王應擔心王敦的死訊使軍心不穩，秘不發喪，用草蓆裹了王敦屍首，外塗白蠟，埋在議事廳地下；又命沈充從吳郡起兵，策應王含。
沈充帶兩萬精兵殺到建康，與王含合兵一處。手下司馬顧颺向沈充獻計道：“現在天子在南京，已經扼住咽喉要地。王含受挫不能前進，相持日久。將軍只需要開決河塘，用湖水倒灌京城，然後乘著水勢，攻入城中，便可成大事，此是上策；如果與王含兩軍一齊合擊，十路並進，我們的部隊要比對方多很多，也一定能勝，這是中策也；要麼以議事的名義請錢鳳前來，然後殺錢鳳降朝廷，為朝廷立下一功，也可以，這是下策也。”
沈充說，我軍勇猛，何必要這麼多計策，我都不用，直接打就行了。遂率兵乘竹筏渡過秦淮河，直攻過去。應詹大敗，回到城中。沈充趁勝追到宣陽門外，正要攻城的時候，臨淮太守蘇峻援率兵趕到了，和沈充殺在一處。應詹也從城裡衝出，來戰沈充。沈充沒想到會有援兵，登時大敗，因是背水一戰，回逃時爭相上竹筏，淹死兩千士兵。沈充逃到青溪，點檢人馬，已不到萬人。這時北中郎將劉遐也率兵來援，正好和沈充碰上，沈充再戰再敗，最後只帶了一百多人逃脫。
再說潯陽太守周光，周撫的弟弟，周訪的二兒子。周訪的兩個兒子和周訪的仇人王敦好得不得了，不知是怎麼回事。不過此二人都是很早就當了官，可能一直是王敦的部下。周光率兩千人來助王敦。周光到了姑孰求見王敦。王應推託說王敦有病，不能見客。周光一定要見，王應一定不讓見。相持了半天，周光懷疑：“我大老遠跑來，竟然王敦連個面都不見，這不是王敦平時的作風啊，他一定是死了。”然後來到哥哥周撫的軍中，當著大家的面和周撫說：“王敦已經死掉了，大哥你還跟著錢鳳、王含做什麼？和他們混沒有前途的。”
大家一聽王敦死了，都愣住了，愣完之後，解盔卸甲扔兵器，一鬨而散。逃亡之風像傳染一樣，很快蔓延到左軍全營，又從左軍蔓延到中軍，再到右軍。王含和錢鳳一看，人都跑得差不多了，我們也跑吧。遂燒了營帳，連夜逃遁。
明帝聽對面大軍一片混亂，派人去打聽。回報說，那邊已經沒人了，所有人跑得精光。
明帝一聽大喜，命諸將追剿王敦餘黨。
王含和王應先投奔荊州刺史王舒。王舒好吃好喝好招待，等二人喝醉睡著之後，便把兩個人給弄死了，然後上報朝廷。錢鳳逃到闔廬洲投奔周光，周光殺了錢鳳，把錢鳳的首級送到京城。周撫和鄧嶽也逃到周光那裡，周光捉住鄧嶽卻要放走周撫。周撫救出鄧嶽一齊逃入西陽（今湖北黃岡東）土著中隱居起來，直到第二年，明帝頒詔大赦後才出來自首。明帝還不錯，還給了兩個人官做。沈充逃往吳興，投奔故將吳儒，也被殺死，首級送到建康。至此，王敦之亂平定。
小人庾亮
晉明帝論功行賞：以王導為太保、領司徒，加殊禮，封始興郡公；溫嶠為前將軍，封建寧縣公；蘇峻為歷陽內史、冠軍將軍，封邵陵縣公；郗鑑為車騎將軍，都督徐、青、兗三州諸軍事，兗州刺史，出鎮廣陵，封高平縣侯。其餘各有封拜。追贈已故司馬承、甘卓、戴淵、周、郭璞等官爵，各賜諡號。改授荊、江諸州，以分上流之勢：以溫嶠為江州刺史；陶侃為徵西大將軍，荊州刺史，都督荊、湘、雍、梁四州諸軍事；以王舒為會稽內史。又充實自己實力，調換朝廷百官，總算把朝廷安定下來。
王敦叛亂才平定一年，一切剛剛走向正軌，公元325年，農曆閏八月戊子日，晉明帝卻突然暴病身亡，在位僅三年，年僅二十七歲。
太子司馬衍即位，是為晉成帝。改元咸和。當時成帝年僅五歲，他的母親庾太后臨朝聽政。庾太后沒有任何政治才能，便重用她的哥哥，中書令庾亮。
庾亮是個小人，手握重權之後的第一件事就是報復當年不“尊重”自己的人，而第一個人則是司馬宗。
晉明帝在患病的時候，左衛將軍、南頓王司馬宗執掌宮中禁軍，在宮內當值。有一次，庾亮有事要進宮面奏晉明帝，向司馬宗索要進宮的鑰匙，司馬宗道：“皇宮又不是你家，是你隨便出入的地方麼？”庾亮覺得受了羞辱，掌權後便將司馬宗貶為驃騎將軍。
司馬宗當初說的話的確是讓人很下不來臺，但庾亮把司馬宗降職也報復得太過分了。司馬宗這個人其實和庾亮是半斤八兩，他認為自己受了委屈，竟然和親信卞闡謀劃，準備廢掉庾亮。雖然庾亮無才無德，但畢竟是國家重臣，豈能說廢就廢。司馬宗和庾亮其實是一個脾氣，都把國家