舊案重翻，禮部右侍郎郭正域，主張公開進行勘問。然而，沈一貫以“親王不當勘，但宜體訪（進行調查）”，加以反對。郭氏認為，事關宗室真偽，不透過直接訊問，怎麼能秉公作出決斷？依舊堅持己意。朱華奎知道這件事後，馬上給郭正域送來黃金百兩，表示只要不公開查問，他將繼續送上白銀萬兩，但被郭氏拒絕了。
案件發到湖廣，由巡撫和巡按御史會同勘問，對王府有關員役70多名且加以刑訊，都未獲得能夠證明華奎不是恭王所生的證據。只有朱華越的妻子、即王如言的女兒，依舊一口咬定朱華奎是“偽王”。
地方把勘問結果申報入朝，皇帝命各部院大臣，會同有關官員37人，進行覆查。他們在西闕門集會合議，各抒己見，書面送交禮部。郭正域主張把不同意見全部上奏，但禮部左侍郎、署尚書事的李廷機，堅持“先撮其要以上”。沈一貫抓住這個空子，唆使巡城御史康丕揚，疏劾“禮部壅閼群議，不以實聞”。郭正域稍後也揭發了沈氏接受楚王重賄、“匿疏阻勘”的行為。
沈一貫恨透了郭正域。朱華奎接著上疏說，郭氏乃湖廣人，和他有仇怨。華越進京，就住在其兄國子監丞郭正位家中，正位為之出謀劃策。在沈一貫指使下，給事中錢夢皋劾奏郭氏“陷害宗藩”，另一給事中楊應文則誣陷郭氏之父曾被楚恭王笞責，所以挾嫌報復。郭正域上疏辯解，皇帝沒有理會，因而憤然提出辭官。
皇帝最後認為，華越夫婦“夫訐妻譖，不足憑據”，因而把他降為庶人，禁錮於鳳陽；附和他的宗人朱蘊鍅等多人，或罰減俸祿，或革爵幽禁；王府兩名儀賓則永遠戍邊充軍。具有複雜內涵的“偽楚王”案，才宣告收場。
朱華越等受處理的上一個月，即萬曆三十一年十一月，北京城內，四處流傳著全文300餘言的傳單，題名《續憂危弦議》。文內虛構鄭福成與人問答。大意是皇帝立太子朱常洛（按即日後的明光宗），出於不得已。將來一定會另立太子，這從拜朱賡為大學士一事便可看出。賡者，更也。就是暗示太子定要更換的意思。更有人牽強附會，指稱“鄭福成”乃暗示：最受寵的鄭貴妃所生的福王常洵，一定會成為太子。這份傳單，當時被稱為“妖書”。
“妖書”到處散發，朱賡的寓所中也收到一份。朱氏看後不敢隱瞞，馬上進宮面奏皇帝。
明神宗看過傳單，勃然大怒。當即命東廠和錦衣衛“大索奸人”。沈一貫因“偽楚王案”和郭正域結怨，又和另一大學士沈鯉不和，想乘此機會排擠沈鯉，置辭官尚未獲準的郭正域於死地，從而密奏皇帝，“妖書”是一兩個大臣的陰謀，必須嚴於追查。在他主持下，定出揭發主謀者給銀5千兩、授任指揮僉事的賞格。一時密探四出，京城的氣氛驟然緊張起來了！
錦衣衛都督周嘉慶，被同僚王之禎等指為“妖書”作者。康丕揚看出沈一貫的心意，上疏硬指“妖書”和“偽楚王”兩案同源，暗示和郭正域弟兄有關。誰知弄巧成拙，引起皇帝惱怒，斥責他“庇反賊”。還是得沈一貫竭力解救，才沒有被罷官、充軍。
康丕揚為了表現自己，接著派人逮捕了常到大臣家湊趣的和尚達觀，到郭家看過病的醫生沈令譽和琴士鍾澄，府同知胡化也上書控告儒學訓導阮明卿“造作妖書”；廠衛則捉到嫌疑犯毛尚文（郭正域家僕）。史載：“數日間，鋃鐺旁午，都城人人自危！”
錢夢皋秉承沈一貫意旨，繼續上書攻擊沈鯉和郭正域，要求“窮治根本，定正域‘亂楚’首惡之罪，罷斥沈鯉。”皇帝據此，命郭氏“回籍聽勘”，也傳旨嚴訊捕置獄中的諸人。
萬曆中期朝政的齷齪由此暴露無遺，刑部尚書蕭大亨為沈一貫私黨，審案時刑逼受審者供認系受郭正域指使，達觀和尚當場致死，沈令譽等在酷刑下，同樣沒有亂供。作為原告的胡化，也被威逼、要他攀扯沈鯉和郭正域。胡化情急大叫，承認自己和阮明卿有仇，因而誣告對方寫妖書，並未受人指使。錦衣衛都督陳汝忠審訊毛尚文，還派兵到楊村包圍郭正域乘坐南歸的海船，拘捕了僕婢和代抄檔案的“傭書者”多人，但沒有逼出有用的口供。被捕諸人中，只有周嘉慶毫無形跡，釋放後革職回裡。而他的舅父、禮部尚書李戴，已因此被勒令辭官了。
皇太子在東宮，聽到他過去的老師郭正域受羅織，數次對近侍表示，“奈何欲殺我好講官”？訊息外傳後，陰謀加害郭氏的人，才有所收斂。
“妖書”是何人所為，始終不明不白。
“妖書”案結束不久，楚王朱華奎以“助工”為名，向皇帝敬獻萬金。