我從某些途徑聽說你是一位模範人物，傳播一種教導人們如何正當生活的教義。”
由於沒有事先到會同館報道而遷怒了該衙門的官員，提督會同館的主事下令將傳教士統統拘上公堂審問，並且明令他們住在會同館中。這一突如其來的變故，給正在準備請求在北京建立傳教點的利瑪竇等人當頭一棒。因為會同館將按外國人來對待他們，而外國人是不能長期居住在北京的。利瑪竇等人按例被召入皇宮，向皇帝的龍椅行了跪拜禮。又拜訪了禮部右侍郎朱國祚。朱國祚詳細瞭解了他們到中國來的目的。這次利瑪竇等人索性公開大膽地宣告，他們是被派到中國傳播上帝的教義的，並希望永久居住在北京。朱國祚為此上奏皇帝，但是一月過去了，杳無音信，於是禮部決定再上奏章。奉命管理自鳴鐘的太監也希望耶穌會士們留下，因為如果鍾發生故障，會受到神宗的責罰。
在科臣曹於汴的干預下，利瑪竇等人從會同館中遷出，住在城內。派了四名差役，隔五天給他們送去生活用品，還派了一名差役供日常使用，這樣，耶穌會士們又獲得了自由。曹於汴再次修改了奏章，禮部第三次上呈神宗。這次總算得到神宗的口喻，即：他們可以放心住在京城裡，並且不願再聽到讓他們回到南京，或遣送�