4000餘人，都退守在2線的工事中嚴陣以待。12日清晨，憑著錯誤判斷，以為薩摩軍隨著要塞失守已經逃散的政府軍，在本就不多的兵力中又加以拆分。“清輝”的80名陸戰隊受命向大阪城區的原政府軍修建的炮堡挺進，因為那裡是一個重要的制高點。結果突然遭到薩摩軍隊阻擊，看見戰況越趨激烈，剩餘的“扶桑”登陸隊在加藤中佐的指揮下也投入戰鬥，最後令政府軍人驚恐的事情出現了。周圍的薩摩軍隊越聚越多。“四面有200到300人包圍我們”，因為兵力實在過少，政府軍被迫放棄攻佔炮堡的企圖，開始撤退。山根少尉率領40人牽制住數百薩摩軍隊，最終政府軍以陣亡12人、受傷41人的代價，脫離了戰鬥。於當晚節節撤回軍艦上。大阪港的薩摩守軍兩日戰鬥傷亡近百人，政府軍想要佔領的大阪城郊的制高點炮堡，則在炮臺失守後，經林逸青下令自行炸燬。
對政府軍而言，初試海上鋒芒的大阪之戰並沒有實現預定的目標，然而這才僅僅是開場序曲。
在得悉政府軍海軍大舉出動攻擊之後，林逸青很快便明白了政府軍的企圖封鎖大阪港，此時京都方向筱原國幹所部正遭遇到大山岩所統帥的2萬政府軍的攻擊，雙方多日激戰，戰事呈膠著狀態，而在大阪側後方的政府軍一開始攻勢凌厲，前來支援大阪守將野村忍介的池上四郎率軍發起反擊，想要一舉將登陸的政府軍趕下海，但未能成功，反而在政府軍的猛烈炮擊下潰退，西鄉隆盛得知訊息後，大為不安，親至前線檢視，並抽調盟軍宮崎八郎所部來援，才穩住了薩摩軍的陣腳。
為了詳細瞭解戰況，林逸青親自至前線觀察，甚至不惜深入到敵人的陣線當中，在觀察完畢之後，林逸青請西鄉隆盛召集海陸軍諸將，召開軍事會議，制定方略，準備海陸兩方面一齊出擊，打敗敵軍。
而就在6月11日夜，政府軍海軍�