明確各得其所。皇帝是國家元首，宰相是政府首腦。宰相所處為府（相府），機構為曹；皇帝所處為宮（皇宮），機構為尚，分別叫尚衣、尚食、尚冠、尚席、尚浴、尚書。很清楚，六尚基本上都是管生活的，與相府之十三曹並不矛盾。
漢武帝卻把這個制度破壞了。一方面，他從朝中選調能員擔任尚書處理政務；另一方面，任命大司馬主持工作參與密謀（西漢叫“領尚書事”，東漢叫“錄尚書事”）。結果自然是大司馬和尚書的意見變成國策，尚書也由秘書班子變成決策班子，相府反倒由決策機構變成了執行機構。
一國兩府由此誕生，尚書的地位也從此改變。
不過，由大司馬領導主持“尚書事”並不正規，領錄尚書事也不是官銜，以人事代制度更非長遠之計。於是，東漢光武帝劉秀便乾脆建立尚書檯，也叫臺閣。從此，尚書不再是宮廷秘書或臨時事務，而是正式的國家機關。
尚書事（事務）變成尚書檯（機構）以後，一國兩府就成了制度。但，一個國家，兩個政府，可怎麼辦公呢？也很簡單：宰相保留官職，政務交給臺閣。換句話說，三公的相府徒有其名形同虛設，尚書的臺閣才是真正的樞機。
因此，到曹魏黃初三年（222），尚書檯便移出宮外，正兒八經地成為了中央政府。到西晉或劉宋，它又變成了尚書省。尚書檯為什麼能改名為尚書省？因為臺和閣都是皇家建築，只不過臺在禁省之內，閣在宮城之中，所以臺閣又叫臺省。改臺為省，不過是換了稱呼而已。
中書省的來歷也差不多。
漢武帝讓尚書越權去管朝政，原來由尚書所做收發保管檔案的工作，只好派給別人，這就是中書。但是，領導主持“尚書事”的大司馬成為實際上的宰相之後，權傾朝野，炙手可熱，皇帝又受不了。因此，漢宣帝劉詢便效法他曾祖父武帝的辦法，用中書去取代尚書，把大司馬架空。
這當然是擔任大司馬的外戚不能接受的。所以到成帝建始四年（前29），他們又把權力奪回尚書檯。到曹魏時期，由於尚書檯移到宮外，宮內不能沒有秘書處，身邊不能沒有自己人，魏文帝曹丕便將秘書令改稱為中書令，把官署設在宮中，叫“中書監”，晉以後叫“中書省”。
結果怎麼樣呢？
一如前例。宮禁之中的中書省，逐漸取代宮禁之外的尚書省成為決策機關，時人謂之“鳳凰池”。一個官員，如果由中書令變成尚書令，是要被視為明升暗降的。
中書省成了事實上的宰相府，當然又不行，門下省便冒了出來。門下省的前身是侍中寺，曾與東寺和西寺合稱“禁中三寺”，東漢末年改稱侍中省，曹魏時與散騎省併為“禁中二省”。到東晉哀帝時二省合併，就是“門下省”。
門下省的本職工作，主要是負責皇帝的日常事務。但因設在內廷，近在帝側，萬機之事，無不預聞，又成為新的政府替代者。北朝的門下省長官，更是成為實際的宰相。
這就是三省的來歷，重要性則沒有一定之規，全憑皇帝高興。不過，大體上是東漢重尚書，南朝重中書，北朝重門下。到隋唐則三省並重，一起成為中央政府。稱謂也沿襲漢代尚書檯舊例，稱為臺閣或臺省。唐高宗時，又把尚書省叫中臺，門下省叫東臺，中書省叫西臺。
當然，這時的門下省，早已移到宮外。
移出宮外的三省三足鼎立。中書和門下面對面，門下省在東，中書省在西，合稱兩省或北省。尚書省則位於承天門大街，在中書門下之南，又稱南省或南宮。
三省當中，尚書省的級別最高，長官尚書令正二品，副長官左右僕射（讀如夜）從二品。這當然因為尚書省出道最早又管事最多，直到隋代仍然是總攬一切的機關，高熲和楊素便是以左右僕射的身份成為隋的宰相。
尚書省的規模也最大，下轄六部二十四司。其中，吏部管官員，相當於組織部或人事部；戶部管度支，相當於財政部兼民政部和商務部；禮部管祭祀和教育，相當於文化部兼教育部再加精神文明建設辦公室；兵部管軍政，相當於國防部；刑部管刑律，相當於公安部和司法部；工部管營造，相當於建設部兼交通部、農業部、水利部。
六部的長官都叫尚書，正三品。副長官都叫侍郎，正四品（吏部侍郎正四品上）。每個部下面還有四個司，司官都叫郎中，從五品上；副司官都叫員外郎，從六品上；其下為主事，從九品上。六部二十四司，每部第一司即為本司，比如吏部第一司為吏部司，戶部第一司為戶部司，等等。
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