而當滇南、滇東回民起義軍由於馬德新、馬如龍等人的妥協遭受挫折的時候，滇西回民起義軍卻在首領杜文秀的領導下，不斷地發展壯大。
杜文秀（1828—1872）字雲煥，號百香，雲南永昌府保山縣金雞村人，回族。
1845年（道光二十五年），永昌府漢族地主團練組織“香把會”，在官府的支援和縱容下，大肆殘殺回民。杜文秀以家屬被殺，未婚妻被擄，於1847年上京控訴，但冤仇終不能伸。
失望之餘，他逐漸認清了朝廷的真實面目，激發起反抗朝廷和地方官府壓迫的想法。回到雲南之後，便在雲州（今雲縣）、蒙化等地暗中組織回民，醞釀大規模武裝起義。
1856年8月，杜文秀乘雲南提督文祥率兵離大理赴楚雄的有利時機，在蒙化率眾發起武裝起義。
9月7日杜萬榮、藍金喜在大理府城揭杆起義，杜文秀聞訊，立即率手下回民為主的起義軍前往大理，與當地回民會合大敗清軍，斃迤西道林廷禧、太和（今大理）知縣毛玉成等。9月16日大理知府唐惇培敗逃賓川（今賓川南），回民起義軍勝利佔領大理城。
奪據大理的勝利，使一部分起義軍首領昏昏然，他們不去組織力量防禦清軍的進攻，卻自恃有功爭權奪利。有的起義軍首領抱有傳統的民族偏見，任令部眾搶掠漢人，引起大理群眾十分不滿。
這時，杜文秀挺身而出，組織指揮部眾擊退了鶴麗鎮千總張正泰對大理的進攻，並且明確提出：“欲做大事，必須收拾人心，不宜專尚威力。且漢眾回寡，尤須重用漢人。”
杜文秀在正確是時候提出了正確的主張，得到起義軍上下的贊同。由於他“精力強壯，忠直廉潔，素為眾人所敬仰”，遂被推舉為總統兵馬大元帥。
10月23日，滇西回民起義軍齊集大理校軍場築壇拜帥。杜文秀以原提督署為大元帥府，組織大理武裝起義政權。授蔡法春為揚威大都督，總各路軍事，其他文武官員也各有職稱。宣佈“遙奉太平天國南京之召號，反對滿清統治”，並通令“改正朔，蓄全發，易衣冠”，以示推翻滿請朝廷的決心。
為了鞏固新生政權，杜文秀領導下的大理政權制定各種法律法令，實行了一系列有利於發展反清事業的方針政策。
第一，對各族百姓一視同仁，平等對待，改善民族關係。還在起義之初，杜文秀就提出了“重用漢人”的正確主張，大理政權建立以後，即實行“不分漢回，一體保護”的方針，對其他民族百姓，也採取同樣的政策。
杜文秀制定的《管理軍政條例》規定：“族分三教，各有根本，各行其是。既同營幹事，均宜一視同仁，不準互相凌虐。”
這種“無分漢回夷，一以公平處之”的民族政策，改善了大理政權控制地區各民族之間的關係，得到了他們的擁護和歡迎。
第二，減輕百姓負擔，努力發展生產。大理政權規定廢除丁銀（人口稅）和其它苛捐雜稅，田賦只徵糧米；“地方稅課，舊有例者，方準抽收。不得私加名目，妄自徵收”，以減輕百姓負擔。
同時，大力發展生產。農業方面，發放耕牛、農具，招民墾荒，獎勵農耕。對工商業，採取保護和促進的政策，嚴禁文武官員“以官壓市，輕價估買”，積極發展紡織、採礦、製鹽等工業生產。
隨著生產的發展，不但百姓生活有了一定程度的改善，而且使起義軍有充足的軍餉，保證了反清鬥爭的繼續進行。
第三，制定軍事制度，嚴格組織紀律。起義初期凡屬回民青壯年都要當兵。大理政權建立後，規定回族三丁抽一，五丁抽二；對漢族和其他民族，則分派一定的數額，由其各自出兵。
一切軍機事宜，須集體商酌，最後由元帥裁決。遇有大的軍事行動，派出統帶官作為元帥代表統率部隊，帶兵官不論何職，都要服從統帶官的指揮。起義軍中有嚴格的軍紀和賞罰制度，鼓勵將士服從命令，英勇作戰。
杜文秀還特別強調群眾紀律，規定起義軍不得“無故下鄉，滋擾良民”，或“故意縱放牲畜，踐踏田禾”，嚴禁“毀拆廟宇，擾害民房”，不準“強買估賣”等等。以上規定和軍紀，保證了起義軍的兵源，統一了帥府的軍事指揮，取得了當地百姓的信任和支援，提高了起義軍的戰鬥力。
第659章不容樂觀
杜文秀這廝，確實是個人才！
這是吳可瞭解了雲南之前的變故後，心中湧起的奇妙想法。
當時他還在淮北坐鎮，四處絞殺流寇開墾荒地，