船上，升帆起錨，揚長而去，這樣的案子，自然是一千年也破不了的。數月之下，江南百姓對水師的印象大壞。
第二便是令出多門，船上從屬不清。有鑑於此，江南水陸提督李朝斌上了一份奏摺，認為應該加以整改，首先就是要剔除船主之職，船上一切大權，盡歸管帶一人掌理；第二，加強訓練，每月初三、十八兩次帶船出吳淞口，演練操船、放炮。
皇帝立刻詔準，並招軍機處共議。曾國藩這時候已經內調，側身軍機處，他是皇帝最寵信的大臣，問到他的頭上，曾國藩說道，“臣想，船主、管帶事權不一，是江南水師痼疾之一。早已經到了該認真整治之時。但臣想，水師軍紀大壞，原因就在於管理荒疏，朝廷只是派餉派糧，卻從無問責之由。艦船靠岸，水手、兵士立刻如鳥獸散，在岸上胡作非為，當地司法衙門，管束無能。因此，還要加上一條，取消禮拜，無故不準上岸。讓士兵以船為家，有特殊情況，向管帶報請，批准之後，方准予放行。”
皇帝楞了一下，“這樣的條例，朕記得在咸豐十二年，朕在熱河起草北洋海軍章程的時候已經逐一列明瞭嘛？怎麼……”轉瞬之間，他就明白了，“這麼說來，北洋海軍章程，只適用於北洋，南地水師，並未遵從了？”
“總是臣奉職無狀，請皇上恕罪。”
“算了。這也是朕的疏忽。既然說明是北洋章程，也難怪別人以為，這是隻適用於一地、一軍的規程了。”皇帝的語氣中有說不出的譏笑之意，“那，就照曾國藩所奏的擬旨吧。另外，在旨意中再加上一句，北洋章程，適用於全國各省水面部隊所用。以前還可以裝裝糊塗，日後，若是再有人以此為口實，不尊法度，朝廷就要認真整肅了。”
曾國藩臉一紅，“是。臣都記下了。”
“還有，廷寄官文，讓他把水手、兵士選拔送學一事認真的負起責任來，別整天就想著找人家的錯處。”
曾國藩離任之後，兩江總督的差事交給湖廣總督官文來做。這是個庸人，既沒有曾國藩的狠辣作風，也沒有李鴻章、何桂清等人的才學，而最最討厭的是，官文不通西學，心中很瞧不起往來兩江地面、官場上的洋人僱員，久而久之，中外雙方經常發生口角，官文偏聽偏向，板子總是打在洋人身上，弄得洋人對這樣一個上官又是厭惡，又是憎恨。
官文自己也非常苦惱，兩江總督，國之雄藩，位高權重，非皇帝極親密的近人不點，他能夠做到這樣的高位，心滿意足之外，總想著做出一番政績來，上報君恩——他沒有狂妄到認為能夠如曾國藩一般，在總督任上做今年，為皇帝內招重用，只想著終老任上，就不枉此生了。正好，有了一個機會，便是海軍學院招生一事。
謄黃貼出，給百姓知道，朝廷有意招募能識得文字，又願意從身軍武的年輕人報名入學，接受各國教習教導，學習海戰之法。但貼出數日之久，根本沒有人搭理，一則江南之地素稱富庶，百姓不缺這幾兩銀子的花用；第二，接受洋人的教導？最後的結果，豈不是像省城內那些跟在洋教士的身後，成天唸誦一些任誰也聽不懂的鬼話，不敬祖宗，不事稼穡的悖逆之子一樣了嗎？不去，不去再一個緣由，便是百姓眾口相傳的，好男不當兵，好鐵不打釘的古訓。
最後弄得官文煩了，徑直派人，從兩江所屬的各地水師之中抓人，也不管識不識得字，先把人抓來再說。一時間弄得民怨大起，百姓有惶惶不可終日之苦。皇帝在京中也知道了，卻無心勸阻，事情總要邁出第一步，接下去的事情，就比較容易辦了。
於是，從江南選中了一百六十五名水上漢子，給綠營兵士押解著，送抵山東。本來，入學先要進行考試，但為了怕有人故意漏考、瞎考，便是連這一關也免了，讓這些人徑直入學，怕他們聽不懂西洋語言，又在課堂上專門配備了翻譯，才算強行將此事推行了下去。
水師之中挑選出來的漢子，平日裡粗野慣了，在課堂上、放學後也不知道惹出多少禍事，比之正式經考試入學的二十九名生員，讓人頭疼之極。
不過，這些人有一個極大的好處，是另外二十九人不能比擬的，他們都是常年生活是水上，於這種操舟之法，熟稔無比，一旦靜下心來，踏實的接受洋教習的傳授知識、理論學習，在課業上的進步，居然是出乎所有人的想象之外的，連教課的外國教習，也頻頻咂舌不止。
而這些人的學業比之那些生員也要快速得多，用時一年零三個月的時間，就從學院畢業了。朝廷為了表彰，更加為了招攬更多的人主動入學，所有一百六十五人，加以正四品