沈葆楨和朱光第為首，他們的意見是，日本是日本人的日本，中國派兵征伐，也只是為管束該國，最終達成使日本徹底投降，兩國簽署和平檔案之後，大清計程車兵還是要逐漸退出該國的。所以，還是要以懷仁之心對待日本的國民百姓。
另外一種則是閻敬銘所持的不同意見，他認為，即便最終戰勝了日本，也絕對不能就此將士兵撤回國之後，就任由該國自行發展，相反的，他提出一項主張，即仿效朝鮮、越南、緬甸、琉球各地屬國的前例，將日本置於中國的羈縈之下，更要派遣讀書人登島，教化日本百姓以心向王道之學，免得日後再出現例如西鄉從道這樣的軍中狂人！憑空為大清增添無數的變數。
皇帝在心中自然是很喜歡閻敬銘的意見，但做皇帝久了，他很清楚的知道，有些事是能做能說；有些事是隻能做不能說；有些是不能做只能說的。而在他的內心深處，認為閻敬銘的話雖然和自己的思路一致，卻並不圓滿。
不提教化日本百姓是一個多麼久遠而費力的工程，恐怕到自己有生之年，都未必能夠堅持到這樣大事最終收功的那一天，所以在他內心所圖謀的，更有點傾向於後世那個冷酷的小鬍子的做法！但這樣的話，和他多年來德惠世人，愛民如子的一貫言論不符，所以一直隱忍不發。
另外一個原因是，殺太多的人，尤其是太多的百姓，也實在是心中所不忍，故此，他想到了一個看起來很荒唐的主意：把戰爭之後的日本國民中的半數全部遷移進中國來！剩餘的不足之數，讓中國人過海遷居，到日本生活去！
這樣的辦法好處有二，首先是超過一半的日本人被打散居住在中國各省，身邊左右到處都是中國人，他們還能鬧出什麼花樣？第二，更多的中國人到日本居住，再配以閻敬銘倡議的，把日本的外交、軍事全部置於大清的管轄範圍之內，就可以確保從根本上杜絕了日本人在百年內崛起的可能。對於中國的長遠利益考慮，實在是�