且至下月初，時間不長，即有變更，亦尚來得及補救。一封給中財委的陳雲、薄一波、李富春並轉水利部的傅作義、李葆華、張含英，強調中央政府要從人力、物力、財力上保證治淮的需要。“凡緊急工程依照計劃需提前撥款者，亦望水利部呈報中財委核支；凡需經政務院令各部門各地方調撥人員物資者，望水利部迅即代擬文電交院核發”。《周恩來書信選集》第４３５頁。
１０月１４日，釋出了由周恩來親自修改審定的《政務院關於治理淮河的決定》，進一步闡明瞭治淮的方針、步驟、機構及豫皖蘇配合、工程經費、以工代賑等問題，批准了淮北大堤、運河堤防、三河活動壩和入海水道等一系列大型骨幹工程。為加強對治淮的統一領導，決定成立治淮委員會。１０月２７日，周恩來主持的政務院第５６次政務會議任命曾山為治淮委員會主任，曾希聖、吳芝圃、劉寵光、惠浴宇等四人為副主任。１１月３日，周恩來主持第５７次政務會議，在討論《關於治淮問題的報告》時講話，集中論述了治淮的一系列原則，指出治淮委員會機構必須設在靠近淮河的蚌埠，而不宜設在南京。１１月６日，治淮委員會在蚌埠正式成立。１１月２１日、２２日，周恩來又連續兩天參加研究治淮第一期工程問題。
在周恩來部署下，到１９５１年７月２０日，根治淮河的第一期工程勝利完成，初步解除了水患威脅，併為以後的全面治理與開發打下了基礎。
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興修荊江分洪工程（1）
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長江流經湖北枝城至湖南嶽陽附近的城陵磯這一段，被稱為荊江。由於地勢平坦，河道彎曲，水流宣洩不暢，加之上游洪水又常與洞庭湖湘、資、沅、澧四水及清江、沮漳河相遇，荊江汛期洪水位常高出堤外地面１０多米，所以有“萬里長江，險在荊江”之說。為了緩解荊江容量不能安全承洩川江最大洪水來量的矛盾，新中國成立伊始，毛澤東、周恩來就開始醞釀修建荊江分洪工程。１９５０年國慶節期間，他們聽取了中南局代理書記鄧子恢關於荊江分洪工程設計方案的彙報。同年冬，周恩來給鄧子恢寫信，指出搞荊江分洪工程不能搞本位主義。他請鄧子恢召集中南局會議徵求意見，並向湖北張難先、湖南程潛等做說服工作。１９５１年１月１２日，第６７次政務會議上，周恩來指出，長江的沙市工程，即荊江分洪工程，在必要時，就要用大力修治，否則，一旦決口，就會成為第二個淮河。但是，江湖矛盾引起湖南、湖北兩省人民生死利害的矛盾，對修建荊江分洪工程，湖北持積極態度，湖南則有些顧慮。當１９５１年長江水利委員會為荊江分洪工程做了一些前期準備工作時，湖南常德專署則向毛澤東寫信，狀告長委會的做法損害了洞庭湖濱湖地區群眾的利益。
在這種情況下，１９５２年２月２０日，周恩來主持召開了有兩湖有關人員參加的荊江分洪工程會議，調解兩湖糾紛。周恩來反覆詢明各種情況後，先表揚常德專署、湖南水利局寫信給毛主席，關心濱湖群眾利益。緊接著轉過來說：“荊江分洪工程是毛主席批的，怎麼到現在還沒有開工？”並嚴肅批評：“毛主席批的工程，中南局、湖北省委、水利部、長委會都置之腦後，不負責任。”這裡生動地體現了周恩來深入細緻的工作作風和高超的領導藝術。如果當時對湖南採取簡單粗暴的壓服態度，顯然只能激化兩湖矛盾，無助問題的