反映，要求擴大機構增強軍情五處的作戰能力。經過一番努力，凱爾終於得到了擴充軍情五處的許可。第二次世界大戰爆發前的十八個月，軍情五處獲得了歷史上發展最快的機遇，迅速發展壯大起來。
第五章 二戰成了軍情五處發展的契機
隨著第二次世界大戰的臨近，軍情五處規模擴大了好幾倍。儘管如此，到了1939年9月二戰全面爆發後，它還是顯得捉襟見肘，力不從心，不能有效地應付歐洲戰場的複雜局面。在戰爭的最初階段，軍情五處的活動往往只能是處於被動應付的局面。這種局面直到1941年其機構改組後才有所改變。
隨著軍情五處迅速擴大，辦公的地方越來越緊張。於是，凱爾只好把一部分機構搬遷到沃爾姆伍德叢林中的一座監獄中辦公。當時他還準備建立一座特別監獄，把屬於軍情五處的犯人單獨關押。這樣既解決了民政當局不能提供這種住所的困難，又可以讓這些犯人與外界隔絕。他任命前特別處的軍官斯廷森去找這樣一個合適的拘留中心，最後，他選中了里士滿附近的哈姆康芒的拉齊米爾大樓，那裡成了軍情五處的臨時特別監獄。
在整個二戰期間，軍情五處有相當多的內部機動人數，許多英國婦女加入到了英國情報機構。那些婦女一般是先到登記科工作一段時間，在那裡填寫表格和進行歸檔工作，然後逐步升到秘書的職位，少數婦女成為軍事情報官員。
隨著戰爭的繼續，軍情五處所承擔的任務的性質也發生了變化。起初，它致力於英倫三島和英國內部的保安工作。後來，則是派人員與在海外戰場組建的許多特別行動小組一起執行任務。到戰爭結束時，其工作重點又轉移到了戰略欺騙、派遣間諜和肅清殘敵，而在內部又作出了進一步改組。
1940年5月10日，溫斯頓·丘吉爾被任命為英國首相，軍情五處被排在新首相的改革計劃之內。這一天，德國開始進攻法國、比利時和荷蘭，英國內閣會議就在這種背景下召開了。
會後，首相丘吉爾莫名其妙地解除了凱爾軍事情報總局五局局長的職務。第二天，在丘吉爾晉見國王前幾個小時，三軍參謀長成立了英國本土防務指揮部。同時，英國內閣準備建立一個特別小組監督軍情五處的工作。
丘吉爾上臺之初，軍情五處的日子並不好過，比如1939年10月4日德軍對斯卡帕弗洛進攻，擊沉了英國海軍“皇家橡樹”號軍艦，造成843名水兵喪生。其實，這是海軍當地的預防水下攻擊的措施不得力造成的，與軍情五處沒有什麼關係，但丘吉爾卻認為是軍情五處的罪過；還有1940年1月的皇家彈藥庫爆炸案事件，丘吉爾也將責任歸咎在軍情五處的頭上。就是這兩件本來與軍情五處毫無關係的事，使凱爾被撤職了。這不僅讓凱爾本人感到驚愕，也使整個軍情五處感到憤憤不平。
1940年11月，戴維·皮特里被任命為軍情五處的新局長，他決定對軍情五處進行一些改革。
在第二次世界大戰期間，軍情五處由30個辦公室組成，分為“行動”和“管理”兩個部門。在歸屬問題上，軍情五處名義上曾先後歸屬陸軍部、內政部管轄，但它實際上一直是首相直接控制的。
二戰期間，軍情五處成功地實施了一系列的行動，其中最著名的有“肉餡行動”和“銅頭行動”。軍情五處設計的這一系列的冒名頂替的欺騙行動，收到了非常好的效果。“肉餡行動”讓1943年7月盟軍在西西里登陸獲得圓滿成功；1944年的“銅頭行動”同樣讓德軍統帥部錯誤地認定盟軍將要在法國的加來地區登陸，而把防守諾曼底地區的2個坦克師和6個步兵師抽調到加來地區，從而大大減輕了盟軍在諾曼底登陸時的壓力，促成了這次戰役的順利進行。
儘管在第二次世界大戰前，軍情五處內部發生了重大變化，但各處的基本結構並未觸動。它主要由局長、副局長、秘書處和其他七個處編成，每個處都有自己的字母代號，由一名處長領導，幾名副處長和處長助理協助處長工作。這七個處分別是：行政處、反間諜處、保安處、軍事聯絡處、外僑處、國外控制處、政黨處。
反間諜處是軍情五處最重要的一個部門。第一任領導人是賈珀·哈克准將，後來由蓋伊·利德爾接替。該處下設許多科組，其中包括塔爾·羅伯遜的一科一組，主要對付德國間諜；一科三組，負責反破壞；五科一組和三組，負責反顛覆。同反間諜處有密切聯絡的是其他有關的情報單位，如休·特萊弗·羅伯所在的無線電保安局，在薩里的哈姆康芒審訊中心和郵政總局的信件截收隊