和種田的農民都沒能逃脫剿殺。乾隆命令將軍到伊犁時，“將彼處喇嘛等剿辦”。乾隆二十三年（1758年）八月初四，史書記載清軍把在烏梁海種地的五十餘戶蒙古農民“全行剿殺”。
直至第二年，乾隆二十三年，厄魯特部餘眾都逃入了山谷叢林中，乾隆還命人搜捕，以求斬盡殺絕。《嘯亭雜錄》載，清軍將領二人分別從博羅布林、賽裡木兩地，如同打獵一般，由兩地向中間的伊犁地區合圍，這中間數百里地方，不管是山谷還是林區，只要有人住的地方，“悉搜剔無遺”。當時散居的厄魯特蒙古人無法抵抗，“雖一部有數十百戶，莫敢抗者”。清軍“呼其壯丁出，以次斬戮，寂無一聲，駢首就死，婦孺悉驅入內地賞軍，多死於途，於是厄魯特之種類盡矣”。（《嘯亭雜錄》）
除了像打獵一樣屠殺散居的蒙古人之外，清軍進行的另一項重要軍事活動，就是把大舉投降的準噶爾蒙古部落一批批移送到內地，然後再“辦理”。
在清軍第三次平準戰爭中，大部分窮困的準噶爾蒙古人仍然把清軍當作把自己從戰亂中解救出來的“恩人”，見到清軍到來，“婦孺歡呼，如出水火”。更有許多蒙古人聽說清軍到了，成群結隊地，一個部落一個部落地趕赴清軍所在地，向他們歸順投降。對於這些人如何處理，心思縝密的乾隆早有指示。早在第三次平準出發之時，他就指示清軍將領，在地廣人稀之處，見到蒙古人，當時就可殺掉。但是如果遇到大批人戶來投降，不要立刻剿殺，因為人數太多，一時殺不過來，“難保無一二逃竄之人，洩漏其事”，令其他部落的人聞訊逃跑。所以他命令，把那些大批投降的蒙古人，要一批批地押送到甘肅內地之後，再全部處死。
乾隆指示的原文是這樣說的：“大兵此次進剿，厄魯特蒙古人必然會大批投誠。如有到巴里坤投降者，可以把他們的頭目先行送到京師，其他部眾，可向內地遷移，等到過了巴里坤之後，對那些男人，都盡行剿戮。所餘的妻子，酌量分別賞給官兵為奴，不得稍存姑息。”（《清高宗實錄》乾隆二十二年二月）
清軍攻克伊犁之後，乾隆再次下旨說：“現在，兩路大軍接納的投降蒙古人甚多。他們外表歸順，內心未可全信。可將他們先遷至巴里坤，然後再遷到肅州，然後進行誅戮。”
數萬名投降了清軍的蒙古人就這樣被長途驅趕到內地，在一些不知名的山谷裡，被全部殺掉。
二 “盛世”的武功（2）
大屠殺的結果是蒙古民族一個重要支系的消失。準噶爾四部，除杜爾伯特部汗策凌始終未叛，對清朝極表忠誠，得以耕牧如常，以及達什達瓦之妻一小部早降後被遷至他地未滅外，幾乎全部被殺掉。《草原帝國》稱：“準噶爾人民，主要是綽羅斯部民和輝特部民幾乎全部被根除。”據清軍將領明瑞奏稱，經過他們屠殺之後，自巴爾呼特嶺到造哈嶺、直到納林廓勒，烏蘭烏蘇這些地方，已經“不見一人”。
俄羅斯西伯利亞當局則向彼得堡報告說：有一個部落“幾千頂帳幕，只剩下三頂”。
這次種族大屠殺的死亡數字，歷史上無準確記載。《準噶爾滅亡紀略》中說，屠殺了超過一百萬。魏源《聖武記》說，計準部數十萬戶，“先痘死者十之四”，即因傳染病死者十分之四，“繼竄入俄羅斯、哈薩克者十之二”，最後“殲於大兵者十之三”。除了婦女、小孩被掠走當了奴隸之外，準噶爾蒙古所剩無幾，作為一個大部落已經不復存在。“數千裡間無一瓦剌帳篷”。
噶班沙拉勃在《四衛拉特史》中這樣記載屠殺過後的場面：“準噶爾地區幾經兵火，殘破不堪。耕地、牧場荒廢，城鎮、村莊被毀，人口更是急驟減少。”很多年以後，龔自珍途經準噶爾，看見“準噶爾故壤，故庫爾喀喇烏蘇，若塔爾巴噶臺，若巴爾庫勒，若烏魯木齊，若伊犁東路西路，無一廬一帳，是阿魯臺（即額魯特，指準噶爾——筆者注）故種者。”（龔自珍《上鎮守吐魯番領隊大臣寶公書》）
為了填補準部留下的土地，乾隆從各地遷移人口。其中有吉爾吉斯人、哈薩克人，有蒙古部落的喀爾喀人、察哈爾人，有穆斯林東干人，甚至還有來自滿洲的錫伯人和高麗人。十多年之後，土爾扈特部落迴歸中國，也被安置在這片由於自己的兄弟部落被滅絕而空出來的土地上。
乾隆在國家安全問題上，採取過許多或高明、或精明、或陰鷙的手腕。
有清一代，喇嘛教是國教，但乾隆並不信黃教。他在評論活佛轉世時說：“蒙古呼圖克圖活佛轉世，其實是一種取巧方便的辦法……佛本無生