級軍區。林彪自己除直接指揮梁1 師和黃3 師7 旅（彭明治旅）外，其他部隊均置於各二級軍區領導之下開展鬥爭。
當時的東西南北滿軍區是這樣劃分的：北滿軍區：司令員高崗，政治委員陳雲。下轄楊國夫的山東7 師（內含冀熱遼第19旅）、劉轉連的359 旅以及松江、合江、北安、牡丹江、嫩江5 個三級軍區。
南滿軍區：司令員兼政治委員蕭華。下轄吳克華的第3 縱隊（轄山東第3 師、警備第3 旅、冀熱遼第16軍分割槽第21、第23旅）、胡奇才的第4 縱隊（轄原東北人民自治軍第2 、第3 縱隊）及遼寧、安東、遼南3 個三級軍區。
東滿軍區：司令員周保中，政治委員林楓。下轄陳光部山東2 師、萬毅的第7 縱隊以及通化、古東、遼北兩個三級軍區。
西滿軍區：司令員呂正操，後黃克誠，政治委員李富春。下轄黃克誠新四軍3 師（不含第7 旅）以及嫩南、遼西兩個三級軍區。
組建不久的航空學校、炮兵學校、軍政大學等院校，特種兵和總部後勤機關，也轉移至牡丹江、佳木斯為中心的後方基地全力發展。
由於實行了分散安家的部署，八路軍、新四軍各部隊深入遠離大城市的城鎮和鄉村去進行發動群眾、建立根據地活動。由於廣大農民得到了經濟上的實惠和政治上的民主（懲治了地主惡霸），開始擁護共產黨的軍隊，改善了軍民關係。
然而此時和平的濃霧仍然掩不住戰爭的硝煙。1946年1 月10日的停戰令束縛不了蔣介石，其在“接收主權”的旗號下，大舉向東北增兵。利用停戰的有利時機，美國海軍第7 艦隊從上海、廣州等地將國民黨軍“五大主力”中的兩支主力新編第1 軍和新編第6 軍以及第刀、第60、第93軍陸續轉運至秦皇島、葫蘆島等地，使國民黨軍在東北戰場上的兵力猛增到28。5萬人。經蘇軍同意，1 月15日，第52軍第25師一部進入瀋陽北大營；第13軍第89師於1 月26日接收新民和彰武兩地。
這時的黑土地上的形勢出現了令人擔心的“一邊倒”現象。一方面是國民黨軍不費一槍一彈佔領了瀋陽以西和遼東半島的大片土地；另一方面是東北民主聯軍步步後退，地盤越來越小。
此時的黃克誠率領著3 師大部於1 月12日乘蘇軍退出通遼之機，攻戰了該地。隨即開展了建立西滿根據地的活動。然而黃克誠發現自己的身後再往西北全是沙漠，部隊已無再退的餘地了。他向東北局和中共中央表態，如果國民黨軍再來“接收”，他將一定要打，不再退讓了。
此時，中共中央對於東北民主聯軍的求戰呼聲，持謹慎態度。蘇聯也向中共中央施壓，他們甚至警告在重慶談判的中共領導人周恩來，說什麼“營口及東北決不能打，在滿州發生戰爭，尤其是傷及美人，必至引起嚴重後果，有全軍覆沒及惹起美軍人滿的絕大危險。”中共中央很快將這一情況通報給東北局。
黃克誠的確不同凡響，他始終有著自己獨特的看法。且月25日，他又一次向東北局和中共中央發出措辭強硬的電報，他指出：彰武已由蘇軍交頑軍接收，通遼蘇軍已撤走，同日我們從土匪手中奪回，為西滿全區之後方。3 師現有傷病員300 人及工廠（手榴彈、鞋襪、被服）均在通遼，已無地方可退。我們決死守通遼，任何軍隊來接，堅持抵抗到底。請向蘇軍司令部力爭，西滿西部鄉村沒有多少村莊，盡為蒙民、沙漠，如果不力爭過來，3 師3 萬部隊只有向熱、察撤退。否則我們為求生存在此地拼死一戰，即蘇軍來也堅持抵抗，全部戰死在所不顧，我們決定主力集中通遼拼命。
中共中央收到黃克誠的電報後，感覺到東北形勢的嚴峻，但眼下的大局是爭取和平。1 月26日，劉少奇代表中共中央電告黃克誠，指出：我控制通遼十分重要，如蘇軍只送少數國民黨人員來接收，不帶兵來，你們應很好招待，允他接收，向他提出要求，和他合作。暫不要生硬趕走，免引起外交糾紛。但如國民黨大兵來接收並向你們開火，你們應在自衛條件下堅持打敗頑軍。
同日，中共中央又一次向東北局、林彪。黃克誠發出指示，就目前東北方面問題提出要求。該電指出：我黨目前對東北的方針，應該是力求和平解決，力求國民黨承認我黨在東北一定合法地位的條件下與國民黨合作實行民主改革，和平建設東北。在目前國際國內形勢下，只有這個方針才是正確的，行得通的。因此企圖獨佔東北，拒絕與國民黨合作的思想是不正確的，行不通的，必須在