永樂時期在元大都的遺址上重建北京城，規模比原來更為宏大。但由於修建過程中，向南擴張，將原來位於大都城外的通惠河包入城內，這使得原來可以由通州直抵積水潭的航段不能再用，故將這一段航道埋入地下，成為暗河。漕船開至城東東便門，便不能進入。明正統三年（1438年）五月，在今東便門外修建大通橋，成為通惠河新的起點，所以明代的通惠河也稱大通河。但由於水源等問題，通惠河並不暢通。故明初大運河的漕糧至張家灣停泊，由陸運至京倉。成化十一年（1475年），明憲宗詔平江伯陳銳等疏浚通惠河，雖有所成效，終因水源不足，且河道狹窄，試用兩年後，河道又淺澀如舊，不能順暢通行。其後政府多次議修，都不太成功。這其中的原因，除了客觀的水源問題等，還受到許多的人事牽制。
歷代朝廷的水工水事很重要的部分就在於河務與漕運。明清時人們常把這兩個部門與專制權力把持的另一領域：鹽政，合稱為“河漕鹽三弊”，而河漕二弊尤甚。明清兩代的漕運總督，與一般封疆大吏相比�