帕奈號沉沒在美國引起了更大的騷動，超過了南京所有大規模暴行和屠殺之和。12月13日，總統富蘭克林·羅斯福宣佈他對轟炸感到“震驚”，並要求裕仁天皇立即賠償。數日之後，當疲憊不堪的倖存者終於抵達文明世界時，公眾的反映反而更加激烈。有些倖存者僅裹著毯子、中國棉被和破布片，又髒又冷，仍然驚魂未定或已氣息奄奄。他們的遭遇和照片很快便被加上“日軍整整一小時轟炸下的帕奈號受難者”和“在南京的大屠殺和掠奪性統治”之類標題出現在美國各大報上。當艾利和邁耶爾的片子在影院上映時，更加激起了美國觀眾的憤怒和反日情緒。
日本人的破壞性控制
外國記者離開南京的那一刻，日本人封鎖了這座城市以防止其他記者進入。12月15日，喬治·菲奇親身經歷了封鎖的開始。那天他開車送一些記者出城去河邊地區以便他們乘一艘炮艇去上海。當菲奇試圖開車從下關返回南京時，一個日本衛兵在城門外攔住了他，堅決不讓他重新進城。甚至與菲奇同行的、來自上海的日本大使館官員岡村也無法說服士兵讓他們透過：“大使館對日本的軍隊起不了作用。”最後岡村只好塔其中一輛車去軍隊司令部為菲奇取特別通行證。
當日本最終允許少數幾個外國人進城時，他們嚴密控制他們的行動。2月，他們允許幾個美國海軍軍官上岸進南京，但只能由日本大使館的代表陪同乘坐日本大使館的車。直到4月份，日本最高指揮部仍不許多數外國人自由進出該城。
為了掩蓋其軍隊令人厭惡的暴行詳情，日本甚至阻止他國外交官重返南京。然而，最終證明他們未能成功地掩蓋事實，尤其瞞不過德國人和美國人。
關於南京暴行的外國情報
希特勒政府迅速得知日本人這種拖延的動機。一名德國外交官於1月份向柏林彙報：“我在上一份報告中所作的推測已被證實，日本人耽誤我們返回是為了不讓任何官員目睹種種暴行。根據在那裡的德國人和美國人所說，外國代表返回南京的意圖一經傳出，那裡便進行了一通緊張狂亂的清理，以消除濫殺平民、婦女和兒童的證據。”
美國政府也知道日本人試圖遮掩什麼。雖然一套機械密碼保護了日本外交部的高層外交資訊，但到1936年，美軍訊號情報部的密碼專家已破譯了日本這套密碼，美國人將其稱之為“紅色”。因此在南京暴行期間，美國情報部門能夠擷取東京的日本領導層與其在華盛頓的代表之間的秘密通訊。1937年12月26日，日本外相廣田弘毅傳送了一份這類資訊給在華盛頓的日本大使齋藤，它強調要阻攔美國外交人員，不讓他們馬上返回南京。這條資訊說：“如果他們確實返回並從其僑民那裡得到關於軍隊行為的報告，如果外交官一收到這類抱怨，就把這些報告呈送回國，我們將發現自身陷於極其不利的地位。”因此，我們認為，最好的辦法是盡我們最大的努力盡可能長時間地把他們拖住。即使這會引起某些惡感，我們相信這也好過冒當場衝突的危險。“
然而，當時美國政府並未將其所知公佈於眾，並甚至幫日本人審查真相。例如，環球公司的新聞短片製作人諾曼·艾利拍攝了長達5300英尺的日本人襲擊帕奈號的影片，但在影院放映之前，羅斯福總統要求他剪去約30英尺的片子。這部分片子揭露日本轟炸機幾乎貼著甲板向炮艇射擊。這30英尺也許是全部片子中的最佳影象，而且無疑是對日本政府最有力的譴責，儘管如此，艾利同意刪剪。《帕奈號事件》的作者漢密爾頓·達比·佩裡認為，羅斯福要為日本的藉口提供憑證：這次襲擊是因為錯誤辨認，而不是故意策劃。無疑，美國政府急於和日本達成經濟與外交上的協議以平息這次轟炸事件，而它知道那30英尺的片子會使這樣一種和解成為不可能。
日本的宣傳
日本影響輿論的企圖不是什麼新鮮事。甚至在南京暴行之前，美國情報界就已看到日本標以“絕密”的計劃；要在美國大做親日宣傳。日本政府還有一大筆預算，用以爭取有影響的報人，在主要報章和電臺上作廣告，以及印刷傳單和小冊子。
然而，在南京暴行期間，日本人面對一場如此巨大的、公共關係上的災難，他們還試圖加以掩蓋，這在今天看來幾近荒謬，日本人不是採取紀律措施約束其在南京的部隊，而是統領其所有的力量發動一場宣傳戰，希望以某種方法把世界歷史中一場最血腥的大屠殺的詳情遮掩起來。
日本傳媒首先宣佈南京城一切安好無恙。12月20日，羅伯特·威爾遜得知日本同盟通訊社已報道，