局已無一絲信心。十二月二日，起義軍開始進攻潼關，激戰一日，至三日正午，潼關守軍便被擊潰，守將王師會自殺，張承範化裝潛逃。至此作為長安門戶的潼關失守，從起義軍開始進攻到潼關失守僅用了一天時間，天險潼關便被攻破，可見神策軍這時已完全腐朽，不堪一戰了。
潼關的失守意味著長安已無險可守，僖宗在田令孜所率的五百神策軍保護下於十二月三日從金光門逃出。所幸的是參加潼關戰役的主要是在京城的神策軍，駐紮在京西北的神策軍鎮並未參與。故而禁軍還是有一定實力的。“時禁軍分鎮關中兵尚數萬，聞天子幸蜀，無所歸，敗使人招之，皆往從畋，畋分財以結其心，軍勢大振。”後田令孜與僖宗幸蜀，在京西北的神策軍大多為鄭畋收編，成為抗擊黃巢的主力。“即授畋檢校尚書左僕射、同平章事，充京西諸道行營都統。時畿內諸鎮禁軍尚數萬，賊巢汙京師後，眾無所歸。畋承製招諭，諸鎮將校皆萃岐陽。畋分財以結其心，與之盟誓，期匡王室。”鄭畋在鳳翔抵擋黃巢，又傳檄天下，使勤王之師四至，成為了僖宗在蜀的屏障。隨田令孜入蜀的神策軍數量很少，故田令孜在蜀地重新招募了神策新軍。“時自蜀中護駕，令孜招募新軍五十四都，都千人，左右神策各二十七都，分為五軍，令孜總領其權。”田令孜在招募新軍的同時又對神策軍的機構進行了重大變革，將神策軍的基礎單位變為了“都”。“都”是唐末時期一種新的軍事結構，每都千人。較先採用這種形式的是宦官楊復光的軍隊。“時秦宗權叛岌，據蔡州。復光得忠武之師三千入蔡州，說宗權，稗同義舉。宗權遣將王淑率眾萬人從復光收荊襄。次鄧州，王淑逗留不進，復光斬之，並其軍，分為八都。鹿晏弘、晉暉、李師泰、王建、韓建等，皆八都之大將也。”楊復光所建立的八都立有軍功甚多，如擊敗朱溫等，顯示出強大的戰鬥力。田令孜在蜀地看到這種以子弟建軍的模式有很強的戰鬥力，便效仿建立神策五十四都，用以加強自己的勢力。田令孜在蜀地所建的神策五十四都就是後來的神策新軍，神策新軍的組織結構較以前有了很大變化，每都千人，分為左右，左右神策中尉各領二十七都，左右皆以五軍統之。
中和三年（883年）楊復光在克復京城後卒於河中。他所建立的八都被神策軍所吸收，成為神策新軍中的“隨駕五都”。《新唐書》之《田令孜傳》：“復光部將鹿晏弘、王建等，以八都眾二萬取金、洋等州，進攻興元，節度使牛項奔龍州，晏弘自為留後，以建及張造、韓建等為部刺史。帝還，懼見討，引兵走許州。王建率義勇四軍迎帝西縣，復以建及韓建等主之，號‘隨駕五都’。”田令孜討伐王重榮失敗後，僖宗再次出幸，護駕的正是王建等人。《通鑑》載：
“邠寧、鳳翔兵追逼乘典，敗神策指揮使楊晨於潘氏，枉鼓之聲聞於行宮。田令孜奉上發寶雞，留禁軍守石鼻為後拒。置感義軍於興、鳳二州，以楊最為節度使，守散關。時軍民雜揉，鋒摘縱橫，以神策軍使王建、晉暉為清道斬祈使，建以長劍五百前驅奮擊，乘輿乃得前。上以傳國寶授建使負之以從，登大散嶺三月以嚴遵美為內樞密使，遣王建帥部兵戍三泉，晉暉及神策使張造帥四都兵屯黑水，修棧道以通往來。”
田令孜失勢後，楊復恭成為左神策軍中尉。神策新軍在其領導下保持了較高的效率和戰鬥力。神策軍在楊復恭主政時，其多以假子擔任都將、地方刺史，如楊守貞為龍劍節度使；楊守忠為洋州節度使；楊守信為玉山軍使；楊守亮為金商節度使等。這時的神策新軍對於在京瓷地區的動亂還是有一定的抑制力的。“六月，以扈蹕都將楊守亮為金商節度、京歌制置使，將兵二萬出金州，與王重榮、李克用共討朱玫。”在此戰中，保鑾都將李挺，扈蹕都將李茂貞在鳳州擊敗邠州軍，這加速了邠州軍的分化，使王行瑜在光啟三年正月反正誅殺了朱玫。同年六月，神策新軍討伐鳳翔李昌符，後以李茂貞為鳳翔節度使。
“天威都頭楊守立與鳳翔節度使李昌符爭道，麾下相毆，帝命中使諭之，不止。是夕，宿衛皆嚴兵為備。己酉，昌符擁兵燒行宮，庚戌，復攻大安門。守立與昌符戰於通衡，昌符兵敗，帥麾下走保隴州。杜讓能聞難，挺身步入侍。韋昭度質其家于軍中，誓誅反賊，故軍士力戰而勝之。守立，復恭之假子也。壬子，以危駕都將、武定節度使李茂貞為隴州招討使，以討昌符。”
李曄繼位後，由於楊復恭把持朝政，假子佈於天下，李曄對其甚為猜忌，對神策軍系統也加以分化。龍紀元年，李曄賜楊復恭假子楊守立李姓，改名李順節。後又提升其為天武都