部船隻交由軍政部掌管調派，企圖以行政強制手段吞併。盧作孚得到這一訊息後，先聲奪人，搶先向國民政府提交了一個運輸計劃，主動提出承擔包運所有的撤退物資，運價按平時商運價的十分之一計算，並在5個月內把積壓在宜昌的8萬噸兵工軍需器材物資全部運離宜昌。與此同時，他又透過張嘉璈向軍政部長何應欽陳說利害，才使當局改變主意。
當1939年民生公司的資產增至700萬元時，孔祥熙、宋子文都想用大量投資的辦法侵吞民生公司。孔祥熙暗地指使中央信託局出面，要出資佔有股份的50～60％；宋子文也暗示，他所控制的中國銀行也要投入60％的股份。盧作孚既要依靠他們的支援求得發展，又不願讓某一勢力控制，於是他透過政學系首腦張群遊說孔祥熙，示意不宜直接插手地方企業；又活動陳果夫、陳立夫門下的幹員錢新之出面揚言，民生公司是交通運輸業，投資不能沒有交通銀行的份。從而形成了政學系、孔、宋、陳在對民生公司投資上的僵持局面。最後以撤銷增股，代以發行公司債券了結。由17家銀行認購700萬元的公司債券，從而形成了一債多主。互相牽制的局面，避免了孔宋財團的吞併。
但是，孔祥熙並沒善罷甘休，想以暗中收買股票的辦法控制民生公司的股權。但盧作孚對公司的股票轉讓有著嚴格的控制。孔祥熙的意圖終於落空。
抗戰爆發後，國民政府偏安四川，川江成為國統區交通運輸的主幹。而執川江航運牛耳的民生公司的地位也益顯重要。由於盧作孚深謀遠慮，民生公司同當時中央和四川地方各派勢力又有著千絲萬縷的聯絡，因而官僚資本集團雖然對民生公司垂涎三尺，也不便一舉吞併。而民生公司既要求得政府當局的支援和資助，又要防範被鯨吞。而對如此複雜的局面，盧作孚周旋在中央財團與地方勢力之間，變不利為有利條件，不僅維護了企業的獨立存在，而且取得了長足的發展。
民生公司在戰前即已壟斷川江，但戰前經營的航線僅限於四川境內及渝敘、渝滬兩條直達航線。滬戰爆發後，隨著戰局的變化及後方的需要，又開闢了30多條長短航線。這些航線是：
為疏運上海、漢口、宜昌西遷人員、物資，開闢了長江中、下游及漢湘、宜湘、宜渝分段運輸航線12條；為適應戰時後方交通需要，開闢四川境內的短途航線19條；為銜接川湘、川黔、川滇水空聯運開闢航線6條。
此外，盧作孚審時度勢地派輪對金沙江、烏江、赤水進行了考察和試航，為輪船運輸開拓了新航線。在其經營航線的港口，設定了辦事機構和夏棧設施，組成了戰時後方的經營網。
民生公司在擴充套件後方航線的同時，為了解決進口貨源驟減，船用器材奇缺的困難，憑藉自己的技術力量，研製船用高壓水管鍋爐，自制船舶配件，以替代進口產品；以木代鋼製造木殼機動船；就地取材，試驗代用燃料以及其他船舶技術改造等方面，都取得了顯著成效，維持了一支有效的運輸船隊，並不斷髮展壯大。
多年後，當人們重新審視民生公司的戰時發展時，不僅解開了民生公司在戰時如何發展的謎團，也對盧作孚的經營方法作出了準確公止的評價——
民主公司在後方營運中，承擔了大量的公差運，所收運費極低，航運收入劇減，1939年第一次出現帳面虧損，這種情況一直持續到1945年而未能扭轉。
那麼，民生公司又是如何在這種情況下能飛躍發展呢？
表面上看，民生公司一方面出現帳面虧損，而買質上民生公司又在其他企業進行大規模投資。據統計，先後在48個企業投資，投資額達140萬元（戰前貨幣未貶值時）。投資總額佔股本的比重，1939年為25。6％，1941年為56。％。投資的範圍之廣是一般的企業無與倫比的。這恰恰應驗了盧作孚“將連帶的生產事業統一為一個或全部的聯絡”的設想。
戰時，中國幾家大的航運公司如招商、三北大都萎縮，只有民生公司才得到迅速發展。這與盧作孚的經營管理思想是分不開的。《中華水運史》評述道：
“民生公司主要之業務本來在川江。國府西遷，川江運輸繁要幾倍於往昔，民生公司以保有多數之內河輪船，適應急切環境的需要，業務進展，自非其他公司所能及。
“民生公司輪船在抗戰初期未被徵用，而在滬輪船亦於江陰封鎖以前駛入長江，產業保全毫無損失。
“長江中下游輪船自京滬武漢撤退，均感流亡之苦，民生公司得以廉價收買，增加它的運輸力量。