表示同心協力，共救聖主。
到了傍晚，袁世凱就匆匆地趕回天津，直奔榮祿總督衙門告密，並造謠說維新派要把慈禧囚禁起來。榮祿聽了不禁一驚，顧不了多說什麼，連夜就將危急情形告知在京的慈禧。慈禧得知後，又氣又恨，內心中早存的對光緒的不滿急速升騰。於21日早晨，發動宮廷政變，宣佈重新訓政，囚禁光緒帝於南海之瀛臺。瀛臺四面環水，僅有一橋相通，派去的太監都是李蓮英的爪牙，光緒不僅失去了一切自由，而且也被與外界完全隔絕了訊息往來。二十五日，慈禧又宣佈光緒有病，陰謀加以廢除，另立皇帝。後來譚嗣同與俠士王五雖曾圖謀救出，但沒有成功。
二十四日慈禧又下令搜捕維新人士，京城一片恐怖。譚嗣同在救光緒失敗後，日本人曾勸他逃跑，但他堅決不聽，反而慷慨陳辭：“各國變法，無不從流血而成，今中國未聞有變法而流血者，此國之所以不昌也，有之，請自嗣同始。”
維新派代表人物，除康有為、梁啟超逃脫外，譚嗣同、林旭、康廣仁、楊銳、劉光弟、楊深秀全都被捕，並於二十八日被殺於北京菜市口。臨刑前譚嗣同還大聲高呼：“有心殺賊，無力迴天。死得其所，快哉快哉！”何等的悲壯。他們以自己的滿腔熱血譜寫了一曲深沉而又悲壯的歷史輓歌。他們死得壯烈又死得悲哀。悲哀的是他們直至宮廷政變之後，才看出袁世凱的真面目。
與此成對照的是，袁世凱官運亨通。慈禧令將他所屬的新軍擴充為武衛中軍，賞他在西苑門內騎馬，升為工部右侍郎。
可接著不久，社會上就流行著這麼一首新歌謠：
六君子，頭顱送，袁項城，頂子紅，賣同黨，邀奇功。
康與梁，在夢中，不知他，是嫋雄。
袁世凱聽了不知他有何感想
賊喊捉賊的袁大總統
1913年3月20日晚上10點多鐘，上海滬寧車站仍是熙熙攘攘，人聲鼎沸，由上海開往北京的火車半個小時後就要開出，旅客正在準備登車。10點40分，火車進站，宋教仁和黃興、廖仲凱、于右任等走出車站議員休息室，向月臺的檢票口走去。突然人群中一個身著黑衣的矮個子撲向月臺，把槍對著走到剪票處的宋教仁連開三槍。第一槍子彈從背後穿過，宋教仁身子一歪，倚在鐵欄杆上，後兩槍未中。這時站上人群大亂，黃興等人也驚慌異常，一邊扶住來教仁，一邊派人找巡警捉拿兇手。但奇怪的是連一個巡警的影子也不見到，兇手也趁亂得以逃之夭夭。
送行的黃興等人立即把家教仁指出車站外，攔截了一輛車，火速送往滬寧鐵路醫院。因傷勢過重，流血很多，他曾幾度昏迷。他知道自己已沒有再生的希望了，便把老友于右任叫到身旁以三事相囑：一、將書籍贈南京圖書館，二、請故人撫卹其家，善待其母；三、囑同志勿生悲觀，宜奮力圖事，復興民族。經手術後病情仍不見減，彌留之際，他又請黃興代筆，給臨時大總統袁世凱拍發了封電報，言辭誠懇：伏望大總統開誠心，布公道，竭力保障民權，俾國會確立不，拔之憲法，則仁雖死猶生。”22日凌晨，宋教仁與他的事業和人生長辭，年僅31歲。
訊息一傳出，舉國上下一片震驚，孫中山急速從國外趕回，要求嚴厲輯拿懲罰兇手。
臨時大總統袁世凱聽到訊息時也同樣感到吃驚，先是“愕然”地問：“有此事呼？”然後接過電報一看，再“愕然”地說：“確矣，這是怎麼好？國民黨失去宋遯初，少了一個大主腦力量不是精神的力量，而是物質資料的生產方式。，以後越難說話。”惋惜之情溢於言表。對於來教仁的才能大總統也十分讚賞地說：“遯初，中國特出之人才也，再閱數年，經驗宏富，總理一席團勝任愉快者。何物狂徒，施此毒手！”
犯了法就要罰，殺了人的更要嚴懲，此乃常理。大總統在聽到來教位被刺的訊息時，就已經電令江蘇都督程德全、民政長應德宏等人前往醫院慰問，並立懸重賞，限期破案，按法重懲。聽到逝世的訊息後，大總統又下一道命令：“民國新建，人才至難，該兇犯膽敢於眾目昭彰之地阻擊勳良，該管巡警未當場緝拿，致被逃逸，閱電殊甚髮指。前農林總長宋教仁奔走國事，締造共和，厥功甚偉。迨統一政府成立，贊襄國務，尤能通知大體，擘畫酬勞。方期大展宏猷，何意劇聞慘變，凡我國民，同深愴側，應即交國務院從優議恤，用彰崇報。所有身後事宜，業經電飾陳貽範會同鍾文耀妥為料理。方今國基未因，亟賴群策群力，相與扶持。況暗殺之風，尤乖人道，似此逞兇槍擊，藐法橫行，匪惟國法所不