光緒元年，詔設臺北府，置卑南、埔里社兩廳，以南路同知駐卑南，北路同知為中路，駐埔里社。各加撫民，以辦民番交涉之事。設恆春、淡水兩縣，改淡水廳為新竹縣，噶瑪蘭廳為宜蘭縣。令福建巡撫春冬駐臺，析疆增吏，撫墾並行，而番政一新。當開山之際，募民隨往，與地使耕，至是乃設撫裡委員，分臺東為三路，以總兵吳光亮辦之。南為卑南，中為璞石閣，北為花蓮港。而恆春別設一局，以知縣兼之。廈門、汕頭、香港各設招墾局，立章程，任保護，凡應募者與以便宜，日給口糧，人授地一甲，助以牛種農器，三年之後，始徵其租。當是時，閩粵之人多赴南洋，遠至澳洲，謂萬金可立致，故來者較少。恆春知縣黃延昭稟言：“臺灣開拓後山，於茲三年，生番漸次受撫，而招墾尚無成效。今大軍分駐後山，需糧較多，米糧價貴，輸運甚難，宜廣募農民，以開荒土。”從之。於是招集臺人，假以農器，人月給口糧六兩，墾成之地，三年免租，以為鼓勵。然臺東土地雖肥，瘴癘尚盛，居者多病沒，故農功猶未大啟也。先是日軍撤退之時，獅頭社番乘虛出，戕殺兵民。元年二月，葆楨奏請進討，以提督唐定奎統淮軍，三路而入，別募鄉勇千餘為道，隨山刊木。二十日，中軍提督周志本、副營提督章高元深入其地，番伏險拒，未能進。二十二日，志本督所部，自南勢湖而前，左巖右溪，徑窄不易行，番五百餘突起迎擊。官軍攀緣上，激戰兩時，乃敗之，直搗草山，毀其社，陣斬十數級。副營左哨官遊擊束維清死焉。三月十七日，定奎進攻竹坑社，為獅頭出入之道。以提督張光亮率武毅左軍為中鋒，左軍遊擊陳有元、何迪華為左，右軍副將宋先聘為右，又以武毅營總兵章高元、候補知府田勤生繞竹坑山後，以拊其背，殪番數十，遂破之。進攻龜紋，先聘軍其巔，以絕接濟。兼旬不雨，酷暑如蒸，光亮遂沒，德成、高元亦病莫能興。四月十五日，定奎自督各軍，攻內獅頭，連破其卡。龜紋以二百餘人來援，遇伏而潰，斬其番酋之弟。而提督周志本率副將劉朝林以中軍前營進攻外獅頭，提督梁善明為左，總兵餘光德為右，並進破之，各有斬獲。番窮乞降，定奎許之，示以七約：曰還剃髮、編戶口、交兇犯、禁仇殺、立總目、墾番地、設社學。乃以龜紋社酋野艾為總土目，俾率其眾。改竹坑社為永平，本武社為永福，草山社為永安，內獅外頭社為內外永化。六月，班師歸，敕建昭忠祠於鳳山，祀將士，是年北路統領羅大春通道奇萊，頻與番戰。至大南澳，番拒阻，輒殺行人。乃別闢一路，旁通新城，以避海濱懸崖，而阻兇番歧出之途。十一月，命千總馮安國率兵涉溪，番突出擊，眾可千人，官兵力戰，殪其數人，乃退，官兵亦略有死傷。十五日，行至谷中，高山壁立，忽聞銃聲，番大呼而至，鏖戰兩時，番至愈多，守備黃明厚語安國曰，彼傾眾而來，其中必虛，可取之。遂分一隊搗其社，闃然無人，唯見髑髏滿架，毀之。番見火起，如鳥獸散。千總吳金標亦沿途招撫木瓜、大巴壟等二十有九社，番丁一萬七千七百十九人。木瓜最悍，以窮來歸。乃以宣武左右兩軍，分戍東澳、大南澳、大濁水、得其黎、新城、加禮宛、花蓮港、吳全城等，以備不虞，唯中路一隊少遭番害而已。
二年，太魯閣番亂，討之。太魯閣為臺東野番，負其險阻，輒出殺人。大春進兵破其社。番伏山上。下巨石，幸少死傷。乃戍兵於三棧溪畔，曰順安城，為久住計。番無可歸，介通事乞降，許之。獲兇首三人，戮於臺北。三年，奇密社番殺總通事林東涯以叛。八月，統領吳光亮檄林福喜往討，不克。乃自將，合孫開華、羅魁、林新吉之兵伐之，番降，約以明春各獻米一擔。至期果至，光亮命閉門，屠之，濺血聲喧，死者百六十有五人，僅餘五人倖免，自是遂弱。紅頭嶼在恆春海中，距縣東八十里。土番居之，性馴良，牧羊山中，剪耳為志，無相爭詐。地沃，多椰樹，蒔雜谷，漁畜為生。周可六十餘里，山高至五六十丈。有社七，錯居四隅，男女不及千人，語言略似西洋，實莫測其所由。前時漢人曾與互市，然未隸版圖。是年知縣周有基率船政學生遊學詩、汪喬年始至其地，撫之。又有火燒嶼者，橫直二十餘里，與紅頭嶼並峙，距卑南六十里，居民五百餘人。商船避風，間有至者。四年春正月，商人陳文禮至加福宛墾田，為番所殺。營官命贖罪，不從，且殺兵丁，與竹篙宛番謀叛，報至。六月，陳得勝率新城之兵討，不利。光亮自將，以張兆連自花蓮港，劉風順自吳全城，吳乾初自六合莊，吳孝祿自農兵莊，劉國志自濁水營進兵合剿。七月二十六日，攻竹篙宛，破之。乘勢搗加禮宛，番不能支，竄於東角山。會大風雨，多餓死，