見萬曆皇帝如此，百官們自然是不答應，這年頭，還有什麼是不許文官們插手的？軍校的設立看來己是無力迴天，只能退而求其次。最後在吵鬧之下，兵部武庫司的一員郎中也被選為軍校的一員督導，才暫時停止了這種吵鬧。
理所當然的，黃來福成為軍校的校長，很快，軍院相關的事務便緊鑼密鼓地展開。建立校舍，從九邊各鎮中選拔聘請各個軍事經驗豐富的退休老將官，選拔兩鎮中各個衛所營軍的軍官及舍人子弟入校學習等，一步步有條不紊地進行。
五寨堡建立的大明皇家軍事學院成為當時大明的熱門話題，不但是山西大同兩鎮，就是餘者九邊各鎮的軍官子弟們，也是對此充滿了濃厚的興趣，千方百計想成為軍校的一員。天子門生啊，這個金字招牌誰不想要？
幾個月後，被後世譽為大明近代軍隊搖籃的皇家軍事學院在五寨堡開學，當第一期新生進校時，學校舉行開學典禮，黃來福與兩位督導都作了訓詞。
按學制分，軍校分為初級軍事指揮班，中級班，高階班三種。
初級班培養百戶，百總以下的軍官，學制二年。中級班培養百總到守備一級的軍官，學制三年，同時輪訓有升職機會的百總以上級別軍官。高階班培養守備上以上的軍官，學制四年。
不但如此，軍校內還有諸多炮科、工科及參謀科等科目，還有很重要的政治科，學員們要學習的東西很多。
關於軍校的治軍思想，主要來源於中國傳統的治軍思想，相容黃來福的一些新式理念。其主要體現在“勤以訓練，厚以教養，嚴以軍紀，指導之以效忠皇明政治觀念”等幾個方面。
從以後的事實效果來講，軍校的作用是巨大的，培養了一大批優秀的將領，讓學員明白為何而戰，為誰而戰。對大明軍中良好作風的形成，軍隊戰鬥力的提高，有著非常積極的作用。
黃來福糾察治理軍隊的同時，規模浩大的兩鎮五年政務治理，也是同時展開。
從萬曆二十七年年底到萬曆二十八年年初，抽選自總督府屯牧部中富有經驗的屯田人員，作為總督府的幕僚派遣人員，會同兩鎮的戶部，工部等委官，同時在在山西鎮的汾河，沱河等流域，大同鎮的桑乾河，御河等流域展開了大規模的荒地勘查，水渠路線等修建籌備。
黃來福決定在五年規劃中，在這些地方修建數十個大型水利工程，幾條巨型的水渠等，為未來的大規模軍屯打下基礎。他可不是隨便說說的，經由東征債券及開發債券籌備來的鉅額資金，為他這種大規模的建設，撐起了堅實的保障基礎。
這個年代，由於小冰河天災的影響，這幾河流域中，可供利用的平川及荒地還是很多的，只要水利跟得上去，完全可以將這些荒地變成良田。
退一步來說，就算兩鎮內的土地不足，塞外還有大批的土地，完全可以安置鎮內富餘的軍隊人力，讓原先那些只能空耗糧餉，吃著閒飯無所事事的軍士們找到新的用武之地。
事務可說是在雷厲風行中進行，一旦某地的水渠路線，荒地勘查結束，就是大批被劃分為乙等軍，丙等軍的兩鎮軍士們被移防在這裡，成為當地新的屯田衛所。
不說兩鎮內某地整個千戶所，百戶所的軍隊及家屬全部被移到外地是常事，就是整個衛所的軍士被移也不是沒有。
大明軍屯百年下來，許多地方的軍屯土地九成變為當地文官武將豪強太監的私產是很正常的，就如原來的五寨堡軍屯地一樣，大部分成了黃家的私產，餘者軍士們，過著奴隸都不如的生活。
黃來福正是深深地瞭解到這一點，所以他乾脆來個釜底抽薪，讓人全部捲走，讓他們轉移地方，就算原來衛所的土地還是那些將官們所有，現在他們鎮守的地方都變了，看他們怎麼辦。
黃來福動作極快，而且手段強硬，沒有任何質疑的餘地，任誰敢挑起事端，敢推諉猶豫者，他鎮壓起來決不手軟。
而且對於這種遷移，除了原先當地少數的軍官及豪強官員外，各衛所軍堡中普通的軍士們，他們是抱著無所謂的態度，反正在原來的地方他們也是祖祖輩輩吃不飽穿不暖，換到外地至少有個盼頭。
況且，在這種大規模的遷移中，總督府至少一直保持著他們每日的衣食無憂，就更讓他們沒有埋怨的心思。特別是總督府對未來生活的承諾，讓他們更是心動。
一時間，山西鎮大同鎮內整衛整所的軍士軍餘湧動，大規模放棄原先的舊衛所，搬移到新地點重新設立屯田衛所，當然了，事情由易而難，首先遷移的衛所軍士們