英國駐華公使威妥瑪，後北洋大臣李鴻章、南洋大臣李宗羲均諮報日本興兵赴臺灣各節。
總理衙門採取如下對策，“除由臣衙門照會該國外務省切實詰問外，臣等公同悉心商酌，此時該國動兵與否，尚未明言，固未便操之過急，而事必期於有備，患當杜於方萌，應如何按約據理，相機辯阻，及如何先事籌備，……擬請欽派開望素著、熟悉洋情之大員，帶領輪船，前往臺灣生番一帶，察看情形，妥籌辦理。”
而上諭雲：“生番地方，本系中國轄境，豈容日本窺伺該處情形如何，必須詳細檢視，妥籌佈置，以期有備無患。……著派沈葆楨帶領輪船兵弁，以巡閱為名，前往臺灣生番一帶察看，不動聲色，相機籌辦。”
人家已經打上門來了，朝廷還擔心“操之過急”，不過“詰問”而已，並擬“按約據理”、“相機辯阻”，“察看情形”、“相機籌辦”，明顯措施不足。
中國官員對日軍的行動進行了有力的批駁。5月3日，福島九成在廈門會見知府李鍾霖，遞交了西鄉從道致閩浙總督李鶴年的照會。照會一心掩飾侵略，將侵犯剛簽訂《修好條規》不久的與約國，說成是稍示懲罰生番，竟然還恬不知恥地要求中國地方政府將躲藏的生番抓住交給日本兵，日本人之虛偽和狡猾可見一斑。
5月11日，閩浙總督李鶴年覆函西鄉從道，內稱：“本部堂查臺灣全地久隸我國版圖，……貴國政府並未與總理衙門商允作何辦理，徑行命將統兵前往，既與萬國公法違背，亦與同治十年所換和約內第一、第三兩條不合。……琉球島，即我屬國中山國疆土，該國世守外藩，甚為恭順，本部堂一視同仁，已嚴檄該地方官，責成生番頭人，趕緊勒限交出首兇議抵。總之臺灣在中國，應由中國自辦，毋庸貴國代謀……應請貴中將撤兵回國，以符條約而固邦交可也。”
應當說，李鶴年的回函對琉球漂民事件如何處理作了正面回答，要求日本撤兵也有理有據，但是西鄉從道接到覆函後，不僅毫無撤兵之意，反而加緊向高山族進攻。
5月11日，總理衙門照會日本外務省進行詰問。照會雲：“查臺灣一隅，僻處海島，其中生番人等，向未繩以法律，故未設立郡縣，即禮記所云不易其俗，不易其宜之意，而地土實系中國之屬。……此次忽聞貴國欲興師前往臺灣，是否的確，本王大臣未敢深信，倘貴國真有是舉，何以未據先行議及，其寄泊廈港兵船，究欲辦理何事，希即見覆，是所深盼。”
照會用語軟弱，無強烈抗議之詞，更無針鋒相對之意，對臺灣生番所置“向未繩以法律”之詞，十分不妥，授人以柄，日本正是借生番是“化外之民”出兵臺灣的。
日本外務省對照會要求立即見覆置之不理，直到9月才復照，且態度極為橫蠻。復照稱日本出兵是根據柳原前光和毛董兩大臣會談之意行事的，真是強詞奪理。
5月28日，日本派駐中國公使柳原前光抵到上海，福建布政使潘等人與柳原前光會面，進行詰問，要求退兵。
隨著事態的擴大，總理衙門也知道徒以口舌不能解決問題，準備用兵。5月29日，總署恭親王奕欣在奏摺中稱：“因思日本兵船，既赴臺灣，且有登岸情事，必須沈葆楨迅籌辦法，或諭以情理，或示以兵威，使彼無隙可乘，庶幾潛消隱患。”
不久上諭准奏，並任命沈葆楨為欽差辦理臺灣等處海防兼理各國事務大臣，福建布政使潘為幫辦。5月31日朝廷接李鶴年奏，報告了西鄉從道的照會及覆函情況。6月5日朝廷又接李鶴年奏，稱已向鳳山、澎湖、廈門調兵，並闡述了對日軍策略：“如果倭兵擾入臺灣腹地，自當督飭鎮道鼓勵兵團，合力堵剿。若僅以戕殺琉球難民為名，與生番復仇，惟當按約理論，不遽聲罪致討以免釁開自我。”
實際上，這也是朝廷的政策。這種政策不當之處在於，一是將臺灣和生番分論，二是將日軍攻打生番和攻擊臺灣腹地分開，並採取差別很大的對策，這就給人造成日本攻擊臺灣生番並不是侵略中國的印象，不利於中國依據國際法對日鬥爭使得以後對日談判處於被動境地。
這種政策也顯示出清政府恐懼戰爭的心理。當然清政府也不是束手坐待，開始購船買炮，並請洋教習教授，準備接戰6月9日朝廷再接李鶴年奏，報告日軍與生番接仗及派人前赴臺灣與西鄉從道按約理論的情況。
上諭雲：“生番既居中國土地，即當一視同仁，不得謂化外遊民，恝置不顧，任其慘遭荼毒。”
6月中旬，沈葆楨和潘到達臺灣。一方面同西鄉從道交涉，要求