也和皇帝漸行漸遠了。
乾寧二年，李茂貞又指使宦官殺死了另一個宰相崔紹緯，再次移師長安，皇帝被迫逃往河東去尋求李克用的庇護。而走到半路時，卻被李茂貞的盟友，華州刺史韓建追上，韓建恐嚇皇帝說：“車駕渡河，無復還期。”於是挾持皇帝於乾寧三年七月十七抵達華州，堂堂一國之君就這樣被大臣幽禁了將近三年，期間皇室宗親覃王嗣周，延王戒丕，通王滋，沂王禋，彭王惕，丹王允，及韶王、陳王、韓王、濟王、睦王等十一人被殺，直到乾寧五年。
這一年朱溫佔據了東都洛陽，局勢發生了重大變化。這導致李茂貞、韓建和李克用建立暫時的聯盟，他們決定寧可讓皇帝回到長安，也不能讓他落到朱溫手裡。於是李曄在乾寧五年的八月回到長安，同時宣佈改元“光化”，以資慶祝。
一回到長安，在宦官和官僚們之間的舊有矛盾又引起了另一場危機。以中尉劉季述為首的宦官垂死掙扎，進行最後的抗爭，他們策劃廢黜昭宗，擁立太子。光化三年（公元900年）十一月，宦官們實現了他們的計劃，將昭宗關在了他最熟悉的少陽院，為了防止昭宗逃跑，甚至熔鐵澆在鎖上，徹底封死去路，每日的飯食則從牆跟挖的小洞裡送進去。
但是宦官們害怕李克用、李茂貞和韓建等人會興師問罪