王朝的統治集團迅速清除了尚存的部落軍事聯盟的遺蹟，基本上全盤接受了明朝的政治體制，並逐漸強化了君主專制。明初朱元璋以內閣製取代宰相制度，是一種集權的手段，但內閣的權力到明中後期又有所增長。康熙時設立南書房和大臣會議，以削弱內閣的權力；雍正又改立軍機處，把大權集中於皇帝一人，再度形成極端的專制。
在經濟較為發達、財富容易聚斂的情況下，封建專制制度腐敗的速度也相應加快，這是明、清的統治都無法逃脫的命運。清初為了應付龐大的軍費支出，實行賣官鬻爵的捐納制度，其後沿襲不改，這實際是鼓勵貪汙。清政府對失職官員以罰款報效為懲治手段，也同樣起到鼓勵貪汙的作用。而以皇帝為首，統治階層競為奢靡，貪於享樂，給社會造成巨大負擔。如北京的圓明園，自康熙朝始建，費四朝經營之力，巨麗無匹。乾隆好大喜功，屢下江南，耗費驚人。乾隆的寵臣和��詡吻焓北懷�患也��漵嗖患疲�齙亟巡匾�陀腥�儆嗤蛄劍�星講亟鷯卸�蛄�в嗔劍凰�囊桓黽遺��掛燦卸��蛄揭�擁牟撇�７泊酥種鄭�厝灰悅竇淶鈉獨Щ���邸４籩略誶�≈釁冢�逋醭�凇笆⑹饋鋇謀礱嫦攏�殉魷炙グ艿碾拚住５郊吻焓保�捎諍欄患娌⒓泳紓�襠�枘眩�罅顆┟褳牙臚戀爻晌�髏瘢�竇浣膛捎氚鍩崤畈�似穡�緇崦�芤咽�旨餿瘢�磁顏��奈渥岸氛�歡戲⑸�Ｖ戀攔餷捌冢�黃�淙刖繚觶�聘煌飭鰨��π榭眨�緇嵋汛τ詡�任；�刺��
在思想文化方面，清王朝的控制尤為強烈。一方面，統治者為了獲得漢族士大夫的支援，也出於自身利益的需要，承認中國傳統文化尤其是儒學的正統地位，並以這種文化的繼承者自居；另一方面，他們努力發揚傳統文化中有利於專制制度的內容，加強對讀書人和普通民眾的奴化薰陶。康熙親自主持編寫了《性理精義》，一再倡導理學，推崇朱熹，乃至稱譽他“開愚蒙而立億萬世一定之規”（《御製朱子全書序》）
“欲求毫釐之差，亦未可得”（《聖祖仁皇帝聖訓》）。這種高度的讚譽，不僅是看重朱熹思想中固有的有利於社會統治秩序的價值，同時也透過絕對思想權威的建立，取消人們獨立的思想權利，對於晚明偏離正統的社會思潮，也是有意識的反撥。
對於具有異端思想尤其是具有反清意識的文人，清朝統治者採取了嚴酷的高壓手段。清代文字獄之盛是歷史上空前的。康熙時莊廷鑨《明史稿》案、戴名世《南山集》案，雍正時呂留良詩文案，均牽連數百人，死者戮屍，生者凌遲、絞殺，家族親友淪為奴隸，手段殘忍，震駭天下。乾隆朝的文字獄差不多每年都有發生，直到乾隆後期才有所減少。這種手段不僅打擊了漢族文人的民族意識，而且和強行變服�發一起，嚴重打擊了士人的人格尊嚴。而士人人格的破壞，成為清代文化中的嚴重問題。
另一方面，清王朝也以各種手段籠絡士人。除沿襲明制以八股文取士外，康、乾兩朝均特開“博學鴻詞科”以網羅名士。作為重視學術、優容文人的表示，朝廷還組織了大規模的書籍編纂工作。康熙時纂有《古今圖書整合》、《全唐詩》、《康熙字典》等，乾隆時更纂有規模空前的《四庫全書》。這些工作固然有文化總結的意義，但也有羈縻文人的用意。在修《四庫全書》過程中，大量收繳和銷燬違礙書籍，據估計“至少在十萬部左右”（郭伯恭《四庫全書纂修考》），更成為文化專制政策的一部分。
文網嚴密，使讀書人思想的自由空間越來越狹窄，加上統治者的有意誘導，清代考據之風日盛。到了乾隆中期至嘉慶時期，號稱“乾嘉之學”的考據學達到鼎盛階段。儒家經典、諸子學說、歷代史籍等各種古老的文獻成為學者們嚴密審視、深入研究的物件，與之相關的音韻、文字、訓詁以及歷史、地理、典章制度等各類學問也獲得前所未有的發展。清代考據學在文獻整理和古代文化研究方面的成果當然是值得肯定的，但作為一種社會現象，則需要從另外的角度來看待。
首先，這毫無疑問是文化專制政策所引出的結果，它耗費了許多傑出的才智之士的畢生精力，其成就是以犧牲對社會對人生的批判性思考為代價的。特別是放在封建制度日益腐朽、資本主義萌芽滋生的歷史階段上看，這種代價是巨大的。但另一方面，也要看到清代考據學中包含著縝密的思考和科學的方法，它不但推進了純學術研究的進步，實際也必然推進了研究者的理性精神。考據學家並非都是不具有思想批判能力的，如戴震論“酷吏以法殺人，後儒以理殺人，浸浸乎舍法而論理，死矣，更無可救矣！”（《與某書》）即