其一，讓他看著辦吧。鄭芝龍也聽出了我的話中之音，哪有不明白的道理，左右已經這樣了，給不給都讓人惦記，還不如將瓊州這個便宜人情送出去，討個皆大歡喜，鄭芝龍在心中衡量一帆後還是認為臺灣的軍事意義更加重要，所以最後答應我在瓊州建廠，但是他還是拒絕了我派兵幫助他的“好意”，決定戰艦裝備之後就回閩粵，由自己動手解決劉香。
自從鄭芝龍從顏思齊手中接過臺灣後，他可就是真沒少往臺灣投資。當時正值天啟六至七年（1626～1627年），閩南發生嚴重旱災，遍野赤土，許多村落連草根樹皮都被吃盡。鄭芝龍就是利用這個機會，自率船隊襲擊福建漳浦，劫掠金門、中左所（今廈門）和廣東靖海、甲子等地，不久又回師福建，再犯廈門，襲銅山（東山），陷舊鎮，擊敗金門遊擊盧毓英、福建總兵官俞諮皋的進剿，縱橫東南海上，聲勢所向披靡，使得官兵疲於奔命，莫可奈何。奔襲中，鄭芝龍等還招撫了泉州饑民數萬人赴臺拓墾，沿海饑民及無業者競往投靠，這一仗鄭芝龍不但打敗官兵還擊敗了當時在海上自己最大的對手許心素，使廈門從此成為鄭氏的地盤，勢力日益強盛，官兵不能敵，也代表著泉州幫勢力的興起。
鄭芝龍海上勢力的日益擴張強盛當然會引起明朝統治者的恐懼，雖多次派兵追剿，但均失敗。明政府既無力剿滅鄭芝龍，又為了利用這支海上勢力與荷蘭人抗衡，鎮壓其他“海盜”，只好對鄭芝龍施行綏撫。
天啟七年（1627年），明廷起用曾經擔任泉州知府的蔡善繼任泉州巡海道，對鄭芝龍進行招撫。鄭芝龍率眾到了泉州，見到了蔡善繼。鄭芝龍之弟鄭芝虎、鄭芝豹在會見後，認為朝廷沒有誠意，於是鼓動鄭芝龍等馬上離開泉州，重新過起海上稱雄的生活，這次招安也就以失敗告終。
隨著崇禎皇帝的即位，他透過我的經典登陸戰認識到了海軍的重要，可是這時他能用的海軍已經少的可憐，所以將主意打在鄭芝龍這支當時沿海最龐大的實力上，所以立即於崇禎元年（1628年）七月招撫鄭芝龍。鄭芝龍這此看準了機會表示以“剪除夷寇、剿平諸盜”為己任，九月就撫於福建巡撫熊文燦，率部降明，詔授海防遊擊，任“五虎遊擊將軍”，離開他多年經營的海上貿易根據地臺灣，坐鎮閩海。而此時，鄭芝龍有部眾3萬餘人，船隻千餘艘，由此可見他真正發家是在臺灣，所以自然不容我染指了。
那時崇禎元年（1628年），閩南又遭大旱，饑民甚眾，鄭芝龍在熊文燦支援下，再度招納漳、泉災民數萬人，“人給銀三兩，三人給牛一頭”，用海船運到臺灣墾荒定居，這在臺灣歷史上也是規模最大的一次移民，所以此時臺灣雖被荷蘭人佔領，但是那些移民還在，鄭芝龍如何肯讓我去臺灣他的老巢呢。
如今雙方既然有這義項，自然是早早談妥，儘管鄭芝龍不斷的壓價，可是我還是堅持“原則”，鄭芝龍心急最後只能答應，希望我儘快給他裝備，好回去對付劉香。這一折騰時間就又進入隆冬，正好趕上季風，鄭芝龍不再猶豫帶上裝備好的戰艦辭別妻兒向自己的老巢福建出發。
在回返的途中，鄭芝龍與劉香的船隊在福州附近遭遇，發生了血戰，一艘鄭和寶船以及四艘伊麗莎白級戰艦（三艘為剛剛購買，一艘是上次送他的）本該是應該佔有優勢的，可是由於缺少船員（大多數船員是在朝鮮以及山東新招募的），再加鄭和寶船和伊麗莎白級戰艦第一次協同配合作戰，經驗不足，結果鄭芝龍沒有討到任何便宜，這一戰從早上打到傍晚，雙方各死傷數百人。鄭芝龍弟弟鄭芝虎在身上兩處負傷的情況下，衝入敵陣，被劉香的人用四爪錨和鐵鏈纏住，幾乎不能脫身，後來是部下拚死救出，而劉香本人在鄭氏水軍的援軍到來前則已經向南逃逸而去。
四艘伊麗莎白級戰艦，三艘輕傷，一艘重傷，鄭和寶船也破損不少，這讓鄭芝龍十分鬱悶，然而更鬱悶的還在後面。第二年春天新任荷蘭臺灣長官普特曼斯（HansPutmans）為迫使明朝開放貿易，企圖用武力強佔大陸沿海，結果在劉香的幫助下，不宣而戰，派出８艘戰艦，對剛剛追剿劉香回到廈門沒有戒備的鄭芝龍部和明朝官兵發動突襲。擊沉、燒燬和弄沉港內鄭芝龍和明朝官兵的二十幾艘戰船，鄭和寶船再次負傷，不過這次損失可是不小，不光鄭和寶船，就是連伊麗莎白級戰艦也有一艘在海戰中沉沒，讓鄭芝龍心痛不已，同樣也讓他看到了鄭和寶船的缺陷。
明朝的廈門官員在駐軍遭到荷蘭人痛擊後，採取了息事寧人的態度，找人與荷蘭人疏通，表示願意通知廈門、金門、烈嶼、鼓