勉勉強強地回家了。三年之後，即正德十六年（1521年），張璁終於中了進士。也許，他之所以敢冒天下之大不韙，就是想在四十七歲時能及時做皇帝的寵臣，做一番大事業。本來，此番入京是張璁施展抱負的時候。但是，六月初五，以禮科給事中張翀為首的三十餘人、以御史鄭本公為首的四十四人連章彈劾張璁，攻擊他是奸臣，是誤導皇帝變亂宗廟罪魁禍首。給事中和御史在明代是專門進言的言官。他們的品秩雖低，但卻有彈劾大臣的言責，因此在朝廷中佔據很重要的地位。這麼多的言官都來彈劾張璁，氣勢果真有點嚇人。幸而皇帝並不為之所動。十三日，嘉靖皇帝任命張璁為翰林學士。當時翰林院的其它官員，像學士豐熙、修撰楊惟聽、舒芬、編修王思都不想與張璁同事，就紛紛地辭職。包括吏部尚書喬宇在內的官員都要求罷免張璁的官職。甚到兩位御史——段續和陳相——竟要求殺張璁、桂萼以正典刑。一時之間，張璁四面受敵，唯一的支援只剩下來自皇帝的慰問。皇帝對張璁說：“你們不是靠議論我父親的禮儀而受我的寵幸的，你們只把該說的正確的話講了出來。你們的忠心和你們的學識品行，都銘記在我的心裡。”因此，對於皇帝的唯從與感激，養成了張璁後來做官的基本準則。那就是，無限地服從並報答皇帝，而對於大臣們卻表示出極端的篾視。後來的張璁，曾被皇帝三次逐出京城，但是又三次召還。一些人以此議論張璁，說他根本就不明白要向皇帝表示出一定的做大臣的尊嚴。這種議論，又怎麼能真正理解張璁呢！在張璁看來，他的一切都是皇帝給予的。九月，在張璁、桂萼以及另外一些支援張璁的大臣如席書、楊一清的支援下，議禮的事有了一個初步的結果，就是按張璁的提法，稱嘉靖皇帝的親生父親為“皇考”，稱嘉靖皇帝的伯父孝宗皇帝為“皇伯父”。透過議禮，張璁也在嘉靖六年（1527年）升任禮部尚書文淵閣大學士，入閣辦事。皇帝對他極其信任，曾對他說：“我寫給你的密旨，你千萬不要讓別人知道，恐怕會洩露秘密。”倚仗著皇帝對他的信任，張璁在為大學士期間，志驕氣橫，傲視公卿，根本就看不起別的官員。甚至，當初與他共進退的桂萼，資格比他老許多的楊一清，也受他的壓制。不過，坦率地說，張璁也許算一個投機分子，但是並不完全是一個政客，他也有切實的才幹，而且也做了一些實事。在北京城，正是由於張璁的建議，才在明代嘉靖七年（1528年）重新疏浚了通惠河。
通惠河位於北京市朝陽區與通州區之間，現在是北京市主要的排汙河道。通惠河的開鑿，始於元朝至元二十九年（1592年），由古代著名的科學家郭守敬主持。當時河道自西北西直門橫貫京城，東南至通州，入北運河。據說，河道鑿成後，元世祖在積水潭見船隻很多，舳艫蔽天，非常高興，就賜名為“通惠河”。元末明初，通惠河時通時塞。明朝初期，也有不少人建議疏通通惠河，但沒有付諸實施。嘉靖七年（1528），張璁主張疏通通惠河。他在上給皇帝的奏疏中說，疏通通惠河的根本目的，就是可以讓從南方運來的糧食直接運到京城中來。明朝的首都北京離當時的糧食產地江浙一帶很遠，糧食都要透過運河從南方運到京城來。通州在當時就成了京城的糧倉。但是，通州與京城之間的水道聯絡不能疏通，就必須靠車馬運輸。明代中期的正統十四年（1449年），因為蒙古的也先的入侵，京城危急。當時政府就下命令，令京城中的居民將通州糧倉內的糧食搬入城內，每搬兩石居民自己可以得一石。第二天，糧倉仍然有很多的糧食搬不完，又命令京城的居民搬進來的糧食都歸自己。但是，糧食還是搬不完。最後，只得一把火將糧食全部燒光，以免落入敵人的手中。這件事對於後來的官員們觸動很大。一直有一些人要求將通惠河疏通，讓運河上的漕船直接到達京城。張璁對於這樣的想法非常同意。他否決了另外一名大臣桂萼疏通三里河的建議，而認為疏通通惠河的操作性更強。他說：“通惠河全長不過五里，落差不過五尺，只要在適當的地方修建閘門，就可能使漕船的運輸直達京城。”在他的主張下，巡按御史吳仲成為河道疏通的總指揮。嘉靖七年（1528年）六月，通惠河疏浚工程完成。吳仲為此還專門請求朝廷對管理通惠河實施一些必要的日常維護措施，並撰寫了《通惠河志》。從此，從南方運來的糧食，可以從通州水運直達京城，解決了京城運糧的困難。
然而，張璁當政期間的政績並不能掩飾他的跋扈。嘉靖八年（1529年），張璁因為與首輔楊一清的矛盾而被皇帝命令他退休。可是，張璁一離開京城，皇帝就又對他念念不忘。於是，