王安石位登權要，王安石乃使他官拜御史中丞，作為回報。現在呂公著上神宗皇帝的奏議中，文字未免過於辛辣，使王安石大為不快，在文中他問：“昔日之所謂賢者，今皆以此舉為非，豈昔賢而今皆不肖乎？”王安石親擬罷斥呂公著的詔書，用字措辭正好流露他自己喜怒無常的特性。
在二人交好之日，王安石曾向皇帝說：“呂公著之才將來必為宰相。”而今他把呂公著比做了堯舜時的“四凶”。
最使曾佩服他的人與之疏遠的原因，就是在同一個月內，王安石派了兩個劣跡昭彰的小人進入御史臺，去填補他排擠出來的空缺。他之派李定為全權御史，在御史臺引起了群情激憤。李定既沒考中科舉，也沒有為官的其它必要資格。他教人知道的反倒是他隱瞞父喪不守喪禮一事。在中國人心目中，這簡直是敗德下流至於禽獸。王安石把他升到那麼崇高的地位，只是因為自鄉間來京後，他向皇帝奏明青苗貸款法極受人民歡迎，王安石把他向皇上引薦，好向皇上陳奏。這件事使御史們怒不可遏。同時，王安石又把親戚謝景溫升為御史。謝為求升發，把自己的妹妹嫁與王安石的弟弟。有三個御史反對朝廷的此一任命詔書，三個人一起丟官。其餘的御史對此事還照舊堅持。張激請求將三個御史官復原職，並罷斥王安石的心腹李定與呂惠卿。在張激到中書省去催辦此一案件時，他發現王安石心情古怪。只是聽他敘述，自己則一言不發，用扇子掩著嘴，一味大笑。
張激說：“我想你一定正笑我愚蠢。但是你要知道，全國老百姓笑你的正多著呢。”
這時另一位遭到犧牲的御史是程瀕，他是宋朝理學家“二程”之中的兄長大程。
在新政推行之初，他曾經與王安石合作。現在他也到中書省為那同一個案子向王安石爭論。王安石剛看了他的奏摺，程源看到他正在怒氣難消。這位理學大家以頗有修養的風度對他說：“老朋友，你看，我們討論的不是個人私事或家事；我們討論的是國事。難道不能平心靜氣說話嗎？”從儒家的道德修養看，王安石覺得很丟臉，很難為情。
一個月的光景，御史臺的清除異己便已告完成。連前年所罷黜的那六個御史在內，王安石清除的御史一共達到了十四人，十一名是御史臺的人，三名是皇宮中的諫官。司馬光向皇帝曾經痛陳利害。只有三個人，就是王安石、曾布、呂惠卿，贊成新政，朝廷百官無不反對他們三個人。“難道皇上就只用這三個人組織朝廷？就用這三個人治理國家嗎？”韓琦和張方平已在二月告老還鄉，司馬光對樞密使一職拒而不受，當月也遭貶降，範鎮已經大怒而去。在九月，舉棋不定的趙懷，他這位內閣大臣，一度想討好這群新貴，現在決定辭職。他也指出“青苗使者於體為小，而禁近耳目之臣用舍為大。”數月之後，年老信命毫無火氣的曾公亮，把王安石之得勢歸之於天意，以年老多病為由，在極不愉快之下，請求去職，其實多少也是受批評不過而走的。在神宗熙寧三年（一0七0），王安石正式出任相職，在整個政府中其權位凜乎不可侵犯。次年九月，歐陽修辭去朝廷一切職位，退隱林泉。
蘇東坡現在寫他那上神宗皇帝萬言書，準備罷官而去。他和司馬光、範鎮曾經並肩作戰，但是司馬光與範鎮已經在憤怒厭惡之下辭去官職。範鎮後來和蘇東坡有了親戚關係，他曾在前兩朝任職於中書剩其人雖然外貌看來肥胖鬆軟，個性之強，則不讓鋼鐵。在去職之時，他在辭呈上說：“陛下有納諫之資，大臣進拒諫之計；陛下有愛民之性，大臣用殘民之術。”在早朝之時，皇帝將此奏摺交與王安石看，王安石的臉立刻煞白。當時在附近的幾個人說曾看見王安石拿著此奏摺在手，手氣得發抖。
在熙寧三年（一0七0）九月，司馬光被派到外地陝西去做外任官。但是他留戀京都不忍去。他和王安石誠懇但有時很嚴肅認真的討論新法，書信來往凡三次之後，才與他完全決裂。皇帝原先仍希望他在朝為官，皇帝數次告訴其他大臣說，只要司馬光在身邊，他不會犯什麼大錯。皇帝再三再四召他回朝，司馬光都予謝絕。他的話早已說夠，皇帝若不肯察納忠言而中止騎此剛愎的蠻驢奔赴毀滅之途，則他的本分已荊在他決定辭去一切官職退隱林下之時，他仍然怒不可遏。他寫給皇上說：“安石以為賢則賢，以為愚則愚；以為是則是，以為非則非。淚附安石者，謂之忠良；攻難安石者，謂之讒惠。臣之才識，固安石之所愚；臣之議論，固安石之所非。今日之所言，陛下之所謂讒後也。伏望聖恩，裁處其罪。若臣罪與範鎮同，則乞依範鎮例致仕。或罪重於鎮，則或竄或誅，所不敢逃。”