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正是由於首善書院的講習者與東林書院之間的特殊關係，以及書院在京城日益擴大的影響，使朝中的閹黨寢食不安。
朱童蒙首先發難，他上疏天啟皇帝，說如今廣寧失陷，人心浮動，京城之地不宜聚眾講學，以免招朋引類，開門戶之漸，將來勢必難以控制，應該安心本分，以東林為戒。馮從吾反駁說：“正因為國家處於危難之時，才應該以講學提醒人心，激發忠義。” 御史倪文煥上疏誣衊首善書院所講為偽學，說鄒元標等人“聚不三不四之人，說不痛不癢之話，作不深不淺之揖，噉不冷不熱之餅”。鄒元標也上《陳共學之原以定眾志疏》，指出：早在隆慶初年，內閣首輔徐階就曾集諸臣千餘人講學於京城，手書“識仁、定性”二書，與諸人討論。萬曆十三、十四年，臣鄒元標在京城也每月講學於演象所，當時的執政大臣也嘗過而相問。天下治亂，繫於人心，人心邪正，繫於學術。如今陛下有經筵日講在先，卻不許京師講會，臣甘願罷官歸田。這時魏忠賢剛剛開始竊權，也屢傳中旨，說宋室之所以亡國，在於講學，皇上將嚴禁此事。葉向高為首善書院力辨，並要求與鄒元標共同辭官，天啟帝的態度稍有緩和。但閹黨郭興治和郭允厚卻攻訐不已，甚至將首善書院比作山東的“賊妖”。
鄒元標歸意已決，於是加太子太保，準乘驛歸鄉。臨行前又上《老臣去國情深疏》，字字情真意切，一時間奏疏天下傳誦。天啟四年（1624年）六月書院被罷講。天啟五年（1625年）正月，在閹黨“十孩”之一李魯生的建議下，撤去書院的匾額和對聯，改書院為“忠臣祠”。同年七月，在四川道御史倪文煥的催促下，閹黨矯旨下，砸碎書院石碑並丟擲門外，拽倒先聖牌位，焚燒經史典籍，拆毀廳堂建築。八月閹黨毀天下書院。
鄒元標歸鄉後不久便與世長辭，終年七十三歲。魏忠賢矯旨削奪了鄒元標的官職。為了讓喜宗看起來有趣味，閹黨王紹徽將東林黨人比作《水滸傳》中的一百單八將，編成《東林點將錄》，所列第三十八名，即是“天傷星武行者左都御史鄒元標”。
崇禎帝即位後，剷除了閹黨，東林黨人恢復了名譽，重又贈鄒元標太子太保、吏部尚書，諡忠介。
崇禎時首善書院還在，當時大科學家徐光啟與耶穌會士湯若望等奉旨修正曆法，書院經過一番修繕，暫作歷局之用。也有人建議應恢復書院，重立被砸碎的石碑，繼續講學。但時過境遷，經天啟朝一場浩劫，此時東林黨人半數零落，這一願望已沒有實現的可能。 （張憲博）
公元2005年，在北京西郊的香山碧雲寺金剛寶座塔前院，一位施工工人與往常一樣，揮鍬剷土，但鏟子卻碰到了一個硬硬的東西。待他好奇地扒開土層，眼前的景象令他驚呆了。一尊栩栩如生的白玉武士石像，呈現在他的面前。
石像高約3米，底座寬約1。2米，由一整塊漢白玉巨石雕琢而成。石像的裝束是武將打扮，頭戴翅盔，身穿戰甲，胸前有護心鏡，手臂上戴著護肘，腳蹬戰靴。臉部雕刻尤其細緻，眉頭緊鎖，怒目圓睜，甚至連眉心痣與抬頭紋都刻畫得活靈活現。石像的花紋是以對稱的形式雕刻而成。但在戰甲下邊，兩邊的雕刻花紋並不完全一樣，一邊是牡丹，另一邊則是菊花。
專家聞訊很快趕來，經過鑑定，確認這是1623年製作的一尊武翁仲。石翁仲是中國古代皇室與上層官員陵墓前的一種裝飾，有文武之分，武將稱武翁仲。那麼，這尊武翁仲守衛的是誰呢？他又為何與主人一起，被長埋地下了呢？
在香山的重巒疊障中，在碧雲寺的朝鐘暮鼓中，這尊石像沉睡了三百年，這個秘密也塵封了三百年。隨著石像的出土，這個歷史之謎是否也會隨之而水落石出呢？
“這個武翁仲是明朝大太監魏忠賢的陵墓裝飾。”專家的結論石破天驚，也讓我們的思緒回到了遙遠的明朝，依稀望見那個壯碩的身影。
魏忠賢，明朝天啟年間任司禮秉筆兼東廠太監，一個出身乞丐、權傾天下的“權閹”，一個為禍亂朝綱，為明朝滅亡埋下伏筆的“罪人”，一個聲名狼藉，揹負萬世罵名的“惡人”。
魏忠賢生於隆慶二年（1568年），北直隸河間府肅寧縣人。若論外貌，魏忠賢可以算是一表人材，身材魁梧，面貌英俊。若論智謀，他也十分機警。如果他能如常人那樣耕田經商，養家餬口應該還是沒有問題的。但他從小喜遊樂，儘管已經娶妻生女，卻仍然聲色犬馬，流連於賭廠樂坊。在一次豪賭之後，輸了個白茫茫一