在接到曾國藩的奏摺後，看到曾國藩同他一樣極為仇視造反者，便十分同意曾國藩的看法。便批閱道：“辦理土匪，必須從嚴，務期根株淨盡。”
咸豐二年，曾國藩剛到省城時，撫臣張亮基從湖南以外的省份調來一千多名士兵，又在湖南本地招募了一千多名勇士，共同來防禦起義軍。不久便收復了武昌，長沙的形勢也得以緩解。曾國藩與張亮基、潘鐸共同商議計策。將留在雲南、河南計程車兵撤回，在招募計程車兵中，挑選勇敢善戰的留下，總共留了三千多名勇兵，已足以用來防守。為進行團練，捐錢斂費是必要的，但實行起來又特別困難。如果並村結寨，築牆建碉，多制器械，廣延教師，招募壯士，以進行常規訓練，需要花費很多錢，因而民眾很不樂意；但如不併村落，不立碉堡，不制旗幟，不募勇士，雖然住的分散，但很容易聚集，幹活的農具就可以用來作武器，這樣花費少，民眾特別喜歡。於是曾國藩便採用了第二種方式，不但省錢省力，也讓百姓深受鼓舞。
湖南匪徒較多是眾所周知的事。自從洪秀全帶領的太平軍進入湖南，天地會的人大多加入了太平軍，還沒有剷除乾淨，又出現了串子會、紅黑會、半邊錢會、一股香會，名目繁多。曾國藩見這幾年土匪橫行，肆虐成災，認為必須以嚴刑峻法來懲治他們，才能消滅他們的勢力。所以曾國藩準備冒著聲名敗落的危險，衝破一切險阻，聯絡各地的鄉團，嚴懲匪徒。
曾國藩在省城辦理街團，凡遇到遊匪或者形跡可疑的人，便立即抓獲調查，對那些搶掠結盟的，便用巡令旗，將他們正法。並且在寓館設立了審案局，派了兩名委妥員，負責拿獲匪徒，進行嚴刑審訊。對平常的痞匪，如奸胥、蠹役、訟師、光棍，也是加倍嚴懲。曾國藩認為只有這樣才能讓心地善良的老百姓平平安安地種田度日。
他給湖南各州縣紳耆寫信，告知他們要把團練辦好，對於“素行不法，慣為猾賊，造謠惑眾者告之團長、族長，公同處罰，輕則置以家刑，重則置之死地！其有逃兵、逃勇，經過鄉里劫掠擾亂者，格殺勿論！其有匪徒痞棍，聚眾排飯，持械抄搶者，格殺勿論！”這樣連篇累牘的指令甚至還出現在曾國藩的私人信件中，如：“聞下游逃兵逃勇紛紛南來，省中當嚴兵以待，不使其入城乃善，其尤桀悍者，當斬一二人以威眾”；對於“粵匪、土匪”； “若非痛加誅戮，與草剃而禽之，則悍民不知王法為何物”；“聞有並非楚勇、並非湘勇隨之以去者，尤須認真訪查，斬數人以懲其餘”；或是“嚴縛匪黨，動與磔死”等等。他把審案局設立在長沙魚塘口自己的寓館內，委派候補知州劉建德、照磨嚴良浚負責案件的審理，“匪類解到，重則立決，輕則斃之杖下，又輕則鞭之千百”。他還偷偷地稱讚自己道：“巨案則自行匯奏，小者則惟吾專之，期於立辦無所掛礙牽掣於其間，案至即時訊供，即時正法，亦無所期待遷延。”在給僚屬的信中，他對自己的所做所為供認不諱：“國藩以前月下旬於寓中設審案局，十日內已戮五人。”
第二部分：罵名留世大肆屠殺
在朝廷的支援下，曾國藩開始對各地的起義進行大肆的鎮壓。
在長沙設立審案局的同時，曾國藩的勢力範圍也擴充套件到了湖南各地。最初的太平軍主要是由兩部分人組成的聯盟軍，一部分是洪秀全的拜上帝會徒眾，另一部分是洪大全的天地會會眾。太平軍在路過湖南的時候，他們吸引了很大一批湖南天地會的人隨他們一起北上，但湖南會黨依然有著很強大的勢力。尤其是受太平軍的影響，革命群眾的鬥志分外高昂，群眾鬥爭的烽火，燃遍了祖國各地，處於東南的衡陽、永州、郴州、桂陽、常寧以及西南的寶慶、靖州各屬，這種革命火焰更是如火如荼。可惜，當時太平軍已經全部離開湖南東下了，沒有聯絡這些同盟軍，才使得曾國藩有機會把他們逐個擊破：
咸豐二年冬天，瀏陽的周國虞、曾世珍、鄧萬發等率領的忠義堂暴動被江忠源給鎮壓了下去；
咸豐三年正月，攸縣洪利父子率領的暴動被張榮祖等鎮壓了下去，這支軍隊是駱秉章、曾國藩派出的；
二月，曾國藩派劉長佑、李輔朝、王等將常寧白沙堡的農民暴動鎮壓了下去；
派張榮祖到宜章、桂東、臨武，因為那裡有來自陽山、大庾的農民暴動軍，他們也被鎮壓了下去；
會黨曹、李躍率領一萬餘人在衡山草市、吳集暴動，曾國藩派劉長佑、王把這支起義軍鎮壓了下去；
三月，戴正率領的永興、安仁等地的農民暴動被曾國藩所派的夏廷樾、張榮祖等鎮壓了下去；