死，哪有轉世？但是不允許轉世，那麼數萬番僧就無所皈依，所以不得不如此罷了。”（《御製喇嘛說》）
從這段諭旨看，乾隆對喇嘛教是不屑一顧的。但是，終乾隆一朝，皇帝對黃教領袖，一直極盡尊崇之能事。他把父親的故府雍和宮改成喇嘛廟，以示對喇嘛教的尊崇。他對達賴和班禪提高了禮遇規格。為了迎接班禪遠來，他專門在承德為班禪修建了一座規模宏大的廟宇——普陀宗乘之廟。這座廟耗資巨大，僅為其中的一座殿宇頂部鍍金，就花去黃金一萬五千多兩。他親派皇六子遠赴內蒙古迎接，在承德的接待更是不計成本，優隆備至。
之所以如此，是因為乾隆很清楚喇嘛教對安定西藏和蒙古的作用。他多次說過“興黃教，所以安蒙古”，“敬一人而千萬悅”。他高屋建瓴，進一步樹立達賴喇嘛的權威，由此擁有了確認轉世活佛和任命高階教長的權力，從而牢牢地把西藏社會控制在自己手中。
但是，對於伊斯蘭教，乾隆採取了完全不同的做法。他深知這一宗教的進取性，因此在回教地區大力推行政教分離，不允許宗教領袖取得世俗權力。他知道，伊斯蘭教一旦實現政教合一，必然爆發強大的擴張力量，給帝國安全帶來巨大威脅。平定新疆之後，他大力扶植伊斯蘭世界世俗貴族伯克的力量，禁止阿訇干涉政治，高明地抑制了伊斯蘭教的活力。他還十分高明地將東干穆斯林從中國西北部遷入新疆，利用他們對抗突厥語族的穆斯林，從而實現以回制回，成功地獲得了新疆的穩定。即使以現代政治家的標準來衡量，乾隆對邊疆問題的處理也是十分高明的。
乾隆的性格中並不缺乏善良、溫和的一面，但他的本質畢竟是政治動物。對準噶爾蒙古人的屠殺，固然有洩憤的因素，更主要的卻是出於長遠考慮。乾隆喜歡做一勞永逸、斬草除根的事。他認為他有這個能力，也有這個責任，為後世子孫消除所有威脅。
種族滅絕，在他看來無疑是消除西部邊疆威脅的最徹底、最有效的辦法。為了大清王朝萬世永固這個最終目標，他可以做出任何決定，也可以把自己變成一頭野獸。確實，透過滅絕政策，乾隆皇帝實現了對西部中國前所未有的牢固控制。
對於整個中華民族來說，這是幾千年來中國努力控制西域的一個完美結果。從漢代張騫通西域開始，天山南北以及巴爾喀什湖一帶就是中原王朝一直努力經營的目標。漢、唐、元這三個強大帝國都實現了對西域的管轄，在這個地方設定過都護府，但是由於距離遙遠，風土不同，中央政權一直很難在這裡建立直接、持久、穩定的管轄，因此，西域一直是中華帝國版圖中最不穩定的部分，與內地的聯絡時斷時續，對內地的臣屬也時叛時服。直到乾隆消滅了這片草原上最強悍的民族，把這片土地命名為新疆，中央政府才真正在這裡建立了徹底、有力的統治。這一統治建立得相當牢固，在此之後的晚清時期，雖然列國對清朝瓜分蠶食，但新疆一直沒有再次分裂出去。
中國的武功，自成吉思汗以來，還沒有誰如此一舉蕩平二萬餘里，深入不毛之地。元代之後，中國的疆域，從來沒有如此巨大，國家的統一，從來沒有如此鞏固。朝野上下，一致讚歎“國家如天之福”。文人學士紛紛進表上賦，歡呼慶祝。紀昀撰寫了《平定準噶爾賦》，稱“三十六國，鹹遵正朔，浩乎大哉，此王道之極盛，而三五之遐躅也”。趙翼在《平定回部鐃歌》則唱道：“一統車書大覆函，持盈睿慮倍寅嚴；從知兵甲全消日，文德逾敷萬國鹹。”後世史家也高度評價這一戰爭。王先謙說：“高宗皇帝……成兩朝未竟之志，準回平而北無漢世匈奴之患，金川定而西無唐代吐蕃之擾，保世恢基，其極於無外。”（王先謙《虛受堂文集》卷二，《東華錄序》）
除了驅敵拓土之外，平定新疆的另一個意義是它標誌著乾隆盛世達到了“全盛”。中國歷史上這最後一個盛世，人們通常稱為“康乾盛世”。事實上，康熙和雍正的統治還稱不上完美。直到新疆戰爭之後，清王朝在各個方面都實現了對歷史的超越，進入無可挑剔的“全盛”。
平定準噶爾戰爭之後，“盛世”“全盛”等詞彙開始越來越頻繁地出現在清朝臣民口中。人們不約而同地把這場戰爭與“全盛”聯絡在一起。乾隆二十四年（1759年），戶部右侍郎于敏中賦詩稱頌乾隆皇帝統一新疆的功績說：“覲光揚烈，繼祖宗未經之宏規；轢古凌今，覲史冊罕逢之盛世”。（《素餘堂集》卷二四）意思明確地說，新疆戰爭使乾隆超越了祖宗。乾隆自己也宣稱，“比年以來西域大奏膚功，國家勢當全盛”，（王先謙《東華錄》）“