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隨即，彭德懷派一個班將宣言稿連同偽造信一併送到黃破紅一方面軍總前委呈毛澤東。不久，彭德懷又親自到總前委邀請毛澤東參加紅3 軍團幹部會，毛澤東欣然到會講話。這是3 軍團幹部第一次見到毛政委，聆聽他的講話後，留下了極其深刻的印象。
時任紅3 軍團第3 師政委的黃克誠認為，彭德懷對這件事的妥善處理，使毛澤東進一步“增加了對彭德懷的信任”。
在遵義會議上，彭德懷又給毛澤東以有力的支援。
遵義會議，是彭德懷第一次參加的中央會議。他在會上發言表示擁護毛澤東的講話，嚴厲批評李德在軍事上的嚴重錯誤。他說：今天我想說的，幾個月前，我和李德同志、博古同志說過，今天是對五次反“圍剿”的全面總結，有必要再說說，因為很多同志沒有聽到過，不知道。那次戰役中，博古與華夫同志坐在瑞金，指揮紅軍第二次進攻南豐的戰鬥，連迫擊炮放在地圖上某一曲線都規定了。實際上。中國這一帶的十萬分之一的地圖，就根本沒有實測過，有時方向都不對。這種主觀主義是圖上作業的戰術家。如果不是紅軍的高度自覺，一。三軍團早就完蛋了。廣昌戰鬥，完全是同敵人拼消耗，我們損失多大！中央蘇區從1927年開創到現在，八年啦，一、三軍團活動到現在，也是六年啦，創造根據地是多麼的不容易啊，就被你們的瞎指揮送掉啦，真是“患賣爺田不心痛”！
遵義會議後，毛澤東親自指揮了四渡赤水戰役。為擺脫敵人的圍追堵截，他指揮中央紅軍進行了頻繁的戰鬥和大踏步的迴旋轉移。紅軍一些指戰員極端疲憊，又對中央戰略意圖不明，產生了埋怨情緒。紅1 軍團軍團長林彪基於這種情緒，給中革軍委寫了一封信。信的大意是：近一兩個月來，部隊走路太多，盡走“弓背路”，造成疲勞。是否換一個人指揮，改變一下這種狀況，不然會把部隊拖垮。建議毛、周、朱隨軍主持軍中大計，不作具體指揮，前敵指揮由彭德懷負責。
為統一對遵義會議後實行新的戰略方針的認識，中共中央於1935年5 月12日在會理城郊鐵廠召開政治局擴大會議，各軍團主要負責人也參加了會議。會上對林彪的信進行了嚴肅的批評，同時也指責了彭德懷，毛澤東認為林彪的信是彭德懷“鼓動起來的”。
對於會議的批評，彭德懷覺得突如其來，且與實際情況有出人。但大敵當前，他感到應以大局為重，當時在紅3 軍團指戰員中也確實有一些懷疑、埋怨情緒，遂承擔責任，作了自我批評。他同時批評林彪說：“遵義會議才改變領導，這時又提出改變前敵指揮是不妥當的，提出我更不適當。”並宣告：“這封信，事先我不知道。”
在此後反對張國燾分裂黨、分裂紅軍的鬥爭中，彭德懷堅定地站在毛澤東一邊。為確保毛澤東的安全，他還秘密抽調一個團的兵力隱蔽在毛澤東住處附近，以防突然事變。當毛澤東斷然決定率1 、3 軍團等部繼續北進後，彭德懷一直與毛澤東同行。1935年9 月22日，毛澤東率中央紅軍到達哈達鋪後，即採納彭德懷的建議，宣佈將1 、3 軍團及中央縱隊改編為中國工農紅軍陝甘支隊，由彭德懷任司令員、毛澤東任政治委員。
紅軍初到陝北，彭德懷即率部與馬家軍交手。對於新的作戰對手，彭德懷分析說：過去我們一直只同兩條腿的敵人作戰（步兵），現在我們要同六條腿的敵人作戰了（騎兵）。當前的敵人有“三馬”，即馬步芳、馬步青、馬鴻逵的騎兵，還有東北軍的騎兵部隊。我告訴同志們，騎兵並不可怕，打起仗來，馬的目標大，容易瞄準。騎兵只要下了馬，就大大地削弱了戰鬥力，比步兵還好打。騎兵宿營時，下了馬鞍子，是最好襲擊的，特別是夜間。我們要發揮英勇機智、出奇制勝的特長，消滅敵人的騎兵。
全面內戰爆發後，彭德懷出任八路軍副總司令。他堅決執行毛澤東制定的抗日戰爭的總路線和總政策，與朱德總司令一起，率領八路軍英勇作戰，取得了輝煌的勝利。
1937年12月，彭德懷在延安參加了中央政治局擴大會議。會上毛澤東講了話，王明也講了話。彭德懷認為他們講話的共同點是抗日，不同點是如何抗法。王明以共產國際口吻提出：抗日高於一切，一切經過統一戰線，一切服從統一戰線。彭覺得這同毛澤東的抗日論點有很大原則分歧，認為這是一條放棄共產黨對抗日民族統一戰線的領導，失去無產階級立場的投降主