3日，各省代表們繼續會議。在一天時間內就透過了《臨時政府組織大綱》，於此同時，南京光復的訊息傳來，各省代表們興高采烈，決定以南京為臨時政府所在地，於是各省代表紛紛移往南京舉行。
12月5日，代表會議接到清政府通知，清廷方面已經派唐紹儀為全權代表南下趕赴漢口就南北和談問題與黎元洪進行談判。
此時蕭震雷已經率兵北上，南京由徐紹楨率部留守。宋世傑輔助。在行軍路上接到宋世傑發來的電報，電報上說孫文聽到武昌起義成功的訊息後已經從美國啟程回國，現在正在路上，孫文乘坐的船將在香港停靠。
接到電報後。蕭震雷給海軍方面發去電報，讓薩鎮冰派一艘海軍艦船前往香港迎接孫文前來南京商量組建臨時政府事宜。薩鎮冰接到命令後隨即派軍艦前往。
蕭震雷率部渡江北伐之後，同盟會陳琪美與江蘇都督程德全、浙江都督湯潛壽和留滬各省代表們商議決定南京為臨時政府所在地。並選舉黃興為臨時大元帥，黎元洪為臨時福元帥。由大元帥組閣，成立中華民國臨時政府。於是當天，陳琪美就致電武昌方面。
在漢口的各省代表聽到這個訊息，大多表示反對，認為留滬代表違反了11月24日代表聯合會議的決議，那次會議決定留滬代表僅負聯絡之責，並無組織政府之權，此項選舉應作無效。
同時，武昌革命黨成員在私下裡又提出了異議，不願黃興掛此大元帥之名。原因在於漢陽失守後，黃興曾主張放棄武昌，而軍政府軍務部�